Mo Li in zijn lab (afb: KAUST)
Nummeren DNA’s vergemakkelijkt speurtocht naar mutaties
Beantwoorden
Categorie archieven: DNA-bewerking
Nieuwe aflevermethode CRISPR-gereedschap bedacht
Het klinkt eenvoudig maar is lastig: het afleveren van materiaal om in cellen genetische werkzaamheden te verrichten met, onder meer, de CRISPR-methode. Vaak worden daarvoor kreupel gemaakte virussen gebruikt, maar onderzoekers lipidestructuren gemaakt om de ‘instructies in de cellen te brengen. Die structuren schijnen in dierproeven hun bruikbaarheid te hebben bewezen. Lees verder
Verdediging hersenkankercellen ontmanteld (?)
Mitochondriën
Cosmo is na CRISPR-ingreep twee keer stier
CRISPR-Cosmo met moeder 3113 (afb: UC Davis)
Weer een basebewerker genoom ontwikkeld: van C naar G
De basen zijn de vier gekleurde staafjes (geel, groen, blauw en oranje) die de treden van de DNA-wenteltrap lijken
Het lijkt wel of basebewerkers de nieuwe mode zijn in CRISPR-land. Hadden we een paar dagen geleden het verhaal over een basebewerker die cytosine (C) omzette in thymine (T), nu hebben een basebewerker in de aanbieding die cytosine vervangt door guanine (G) getooid met de wat fantasieloze naam CGBE1. Voordeel van die basebewerkers zou zijn dat ze minder last hebben van onbedoelde mutaties. Lees verder
Mini-Cas ontdekt om genoom te bewerken
De megeafaag (rood) spuit zijn eigen genoom in een bacterie plus CasΦ om concurrente fagen (blauw) de pas af te snijden. Het bacteriegenoom is paars (afb: Basem Al-Shayeb en Patrick Pausch)
Een van de problemen die bestaan bij de CRISPR-methode om een genoom te bewerken is het bewerkingsgereed-schap in de celkern te krijgen. Dan is het handig als dat gereedschap niet al te groot is. Onderzoekers van, onder meer, de universiteit van Californië in Berkeley hebben in een bacteriofaag (een virus dat het op bacteriën heeft voorzien) een uiterst compact Cas-eiwit gevonden dat nauwkeurig (maar waar hebben we dat meer gehoord?) de dubbele streng van het DNA doorknipt: CasΦ. Lees verder
En weer is CRISPR nauwkeuriger gemaakt, althans A3G
Waarom alleen de tweede C moet worden vervangen door T is (mij) niet duidelijk (afb: Riceuniversiteit)
Ik wil niet veel zeggen, maar het lijkt er op dat allerwegen wordt geprobeerd de CRISPR-methode om het genoom te bewerken nauwkeuriger te maken. Ik ben de tel van de verhalen over een ‘nog nauwkeuriger CRISPR’ inmiddels al kwijt. Nu meldden onderzoeksters van de Riceuniversiteit rond Xue Sherry Gao in de VS dat hun basebewerker A3G die zich louter richt op de C (cytosine) in het DNA met extra cytosines (‘omstanders’) minder ongewenst knip-en-plakwerk verricht. Die zou, in sommige gevallen, ruim 6000 keer (!) beter scoren dan de basebewerker BE4max, die op het ogenblik het neusje van de zalm schijnt te zijn. Lees verder
CRISPR weer eens veiliger gemaakt (?)
Het Cas9-complex (blauw) ‘omarmt’ het gids-RNA (geel) en doel-DNA (rood) (afb: Bang Wong)
Ik heb het idee dat het met de CRISPR-methode niet helemaal lekker loopt. Toen deze bacteriële truc een aantal jaren geleden ontdekt werd, was er alom hoerageroep: nu kunnen we eindelijk heel nauwkeurig het genoom bewerken. Dat bleek niet zo te zijn. Het gebeurde vaak dat er op onvermoede en onbeoogde plaatsen aan het DNA werd gesleuteld door de knipenzymen. Er zijn inmiddels verbeteringen voorgesteld en nu komen Chinese onderzoekers onder aanvoering van Feng Gu van de universiteit van Wenzhou met weer een manier om CRISPR veiliger (betrouwbaarder) te maken. Lees verder
Mitochondriaal DNA bewerkt
De structuur van cytidinedeaminase (afb: WikiMedia Commons)
Onderzoekers van het Howard Hughesinstituut van de universiteit van Washington en de Harvarduniversiteit rond Joseph Mougous hebben het DNA van de mitochondriën in cellen bewerkt met een andere methode dan de CRISPR-techniek die wordt gebruikt voor het bewerken van het DNA in de celkern. Het zou voor het eerst zijn dat mitochondriaal DNA is bewerkt.
Lees verder
Met CRISPR genen verwijderd uit levercellen apen
Heb je er last van ruk hem dan uit, zou je kunnen zien als een adequate geneeswijze. Heb je een te hoog LDL-cholesterol– of triglyceridegehalte dan kun je last van je hart krijgen. Die stoffen worden in de lever aangemaakt als ‘afschrift’ van, achtereenvolgens, de genen PCSK9 en ANGPTL3. Het CRISPR-gereedschap voor de ‘amputatie’ werd toegediend in beschermende vetbolletjes. Dat scheen bij alle apen gelukt te zijn. Die genen werden ‘uitgerukt’. Die krijgen geen last meer van hartziektes?
Lees verder