Categorie archieven: DNA-bewerking

DNA menselijke embryo’s bewerkt

Geplaatst op door
Beantwoorden

EmbryoDe Zweedse ontwikkelingsbioloog Fredrik Lanner van het befaamde Karolinska-instituut zou de eerste onderzoeker zijn waarvan bekend is dat hij probeert het DNA van gezonde menselijke embryo’s te veranderen. Hij zegt dat te willen doen om erachter te komen hoe welke genen de embryonale ontwikkeling sturen. Zijn onderzoek zou vooral gericht zijn om oplossingen te zoeken voor onvruchtbaarheid en miskramen, maar ook anderszins zeer bruikbare informatie opleveren. Hij zegt alleen de eerste zeven dagen te zullen bestuderen en de embryo’s nooit ouder dan veertien dagen te laten worden.
Lees verder →

Genoom bacterie drastisch herschikt tot 57-codon E. coli

Geplaatst op door
Beantwoorden
Een tekening van een 57-codon E. coli

Zo kan zo’n gereprogrammeerde Escherichia coli er uit zien (afb: Chris Bickel)

Kijk, in principe is het allemaal niet zo geweldig lastig. Je pakt een bacteriegenoom, dat veel simpeler is dan van eukaryote cellen zoals die van mensen, en je knipt en plakt er op los. Ik neem aan dat de onderzoekers rond George Church bij het verbouwen van DNA van een Escherichia coli-bacterie met meer overleg te werk zijn gegaan, want het volledige nieuwe beestje is immuun voor virussen en kan coderen voor vier niet-natuurlijke eiwitten.
Dat beestje, 57-codon E. coli de farmaceutische en andere industrieën miljarden besparen, heet het, maar gaat toch meer over de greep die de mens inmiddels heeft gekregen op het genoom. De nieuwe, veilige bacterie zou voor allerlei industriële doeleinden kunnen worden gebruikt en ook eiwitten kunnen produceren die in de natuur niet bestaan. Dit is pas het begin. Wanneer is de mens aan de beurt? Lees verder →

Foutcontrole in aflezen van RNA ‘hersteld’

Geplaatst op door
Beantwoorden
Een omgekeerde transcriptase die zijn kopieerwerk ook controleert op fouten

Het RTX-enzym. De met rood aangegeven veranderde aminozuren zijn essentieel voor de controle, roze stukken zijn belangrijk. RNA is geel en DNA is in blauw aangegeven (afb: univ. van Texas)

Het systeem dat leven heet zit fabelachtig in elkaar, maar is niet zonder weeffouten. Zo’n driemiljard jaar geleden zou een ‘fout’ zijn ontstaan in de manier van aflezen van genetische informatie van RNA, die ons nog steeds parten speelt. Terwijl  de enzymen die DNA dupliceren, de DNA-polymerases het kopie nauwkeurig vergelijken met het origineel, doen zogeheten reverse transcriptases, die RNA omzetten in DNA, dat niet. Onderzoekers van de universiteit van Texas hebben een enzym gefabriceerd, RTX gedoopt, dat die fout repareert. Daarmee zouden RNA veel beter dan tot nu toe kunnen worden afgelezen. Dat zou de mogelijkheden van persoonsgerichte medicatie aanzienlijk vooruithelpen.
Lees verder →

Cpf1 lijkt deugdelijke uitbreiding CRISPR-gereedschapskist

Geplaatst op door
Beantwoorden
De Cpf1-schaar uitbreiding CRISPR-gereedschapskist

De Cpf1-schaar (met aanhangsel) werd uitgeprobeerd op muisjes. De ‘schaar’ werd in de embryocellen gebracht met behulp van elektropulsjes (onder) (afb: IBS)

Iemand die de ontwikkeling rond de DNA-bewerker CRISPR een beetje heeft gevolgd, vult dat letterwoord meteen aan met de ‘schaar’ Cas9. Het schijnt dat die ‘schaar’ zich niet overal in het DNA-molecuel even goed thuis voelt en Zuid-Koreaanse onderzoekers van het instituut van fundamenteel onderzoek hebben de CRISPR-gereedschapskist nu uitgebreid met een nieuwe ‘schaar’: Cpf1. Met behulp van die ‘schaar’ hebben ze alvast maar een genetisch afwijkend muisje gemaakt (zonder en met wit haar) om de deugdelijkheid van de nieuwe (?) schaar aan te tonen. Opmerkelijk is dat het artikel al anderhalf jaar geleden bij Nature in huis was. Duidt dat op problemen? Lees verder →

