Categorie archieven: DNA

LASSO ‘kloont’ duizenden nucleotiden in een keer

Geplaatst op door
Beantwoorden
LASSO kloont grote brokken DNA

Met LASSO zouden grotere stukken van het genoom kunnen worden ‘gekloond’ dan tot nu toe mogelijk was (afb: Jennifer E. Fairman/Johns Hopkinsuniversiteit

Systematisch onderzoek doen naar wat welk eiwit en of gen doet is vast niet het leukste onderzoek wat je kunt doen, maar zeer nuttig voor het doorgronden van hoe dat complexe systeem leven in elkaar steekt. Het schijnt dat onderzoekers tot nu toe dat uitzochten door gen voor gen te ‘klonen’ en te  bekijken. Medeonderzoekers van de Johns Hopkinsuniversiteit en van de universiteit van Harvard hebben nu een systeem bedacht om duizenden nucelotiden tegelijkertijd te klonen om bibliotheken mee op te bouwen met de therapeutische waarde van de gevonden eiwitten. Lees verder →

Replicatie bacterie-DNA in beeld gebracht

Geplaatst op door
Beantwoorden
DNA-replicatie

De replicatie: de leidende (onder) en de volgende streng (boven) worden op een andere wijze verdubbeld (afb: Wiki Commons)

Onderzoekers van de universiteit van Californië in David hebben de replicatie van het DNA van de darmbacterie Escherichia coli in beeld gebracht. Het lijkt er op alsof de twee DNA-strengen zich onafhankelijk van elkaar repliceren, zonder enige coördinatie. Toch zijn ze beide even snel klaar. Dat zet de ideeën die er leven over het replicatieproces hier en daar wat op losse schroeven.  Lees verder →

‘Stamceleiwit’ mogelijk zwakke plek kankercellen

Geplaatst op door
Beantwoorden
De structuur van de transcriptiefactor BPTF

De structuur van de transcriptiefactor BPTF (afb: WikiCommons)

Kankercellen kunnen, net zo als stamcellen, zich eindeloos delen. Daarbij zou de transcriptiefactor BPTF de zwakke stee zijn. Wellicht is die transcriptiefactor een aangrijpingspunt voor de behandeling van kanker (wordt er dan vaak meteen geroepen). Lees verder →

Kunstgenen maken (heel soms) functionele eiwitten

Geplaatst op door
Beantwoorden
Darmbacterie Escherichia coli (E. coli)

Darmbacterie Escherichia coli (E. coli)

Dat is toch een beetje het wezen van synthetische (kunstmatige) biologie: de natuur naar je hand zetten ter meerdere eer en glorie en nut van jezelf. Met al die mooie gereedschappen in de CRISPR-gereedschapskist kun je zelf onnatuurlijke eiwitten bouwen, van de natuurlijke aminozuren waar eiwitten uit bestaan, maar ook van de vele aminozuren die de natuur niet gebruikt. Soms blijken die eiwitfrutsels nog te werken ook, ontdekte Michael Hecht van de universiteit van Princeton. Lees verder →

Muizen via genoombewerking afgeholpen van hiv-1 (?)

Geplaatst op door
Beantwoorden
Hi-virussen op een T-cel

Hi-virussen (paars) op een T-cel

Het humane immunodeficiëntievirus (hiv) weet zich in het mensenlijf goed te verbergen en mede daardoor moeilijk finaal uit te roeien. Nu schijnen onderzoekers in Amerika er in geslaagd te zijn met behulp van CRISPR/Cas9-methode het virale DNA uit het celgenoom van levende dieren te snijden. Dat zouden ze hebben gedaan in drie, wat dan heet, ‘muismodellen’, waarvan een op die van een mens zou lijken (?). Dat lukt grotendeels, maar niet voor 100%.  Lees verder →

‘Ziektegenen’ nogal eens gemist in exoomuitlezing

Geplaatst op door
Beantwoorden
Exoomuitleessystemen missen nogal eens mogelijk ziekteverwekkende genmutaties

De onderzoekers bekeken de resultaten van drie exoomuitleessystemen: Illumina, Agilent en NimbleGen (afb: univ. van Pennsylvania)

