De populatie afweercellen kan behoorlijk verschillen van persoon tot persoon

Cytotoxische cellen

De aanwezigheid van een antigeen stimuleert de omzetting van T-cellen naar “cytotoxische”- (CD8+)-T-cellen of “helper”- (CD4+)-cellen (afb: WikiMedia Commons)

Chinese onderzoekersters hebben een ‘atlas’ gemaakt van afweercellen en die vergeleken met wat daarover bekend is in Europa en Japan. Daartussen kunnen nogal wat verschillen te zitten. Lees verder

Wat we met de ‘genschaar’ van CRISPR doen is nog maar het begin

Structuur Cas12a3

Structuur van Cas12a3 (afb: Biao Yuan / HZI)

Sinds ‘we’ CRISPR hebben geleend van bacteriën zijn wetenschappers over de hele wereld driftig bezig om dit instrument om genomen (mv van genoom) ook daadwerkelijk toe te passen en soms zijn die toepassingen ook al goedgekeurd voor klinisch gebruik. Onderzoekers hebben die CRISPR-gereedschapskist van de bacteriën nog maar mondjesmaat ingezet en nu komt er zo langzamerhand meer CRISPR-vormen boven water die elk zo weer hun eigen toepassingsgebieden hebben.
‘We’ zijn nog maar net begonnen de inhoud van die kist te inventariseren (stel ik=as heel brutaal). Onderzoekers van het Helmholtz-instituut voor RNA-gebaseerd besmettingsonderzoek (HIRI) in Würzburg hebben een compleet ander CRISPR-verdedigingsstrategie ontdekt: in tegenstelling tot bekende de bekende Cas-nucleasen (‘genscharen’) splitst Cas12a3 specifiek transfer-ribonucleïnezuur (tRNA), dat essentieel is voor de eiwitsynthese, om besmette cellen uit te schakelen. Lees verder

Is nu eindelijk de ‘universele’ doodsknop voor kankercellen gevonden?

Molecuulstructuur van MCL1

Molecuulstructuur van MCL1 (afb: WikiMedia Commons)

Regelmatig worden er universele ‘oplossingen’ voor kanker gemeld, maar tot nu toe blijkt kanker steeds weer een veelkoppig monster dat vele ’trucs’ heeft om afweersysteem, medicijnen of behandelingen tegen die (veelkoppige) ziekte in huis heeft om een wisse dood te ontlopen. Nu denken (of althans presenteren) onderzoekers in, onder meer, Duitsland weer zo’n universele ‘doodsknop’ gevonden te hebben: het eiwit MCL1, een celdoodregelaar die tot nu toe verdacht werd van ‘samenzwering’ met kankercellen.
MCL1 stuurt de stofwisseling van kankercellen door de krachtige mTOR-groeiroute te reguleren, waardoor overleving en energieverbruik met elkaar verbonden zijn. Geneesmiddelen die zich richten op MCL1 zouden effectief kunnen zijn, maar soms beschadigen het hart. Onderzoekers hebben nu een manier gevonden om dat risico te verminderen, wat mogelijk de weg vrijmaakt voor veiliger kankertherapieën. Lees verder

CRISPR-methode gebruikt om genen te (de)activeren zonder knippen in DNA

(de)methylering van genen

De promotor is een deel van een gen dat in gemethyleerde vorm het gen inactief maakt (en viceversa) (afb: Merlin Crossley et al./Nature Comunications)

Onderzoekers van, onder meer, de universiteit van Nieuw Zuid-Wales in Sydney hebben een CRISPR-methode ontwikkeld die ze in staat stelt genen te (de)activeren zonder dat het CRISPR-gereedschap daarvoor DNA moet doorknippen. Dat doen ze door de chemische ‘vlaggen’ te verwijderen van het DNA die zorgen voor deactivering. Dat zou een mildere en daarmee veiliger vorm van genbewerking zijn, waarmee ongewenste bijwerkingen van dit soort ingrepen zou worden verminderd. Lees verder

DNA-verschillen maken sommige immuuntherapieën niet voor iedereen bruikbaar

Antilichamen

Basisstructuur van antilichamen. N is het amino-uiteinde en C is het koolstofuiteinde van de keten. Rood zijn de disulfidebruggen (afb: WikiMedia Commons)

Ons DNA verschilt van persoon tot persoon op duizenden plaatsen. Dat betekent met (ongeveer) hetzelfde gen (ietwat) afwijkende eiwitten produceren en dat kan in sommige gevallen leiden dat bepaalde op antilichaamtherapieën niet effectief zijn. Die behandelingen worden vaak gebruikt voor veel ziektes, maar die slaan daardoor niet bij iedereen ook aan. Dat percentage ligt rond de 1%, maar het gaat vaak om dure behandelingen zoals de CAR-T-celtherapie. Lees verder

RNA zou oud afweersysteem nieuw leven inblazen

Zwezerik

In de zwezerik (thymus) leren T-cellen onderscheid te maken tussen eigen en niet-eigen. Op de foto een zwezerik van een mens (afb: WikiMedia Commons)

