Categorie archieven: DNA

Stamcellen beschermen hun chromosoomeinden anders

Geplaatst op door
Beantwoorden
Telomerase

Telomerase bouwt telomeren aan het eind van een chromosoom (afb: WikiMedia Commons)

Telomeren zijn de uiteinden van chromosomen die er voor moeten zorgen dat bij celdeling het DNA netjes wordt gekopieerd. Gaandeweg de jaren worden die telomeren korter en gaat er steeds vaker iets fout bij een celdeling. Stamcellen lijken er daarentegen in te slagen de telomeerlengte te bewaren. Dat komt, zo blijkt,  doordat de telomeerbescherming in die cellen verrassend uniek is. Dan vraag je je natuurlijk onmiddellijk af waarom dat mechanisme ook niet in gewone cellen wordt toegepast…. Er blijft nog veel uit te zoeken. Lees verder →

De opkomst van de b-RNA-vaccins

Geplaatst op door
Beantwoorden
DNA- en RNA-vaccins

Links de ‘route’ van een DNA-vaccin, rechts die van een RNA-vaccin (afb: Junwei Li et. al)

De nieuwe coronavaccins zijn booodschapper-RNA-vaccins. Dat schijnt een nieuwe ontwikkeling te zijn op het gebied van de bestrijding van besmettelijke ziekte. Ik vond in een vakblad een overzichtsartikel uit maart vorig jaar, waarvan bijgaand de (zeer verkorte) weergave, in mijn formulering. Lees verder →

Menselijk genoom bijna geheel uitgelezen

Geplaatst op door
Beantwoorden
Logo menselijkgenoomproject

Logo menselijk genoomproject (afb: WikiMedia Commons)

Het was een miljardenproject het uitlezen van het menselijke genoom. Op 14 april 2003 werd triomfantelijk gemeld dat 99% van het menselijke genoom met een zekerheid van 99,5%  was gedecodeerd, dat wil zeggen dat de rond driemiljard letterparen nagenoeg waren ontcijferd. Dat was eigenlijk onzin, stelt Ernst-Peter Fischer in zijn blog. Nu zouden we het nepnieuws noemen. Hele stukken DNA, honderden miljoen letter (A, C, G en T) waren destijds met de voorhanden techniek niet te lezen, met name de repetitieve stukken (CACACACACACACACACACACA, bijvoorbeeld). Zo zoetjes aan komen we nu pas in de buurt. Lees verder →

Histonen voorkomen springen van transposons in stamcellen

Geplaatst op door
Beantwoorden
Histondans

De histondans rond de springende ERV-genen (afb: Simon Elsässer)

Springende genen (transposonen) zijn hier in dit blog nog wel eens langs gehuppeld. Dat zijn stukken DNA die de neiging hebben zich steeds elders in het genoom te vestigen en/of zichzelf te vermenigvuldigen. Dat is natuurlijk niet zo best voor de stabiliteit en integriteit van het genoom en er zijn wat manieren waarop het genoom al dat gespring aan banden legt. Een aantal daarvan schijnen in kankercellen maar ook in oudere cellen te ontbreken. Histonen, het ‘verpakkingsmateriaal’ rond het  DNA, schijnen in dat remproces een belangrijke rol te spelen, ook in de zogeheten pluripotente stamcellen. Lees verder →

Ki komt ook synthetische biologie te hulp

Geplaatst op door
3
algoritmes en synbiologie

Tijana Radivojevic en Hector Garcia Martin aan het werk (afb: Berkeleylab)

Ach ja, je kon er op wachten. Eindelijk na veertig jaar een belofte te zijn geweest begint kunstmatige intelligentie iets voor te stellen en bij het ene na het andere onderzoeksgebied wordt ki erbij gesleept om dat nog verder op te stoten in de vaart der wetenschappen. Synthetische biologie, de mens gemaakte biologie, is ook iets waarvan veel verwacht wordt, dus waarom die twee niet in symbiose gebracht en waarlijk het voorspelbare is geschied. Ki heeft synbio gevonden mede door toedeon van onderzoekers van het Lawrence Berkeley Nationale Lab. Die ontwikkelden een methode om zelflerende algoritmes aan te passen aan de noden van de synthetische biologie… Lees verder →

De DNA-origami groeit naar nieuwe fronten (?)