‘Nieuw’ CRISPR-systeem richt zich op RNA

Geplaatst op door
Beantwoorden
Feng Zhang van MIT RNA en C2c2

Feng Zhang van MIT

De lof van het prachtige CRISPR/Cas9-systeem om DNA te bewerken is al vaak uitgesproken. Met dat van bacteriën geleende systeem is DNA heel precies te bewerken (genen verwijderen en/of toevoegen). Nu komen onderzoekers met een eveneens van bacteriën (Leptotrichia shahii) geleend CRISPR-systeem, C2c2 gedoopt, dat zich specifiek op RNA-moleculen richt, de ‘afdrukken’ van DNA, die, onder meer, verantwoordelijk zijn voor de productie van eiwitten. Voordeel van deze techniek zou zijn dat de veranderingen die daarmee worden aangebracht niet blijvend zijn en dat die nauwkeuriger en veelzijdiger is dan bestaande methodes als RNA-interferentie. Een mer à boire, denken de onderzoekers.
Lees verder →

Knutselen met DNA wordt steeds makkeljker

Geplaatst op door
Beantwoorden
DNA-origami opgebouwd uit viraal DNA

DNA-origami opgebouwd uit viraal DNA (afb: Wiki Commons)

Onderzoekers van het MIT in Cambridge (VS) hebben een algoritme ontwikkeld, waarmee wetenschappers en andere ingenieurs allerlei constructies van DNA kunnen maken, de zogeheten DNA-origami (origami=Japanse papierknipkunst). Dat zou de ontwikkeling van toepassingen van deze techniek in een stroomversnelling brengen, denken de onderzoekers. Lees verder →

Genen te activeren met synthetische Cas9-eiwitten

Geplaatst op door
Beantwoorden
George Church, de 'aartsvader' van de synthetische biologie

George Church, de ‘aartsvader’ van de synthetische biologie (afb: Harvard)

CRISPR/Cas9 is niet alleen een van bacteriën geleend systeem om genen te vervangen, maar ook om genen te activeren, waardoor de bijbehorende eiwitten (meer) worden geproduceerd. Hoe je met welke synthetische Cas9-eiwitten welke genen activeert is nu eens in een artikel in Nature bij elkaar gezet door synbiocoryfee George Church van de Harvard-universiteit en de zijnen: een nieuw hoofdstuk in het handboek in genetisch knutselen. Lees verder →

“Knutselen aan menselijk genoom veelbelovend”

Geplaatst op door
Beantwoorden
CRISPR/Cas9-techniek verbeterd

De CRISPR-techniek zou nog niet precies genoeg zijn om mensen te behandelen (afb: Wiki Commons)

Het knutselen aan het genoom van menselijke geslachtscellen zou moeten worden besproken, zegt Nobelprijswinaar Venki Ramakrishnan, die sedert vorig jaar president van de Royal Society is. Dat zou een oplossing kunnen bieden voor ongeneeslijke, erfelijke ziektes, stelt de Nobelprijswinnaar. Op het ogenblik is het knutselen aan menselijke geslachtscellen (gericht op de voortplanting) in Groot-Brittannië verboden. Lees verder →

Volledig nieuw menselijk genoom in de maak?

Geplaatst op door
Beantwoorden

DNA-wenteltrapVorige week troffen 130 deskundigen elkaar op de geneeskundefaculteit van de Harvard-universiteit om te praten over het ontwikkelen van grote DNA-moleculen vanaf het nulpunt. Het was een groep van wetenschappers, juristen, ethici, ingenieurs en overheidsvertegenwoordigers, waar journalisten en andere niet-genomisten niet welkom waren. Ook werden er geen officiële mededelingen gedaan, maar het Britse blad New Scientist wist toch het een en ander op te vangen. De bijeenkomst zou zijn gepland in verband met het opzetten van een groot internationaal onderzoeksproject dat als doel heeft een geheel nieuw menselijk genoom te bouwen (vanaf niks). Lees verder →

CRISPR/Cas9 ook te gebruiken bij puntmutaties

Geplaatst op door
Beantwoorden
CRISPR/Cas9-techniek verbeterd

De CRISPR-techniek zou nog niet precies genoeg zijn om mensen te behandelen. (afb: Wiki Commons)

Ik dacht dat de genschaar (CRIPR/Cas9) al akelig nauwkeurig was, maar kennelijk viel er aan dit natuurlijke systeem nog wat te verbeteren. Onderzoekers uit Amerika zouden er in geslaagd zijn nu met de genschaar puntmutaties te corrigeren (mutaties waarbij maar een basepaar is veranderd). Het CRISPR/Cas9-systeem knipt daarbij niet het DNA door, maar wisselt de desbestreffende basen uit. In een eerste proeve van mogelijkheden repareerden de onderzoekers het APOE4-gen om twee baseplaatsen. Dat gen heeft een slechte reputatie, omdat het met de ziekte van Alzheimer wordt geassocieerd. Lees verder →