De vijf nucleobasen die een belangrijk bestanddelen vormen van DNA en RNA (afb: Futura-Sciences)
Bouwstenen van DNA op meteorieten gevonden
Beantwoorden
Tag archieven: cytosine
Weer een basebewerker genoom ontwikkeld: van C naar G
De basen zijn de vier gekleurde staafjes (geel, groen, blauw en oranje) die de treden van de DNA-wenteltrap lijken
Het lijkt wel of basebewerkers de nieuwe mode zijn in CRISPR-land. Hadden we een paar dagen geleden het verhaal over een basebewerker die cytosine (C) omzette in thymine (T), nu hebben een basebewerker in de aanbieding die cytosine vervangt door guanine (G) getooid met de wat fantasieloze naam CGBE1. Voordeel van die basebewerkers zou zijn dat ze minder last hebben van onbedoelde mutaties. Lees verder
En weer is CRISPR nauwkeuriger gemaakt, althans A3G
Waarom alleen de tweede C moet worden vervangen door T is (mij) niet duidelijk (afb: Riceuniversiteit)
Ik wil niet veel zeggen, maar het lijkt er op dat allerwegen wordt geprobeerd de CRISPR-methode om het genoom te bewerken nauwkeuriger te maken. Ik ben de tel van de verhalen over een ‘nog nauwkeuriger CRISPR’ inmiddels al kwijt. Nu meldden onderzoeksters van de Riceuniversiteit rond Xue Sherry Gao in de VS dat hun basebewerker A3G die zich louter richt op de C (cytosine) in het DNA met extra cytosines (‘omstanders’) minder ongewenst knip-en-plakwerk verricht. Die zou, in sommige gevallen, ruim 6000 keer (!) beter scoren dan de basebewerker BE4max, die op het ogenblik het neusje van de zalm schijnt te zijn. Lees verder
RNA kan uit eenvoudige verbindingen zijn ontstaan
Leven is een eigenaardig fenomeen. We doen of het normaal is, maar dat is het natuurlijk allesbehalve. Nog nooit heeft iemand een afdoende definitie voor leven kunnen verzinnen en hoe dat voor ons zo ‘normale’ ontstaan is, is nog steeds een volstrekt raadsel. Er zijn theorieën te over, waarbij de RNA-wereld (alles is begonnen met het ontstaan van RNA) op het ogenblik de populairste, maar ja, RNA is geen simpel stofje. Nu schijnen onderzoekers Thomas Carell een manier gevonden te hebben waarbij de vier bouwstenen van RNA kunnen worden gevormd uit eenvoudige uitgangsstoffen. Lees verder
Meteorieten kunnen leven hebben hebben ‘gesticht’
Met enige regelmaat duiken er ideeën op over hoe het leven op aarde zou kunnen zijn ontstaan. Aan al die theorieën kleven wel ‘smetjes’ of ‘zwarte gaten’. Misschien, maar misschien ook niet. Japanse onderzoekers hebben een nieuwe manmoedige poging gedaan voor een verklaring van het ontstaan van leven op deze planeet (en wellicht ook andere). Laat een meteoriet met grote vaart in de oersoep ploffen en de bouwstenen van het leven ontstaan vanzelf, stellen ze. Lees verder
Extra DNA-base handhaaft zich in zoogdieren
Voor liefhebbers: 5fC is in feite een tussenproduct in de demethylering van cytosine
DNA is opgebouwd uit vier basen, afgekort C, G, A en T. Synthetisch biologen experimenteren met niet-natuurlijke basen, om te voorkomen dat nieuwe synbiologische ‘constructen’ de natuur kunnen verstoren. De vraag is nu of dat een afdoende bescherming is. Onderzoekers van, onder meer, de universiteit van Cambridge (Eng) zijn er achter gekomen dat een, natuurlijke, variant (5-formylcytosine, afko 5fC) van een van de vier basen (C) zich blijkt te kunnen handhaven in het DNA van zoogdiercellen. Doorredenerend zou dat kunnen betekenen dat niet-natuurlijke basen geen garantie zijn voor de bescherming van het natuurlijke leven tegen vreemd DNA. Lees verder
Zesde DNA-base ontdekt (?)
Nog een zesde base?
Op school leer je dat het levensmolecuul DNA uit vier bouwstenen, de nucleotiden, die worden aangeduid met het onderdeel daarvan: adenine, cytosine, guanine en thymine: A, C, G en T. Ik heb eventjes niet opgelet, maar er was al in de jaren 90 een vijfde nucleobase bijgekomen: gemethyleerde cytosine. Methylering is een belangrijk proces bij het (de)activeren van genen. Nu schijnt ook een gemethyleerde vorm van adenine in eukaryotische cellen te kunnen bestaan, mA, zo melden Catalaanse onderzoekers in het tijdschrift Cell. Ook die zesde base zou iets te maken hebben met de activiteit van de genen in het DNA. Lees verder
Hersencellen vertonen genetisch riskant ‘gedrag’
De activiteit van de uitlopers van zenuwcellen is afhankelijk van de GluR1-spiegel (oranjegeel). Links normaal, rechts na toevoeging van Tet3 (afb: John Hopkins-universiteit)
“We zijn er aan gewend te denken dat als de cel volwassen is, het DNA stabiel is met alles wat er om heen zit om dat te sturen”, zegt Hongjun Song van de John Hopkins-universiteit. “Uit de studie blijkt dat sommige cellen voortdurend hun DNA aanpassen om hun werk te kunnen doen.” Volgens de onderzoekers zijn zenuwcellen risicopakkers. Ze zouden dagelijks ‘DNA-chirurgie’ toepassen om het activiteitenniveau op het juiste peil te krijgen. Omdat die niveaus belangrijk zijn voor zaken als leren, geheugen en hersenafwijkingen, denken de onderzoekers weer wat licht te hebben geworpen in de duisternis die hersens heet. Lees verder
DNA-achtig medicijn getest bij kankerpatiënten
dSlim is de handelsnaam voor de DNA-achtige moleculen, zoals MGN1703, waarmee het Duitse bedrijf Mologen AG experimenteert. (afb: Mologen AG)
Een experimenteel medicijn dat bestaat uit een enkelstrengige oligonucleotide, zeg maar een kort stukje ‘half’ DNA, dat de aanduiding MGN1703 heeft gekregen, zou het afweersysteem aanzetten zich tegen allerlei ontstekingen en tegen kankercellen te vechten zonder dat dat bijwerkingen zou geven, zo concludeerden Duitse en Spaanse onderzoekers op basis van muisproeven. Het middel zou al in klinische proeven worden getest op patiënten met verschillende soorten kanker. Lees verder