Geplaatst op door
Beantwoorden
Meta-DNA

De onderzoekers maakten onder meer van gekoppelde zesstrengige DNA-bundels diverse megaconstructies (afb: Nature)

DNA fascineert onderzoekers al heel wat jaren en dat enorme molecuul verbaast hen nog steeds. De laatste jaren zijn ook wetenschappers met een niet-biologische of medische achtergrond geïnteresseerd. Zo wordt er al jaren geëxperimenteerd met DNA-constructies (‘origami’) voor, bijvoorbeeld, gerichte medicijnafgifte maar ook voor het opslaan van informatie. Nu lijkt het er op dat onderzoekers in de VS en China (dat kan nog steeds) met een nieuw strategie grotere DNA-structuren in elkaar hebben geflanst die hele nieuwe ‘werelden’ zouden kunnen openleggen voor de optoelektronica zowel als de synthetische biologie. Daarbij gebruikten ze bundels van zes DNA-strengen. Lees verder →

Grote moleculen komen lastiger bij de celkern

Geplaatst op door
Beantwoorden
Kerntransport

Groot biomolecuul met ‘passen’ (oranje) probeert zich door de kernporie (grijs/zwart) te wringen (afb: Giulia Paci)

Hoe groter een molecuul is hoe meer ‘passen’ een molecuul nodig heeft om het kernmembraan te mogen passeren, bleek onderzoekers van, onder meer, de Johannes Gutenberguniversiteit in Mainz. De resultaten van het onderzoek zeggen iets over de manier waarop virussen er in slagen om hun genoom laten vermeerderen. Lees verder →

Methode ontwikkeld om allerlei nucleosiden te synthetiseren

Geplaatst op door
Beantwoorden
Nucleoside

Een nucleoside (afb: WikiMedia Commons)

Nucleosiden bestaan uit twee van de drie componenten waaruit nucleotiden bestaan, de bouwstenen van DNA en RNA. Die twee componenten zijn een base en een suiker. Het synthetiseren van die mucleosiden schijnt populair te zijn aangezien ze mogelijk iets kunnen beteken in het bestrijden van ziektes, maar dat blijkt toch een lastig karwei. Nu schijnen onderzoekers van de Simon Fraseruniversiteit en het farmabedrijf Merck & Co een methode ontwikkeld te hebben die dat allemaal een stuk makkelijker zou maken. Lees verder →

RNA draait ook aan de knoppen van onze genen

Geplaatst op door
Beantwoorden

RNA-bindende eiwitten

De technieken die gebruikt werden om de RNA-bindende eiwtten te karakteriseren (afb: Nature)

Het is al vaker verteld: menselijk DNA heeft zo’n 20 000 genen en de andere 98% zou troep zijn (dacht men ooit). Steeds duidelijker wordt dat dat flauwekul is. In het grootschalige project ENCODE (Encyclopedie voor DNA-elementen) houden honderden onderzoekers zich bezig met het opvullen van de ‘lege’ plekken op het genoom. Zo hebben ze inmiddels vele plekken geïdentificeerd waar bepaalde regeleiwitten, de helpen met het in- of uitschakelen van genen, binden aan het DNA.  Nieuw onderzoek binnen dat project heeft nou andere plaatsen op DNA ‘blootgelegd’ die coderen voor RNA. Die RNA-moleculen coderen niet voor eiwitten (zoals boodschapper-RNA) maar spelen zeer waarschijnlijk een rol in de genexpressie (welke genen zijn actief en in welke mate en welke niet). Lees verder →

DNA-druppels raken ‘van de kook’

Geplaatst op door
Beantwoorden

DNA-druppels

DNA-druppels ( afb: Tokio Tech)

Biomoleculen zoals DNA en eiwitten kunnen binden aan elkaar en ‘druppels’ vormen die wel wat weg hebben van oliedruppels. De celdruppels reageren met andere componenten om een cel aan de gang te houden. Onderzoekers bekeken wat die ‘DNA-druppels’ deden als ze geconfronteerd werden met een DNA-splitsend enzym. Die druppels bleken te gaan borrelen als kokend water of te krimpen. Lees verder →