Met exoomuitlezing, een techniek waarbij alleen gengedeelte van DNA wordt bekeken, zouden nogal eens ziekteverwekkende genmutaties over het hoofd worden gezien, stellen onderzoekers van de universiteit van Pennsylvania (VS). Ze hebben nu een methode ontwikkeld, die die missers moet voorkomen. Lees verder →

Nieuwe dierproeven beloven ons een langer gezond leven

Geplaatst op door
Beantwoorden
NAD+

NAD+

Ik geef onmiddellijk toe dat mensen niet altijd even ‘netjes’ doodgaan, maar wat willen we toch met dat eeuwige leven? Het lijkt wel of er steeds meer onderzoek wordt gedaan naar methoden en middelen om veroudering te stoppen of om te keren. Ik zou zeggen dat uitstelling van veroudering een verschuiving van de problemen is en als wij (nou ja, onderzoekers) daarin slagen dat uitstel leidt tot, denk ik, problemen met overbevolking en medicalisering van de samenleving. Hier weer twee onderzoeken die bij proefdieren succes leken te hebben: een onderzoek met Nederlandse die zich richt op het ‘afschieten’ van ontoereikende cellen en een met Amerikaans/Australische wortels waarbij het DNA-reparatiemechanisme wordt gerepareerd. Beide groepen beweren dat hun aanpak de veroudering keert (bij muisjes).
Lees verder →

Nieuwe taal voor genetische code op komst

Geplaatst op door
Beantwoorden
Gehercodeerd bacterie-DNA

5% van het bacteriegenoom is ontdaan van twee ‘overbodige’ codons (afb: Wyss-instituut)

Drie DNA-bases, een triplet, coderen voor een van de twintig aminozuren waaruit een eiwit bestaat. Er zijn vier DNA-bases: C, G, T en A. Dat betekent dat je 64 verschillende tripletten hebt. Dat is te veel. Een groep onderzoekers van, onder meer, het Amerikaanse Wyss-instituut hebben de code van 5% het genoom van een Salmonella-bacerie zo veranderd, dat er twee ‘overbodige’ tripletten uit 5% van het DNA werden gehaald, werden ‘vrijgemaakt’, voor andere aminozuren. Bovendien zou die nieuwe genetische ’taal’ er voor zorgen dat de nieuwe levensvorm zich niet mengt met het natuurlijke leven, is het idee.  Nu de rest nog en hopen dat het beestje dan nog in leven blijft. Lees verder →

Gaan opiaten een rol spelen bij gentherapie?

Geplaatst op door
Beantwoorden
Opiaten hebben invloed op de structuur van DNA

De molecuulstructuur van morfine, heterocodeïne en oripavine en trimeren daarvan (afb: Nucleid Acids Research)

Onderzoekers van de universiteit van Dublin (Ier) zouden ontdekt hebben dat bepaalde typen opiaten, die worden gebruik als pijnstillers, zich kunnen binden aan kernzuren (DNA en RNA) en daardoor de structuur veranderen. Het zou voor het eerst zijn dat dit is aangetoond. Die ontdekking zou van betekenis kunnen zijn voor de toepassing van gentherapieën, denken de wetenschappers. Lees verder →

Onderzoekers ontdekken ‘choreografie’ van het afweersysteem

Geplaatst op door
Beantwoorden
Herschikking (recombinatie) van DNA voor de aanmaak van antilichamen

Het DNA van zich ontwikkelende witte bloedlichaampjes (B-cellen) wordt herschikt (gerecombineerd) om antilichamen aan yte maken)

Het herschikken van DNA is een riskante aangelegenheid en menselijke cellen bewaren die riskante actie voor speciale gelegenheden zoals het aanmaken van ei- en zaadcellen. Nu denken onderzoekers van de Amerikaanse John Hopkinsuniversiteit dat ze weten hoe dat proces bij het ontstaan van witte bloedlichaampjes, onderdeel van ons afweersysteem, in zijn werk gaat. Het enzym RAG (recombinatieactiveringsgen) is verantwoordelijk voor de goede afloop. Lees verder →