Gaandeweg het stijgen der jaren werken allerlei systemen in ons lijf minder goed. Zo gaat ons, op zich prachtige, afweersysteem achteruit. Onderzoekers van het Duitse kanker-onderzoekscen-trum DKFZ, het HI-STEM-stam-celinstituut en het Broadinstituut zouden er in geslaagd zijn met boodschapper-RNA een verou-derd afweersysteem van muisjes nieuw leven in te blazen. Daardoor herstelt de aanmaak van nieuwe afweercellen, waardoor oudere dieren (we hebben het dan over beestjes van een jaar of twee) een beste afweerreactie kunnen ontwikkelen en tumoren effectief kunnen bestrijden. Tsjonge. Lees verder

E. coli’s verleid om synthetische eiwitten aan te maken

Aanmaak van synthetische eiwitten door E. coli's

Het transportsysteem wordt ‘verleid’ om niet natuurlijke aminozuren in de E- coli-cel binnen te laten, waar die, na wat manipulatie, ook daadwerkelijke niet-natuurlijke eiwitten gaat aanmaken (afb: Kathrin Lang et al./Nature)

Het (ook ons) leven gebruikt maar twintig aminozuren om de werkpaarden van dat leven te bouwen: de eiwitten. Onderzoeksters van ETH Zürich hebben nu een bacterieel transportsysteem zo aangepast dat het efficiënt grote hoeveelheden onnatuurlijke aminozuren, vermomd als een Trojaans paard, in cellen kan aanmaken. Daardoor zouden eiwitten kunnen worden gemaakt met meer, andere functies dan de natuurlijke is de gedachte. Of dat echt zo is moet nog wel worden aangetoond. Lees verder

Synthetisch RNA TY1 helpt DNA repareren

Uracilbaseglycosidase helpt DNA-schade herstellen

Er zijn verschillende DNA-reparatiesystemen. Hier is uracil-DNA-glycosylase (groen) aan het werk. Blauw en rood zijn de twee DNA-strengen . Geel is het uracilresidu (afb: WikiMedia Commons)

Onderzoekers van Cedars-Sinai hebben een nieuw experimenteel medicijn ontwikkeld, TY1 gedoopt, dat helpt beschadigd DNA en weefsel te herstellen. De was het resultaat van de bestudering moleculaire berichten die door hartcellen worden afgegeven en die van nature de genezing na een verwonding ondersteunen. Door de krachtigste van deze berichten te isoleren en te reproduceren, konden ze een ​​synthetisch RNA-molecuul ontwikkelen dat het DNA-herstelsysteem van het lichaam stimuleert, littekenvorming vermindert en het herstel na hartaanvallen en andere ziekten zou kunnen verbeteren. Lees verder

RNA-polymerase II leidt de dans bij het aflezen van DNA

RNA-polymeerase II

De structuur van RNA-polymerase II (afb: wikiMedia Commons)

Als we op school geweest zijn dan weten we dat ons leven is vastgelegd in een 2 m lang molecuul: DNA. De instructiedelen van DNA (=genen) worden afgelezen en overgebracht op RNA dat op zijn beurt weer wordt afgelezen om eiwitten te vormen, de werkpaarden in wat leven heet. Een belangrijke rol in die dans speelt het enzym RNA-polymerase II (Pol II)
Het is bekend dat Pol II zich langs het gen moet voortbewegen in perfecte harmonie met andere biologische processen. Afwijkingen in de beweging van dit enzym zijn in verband gebracht met kanker en veroudering, maar technische obstakels verhinderden het om precies te bepalen hoe deze belangrijke moleculaire machine zich door het DNA beweegt en wat de pauzes en versnellingen ervan regelt. Een nieuwe studie zou veel van de kennishiaten invullen, aldus de betrokken onderzoekers. Lees verder

Met een oplichtend eiwit is DNA-herstel te volgen

Tuncay Baubec en Richard Cardoso da Silva, ontwikkelaars van de DNA-reparatiesensor

Tuncay Baubec (r) en Richard Cardoso da Silva, ontwikkelaars van de DNA-reparatiesensor (afb: UU/Harold van de Kamp)


Wetenschappers zijn er in geslaagd directe beelden te maken van DNA-schade en -herstel. De daarvoor ontwikkelde sensor (een eiwit) werkt zelfs in levende organismen en opent de deur naar nieuwe manieren om DNA-schade in kaart te brengen, herstelprocessen te bestuderen en de precisie van vroege proeven met cellen te verbeteren, stellen de onderzoekers.
In plaats van cellen op verschillende punten te bevriezen, kunnen onderzoekers nu zien hoe de schade ontstaat, hoe de hersteleiwitten naar de herstellocatie snellen en het herstelproces volgen. De (fluorescerende) sensor, gemaakt van een natuurlijk eiwit dat zich licht en slechts kort aan beschadigd DNA bindt, biedt een levensecht beeld van de DNA-reparatie in een cel, aldus de onderzoekers. Lees verder