Categorie archieven: Eiwitten

Het is gezellig druk in een cel: 42 miljoen eiwitmoleculen

Geplaatst op door
Beantwoorden
Superbakkersgist verteert ook xylose

De superbakkersgist

Ik wist dat het een vrij drukke bedoening in een cel is, maar kon over de mate van drukte slechts speculeren. Nu is het officieel. Onderzoekers van de universiteit van Toronto (Can) hebben eens geteld, ze hadden kennelijk niks anders te doen, hoeveel eiwitmoleculen een cel telt. Ze kwamen tot 42 miljoen moleculen. Of eigenlijk hebben ze dat helemaal niet zelf gedaan, maar enkele tientallen studies doorgeploegd over de ‘bevolkingsdichtheid’ in gistcellen, geen mensencellen. Lees verder →

Openen ‘stilgelegd’ DNA maakt herprogrammering breder

Geplaatst op door
Beantwoorden
Kenneth Zaret breidt mogelijkheden cel herprogrammering uit

Kenneth Zaret (afb: univ. van Pennsylvania)

Op papier ziet het er allemaal simpel uit. Je neemt, bijvoorbeeld, een huidcel en programmeert die om tot, zeg, een hartcel, maar in de praktijk valt dat nog niet mee en het rendement is laag. Nu denken onderzoekers van de universiteit van Pennsylvania (VS) een benadering te hebben bedacht die meer mogelijk maakt: ontstrengel de ‘knopen’ in het DNA-molecuul zodat die onbereikbare geen in dit ‘stitgelegde’ gebied ook kunnen worden geherprogrammeerd. Dat zou de mogelijkheden uitbreiden om van een type cel een ander te maken. Lees verder →

DNA-webben van afweercellen waarschuwen voor indringers

Geplaatst op door
Beantwoorden
DNA-spuwende afweercellen

DNA-spuwende afweercellen (afb: Science)

Als witte bloedlichaampjes virussen of andere indringers ontdekken dan waarschuwen ze andere cellen door  DNA uit te spuwen. Deze nieuw ontdekte truc van ons afweersysteem maakt het mogelijk razendsnel (in minuten) op bedreigingen te reageren. Lees verder →

Hoe zou het leven er uit zien als er meer mogelijk was?

Geplaatst op door
Beantwoorden
Floyd Romesberg en synthetisch leven met meer mogelijkheden

Floyd Romesberg (afb: Scrippsinstituut)

Het systeem dat leven heet is karig omgegaan met de mogelijkheden. Onze (genetische) informatie is opgeslagen in een molecuul dat opgebouwd is uit slechts vier verschillende bouwstenen en het aantal aminozuren dat levende systemen gebruiken om eiwitten mee te maken is beperkt tot 20 (of hooguit 22). De vraag is al vaker gesteld: is dat resultaat het maximaal haalbare of het gevolg van een vrij toevallige samenloop? Zou met zes bases (de DNA-bouwstenen) niet meer mogelijk zijn of met meer eiwitten (de ‘werkpaarden; van het leven)? Dan moet je je meteen realiseren dat met meer bases ook meer fouten (mutaties) zullen ontstaan. Bij twee bases is de replicatie van DNA (verdubbeling bij celdeling) nagenoeg foutloos. En wat leveren die extra aminozuren aan extra’s op? Is wat we nu kennen als leven niet welhaast perfect? Niet meer aan knoeien, dus? Vooralsnog wordt er vooral veel gespeculeerd. Lees verder →

Synthetische eiwitten beloven nieuwe mogelijkheden

Geplaatst op door
Beantwoorden
Retrovirus

Een (retro)virus dat, ontdaan van DNA, dienst doet als ‘voertuig’ bij gentherapie. De synthetische nucelocapsiden zijn minder problematisch dan virussen

Onderzoekers van, onder meer, de universiteit van Washington en Harvard hebben door de computer ontworpen eiwitten gemaakt die hun eigen genetisch materiaal vervoeren. Het is het idee dat deze niet-natuurlijke (synthetische) eiwitten ingewikkelde functies zouden kunnen uitvoeren in complexe omgeving net als de natuurlijke (maar dan anders).  Lees verder →

Oorzaak ziekte van Huntington zou zijn gevonden

Geplaatst op door
Beantwoorden

Hersens van een HuntingtonpatiëntVolgens, voornamelijk, Engelse en Australische onderzoekers leiden toxische opeenhopingen van ureum in de hersens tot schade en, uiteindelijk de ziekte van Huntington, een vorm van dementie. De ziekte is erfelijk en er bestaat geen genezing voor. Lees verder →

Voor het eerst eiwitten aangemaakt in cel met zesletterig DNA

Geplaatst op door
Beantwoorden
Nieuw DNA-alfabet

De onnatuurlijk basen X en Y coderen voor onnatuurlijke aminozuren PrK en PaZF (afb: Nature)

Het hoeft misschien niet, maar we vertellen het toch nog maar een keer: DNA bestaat uit vier bouwstenen die coderen voor duizenden eiwitten, de werkpaarden van levende organismes.  Floyd Romesberg  Scripps-instituut in Californië en medeonder-zoekers hebben twee nieuwe bouwstenen toegevoegd aan het DNA van de bekende Eschericha coli-bacterie  en de eencellige bleek met dit ‘zesletterige’, onnatuurlijke DNA gewoon door te gaan met het aanmaken van eiwitten, zij het met andere aminozuren dan de twintig natuurlijke waar onze eiwitten normaal uit bestaan. Uiteindelijk zal dit soort onderzoek moeten leiden tot onnatuurlijke eiwitten die dienst zouden kunnen doen als geneesmiddelen. “Wij hebben iets nieuws ontworpen dat functioneert naast het oude en doet wat dat oude kan doen”, stelt Romesberg Lees verder →

Genonderzoek kent ook ‘modes’

Geplaatst op door
Beantwoorden
Meest bestudeerde genen

Topgenen door de jaren heen. Wit is hemoglobine, ononderbroken blauw TP53 (afb: Nature)

Peter Kerpedjiev is programmeur en heeft ook een opleiding in bioinformatica. Hij wilde promoveren en wilde weten welke genen nu belangrijk zijn voor onderzoekers. Hij verliet zich daarbij op de Amerikaanse geneeskundebibliotheek die in zijn PubMed-databank precies bijhoudt waarover gepubliceerd is. Daaruit haalde Kerpedjev de artikelen waarin de structuur, functie en/of locatie van genen wordt beschreven en voor welke eiwitten die coderen.  Daaruit destilleerde hij een genentoplijst van het menselijk genoom. Het blijkt dat ook  van genonderzoek last heeft modes. Lees verder →

Er komt (weer) een CRISPR-schaar bij: Cpf1

Geplaatst op door
Beantwoorden
De nieuw ontdekte DNA-schaar Cpf1

De versrpingende knip (rode pijltjes) van Cpf1 zou het invoegen van nieuw DNA vergemakkelijken

Cas9 is inmiddels een voor de reguliere lezers van dit blog bekende CRISPR-schaar om het geneoom mee te bewerken, maar Cas9 is niet de enige. Guillermo Montoya van de universiteit van Kopenhagen en medeonderzoekers hebben een nieuwe CRISPR-schaar ontdekt: Cpf1. Dit lid van de Cas-familie zou nog nauwkeuriger zijn dan Cas9. Lees verder →

Pramel7 maakt het verschil tussen ‘alleskunnende’ stamcellen

Geplaatst op door
Beantwoorden

Mneselijke embryo

Een menselijke embryo bestaand uit acht embryonale stamcellen

Je hebt stamcellen in maten en soorten. Aan de top staan de embryonale stamcellen die zich kunnen ontwikkelen tot alle soorten cellen in een organisme. De weefselstamcellen, zoals die in volwassen organismen voorkomen, kunnen zich alleen tot een bepaald type cel ontwikkelen. Zo zal een bloedstamcel zich nooit tot zenuwcel ontwikkelen, maar ook embryonale stamcellen in kweken verschillen van de stamcellen waaruit een foetus de eerste dagen na ontstaan bestaat. Zwitserse onderzoekers hebben nu ontdekt waarin die laatste twee ‘alleskunners’ in verschillen. Het eiwit Pramel7 maakt het verschil. Lees verder →