Retrons en CRISPR lijken een goed koppel te vormen

Bacteriofagen

Bacteriofagen vallen bacteriecel aan

Zeven jaar geleden werd de CRISPR-methode van bacteriën omgezet in een genoombewerkingstechniek. Sommige bacteriën hadden nog iets anders : retrons, geheimzinnige pakketjes van DNA, RNA en eiwitten. Onderzoekers denken nu dat dat mogelijk een machtig wapen wordt  om het genoom van eencelligen te veranderen. Biologen hebben inmiddels uitgevonden dat die retrons, net als CRISPR, onderdeel vormen van het afweersysteem die bacteriën beschermen tegen bacterie-etende virussen: de fagen. Lees verder

Virussen: de onverslaanbare sluipmoordenaars

Hi-virussen op een T-cel

Hi-virussen (paars) op een T-cel

Virussen zijn stukjes RNA of DNA die coderen voor eiwitten met een ‘velletje’ er omheen. RNA-virussen zijn virussen waarvan het erfelijk materiaal uit RNA in plaats van DNA bestaat. Bekende voorbeelden Virussen zijn stukjes erfelijk materiaal met een eiwitmantel eromheen, nauwelijks leven. Toch kunnen ze grote rampen veroorzaken.van RNA-virussen zijn het griep-, ebola- en hepatitis-C-virus. Lees verder

De CRISPR-methode werkt ook als antibioticum

Clostridium difficile

Clostridium difficile is een moeilijke ziekenhuisgast (afb: Science)

De befaamde van bacteriën geleende CRISPR/Cas9-methode knipt en plakt niet alleen nucleotiden, maar blijkt ook te kunnen functioneren als antibioticum. Onderzoekers van de universiteit van Noord-Carolina (VS) schijnen met succes de normaal ongevaarlijke bacterie Clostridium difficile uit de darmflora van muisjes te hebben verwijderd met behulp van de CRISPR-methode.
Lees verder

Bacteriofaag beschermt zich met een schijnkern (?)

Bacteriofaag

Een bacteriofaag oftewel bacterie-eter

Grofweg is de wereld van levende organisme in tweeën te delen de eukaryoten en de prokaryoten. Eukaryoten zijn organismen met cellen die een celkern hebben, bij prokaryoten dobbert het DNA onbeschermd in de cel rond. Virussen worden door sommige wetenschappers niet tot de levende wereld gerekend. Nu blijken er bacteriofagen te zijn, virussen die het gemunt hebben op bacteriën, die een soort beschermingsschil rond hun DNA hebben die dat erfgoed moet beschermen tegen destructieve CRISPR-enzymen van bacteriën. Je zou dat kunnen  zien als een tussenvorm (of overgangsfase) van prokaryoten en eukaryoten. Zijn virussen dan toch ‘levendiger’ dan sommige wetenschappers denken? Overigens lijkt het er sterk op dat de verklaring van de onderzoekers, op zijn zachtst gezegd, hiaten vertoont. Lees verder

Bacteriofagen gentisch aangepast om als antiobiotica te fungeren

Bacteriofagen als antibiotica

Bacterioofagen aangepast voor de antibiotische arbeid en andere doeleinden (afb: Kilcher/ETHZ)

Met behulp van synthetische biologie zijn bacteriofagen (bacterie-‘etende’ virussen) door onderzoekers van het ETH in Zürich zo aangepast dat ze geschikt zouden zijn geworden voor de bestrijding van bacterie-infecties, bij wijze van antibiotica dus. Deze ontwikkeling is in gang gezet nu steeds meer bacteriën voor steeds meer antibiotica ongevoelig zijn geworden. Lees verder

Genetisch veranderd fagen als bacteriedoder gebruikt

Helen ~Spencer (l) met Isabelle en haar ouders (afb: Helen Spencer)

Een 15 jarige meisje met taaislijmziekte kreeg in september 2017 een dubbele longtransplantatie. De operatie was geslaagd, maar het meisje deed een bacteriebesmetting op. Het ging daarbij om de antibioticaresistente bacterie Mycobacterium abscessus. Haar behandeldende arts Helen Spencer van een Londens ziekenhuis besloot tot een ‘faagtherapie’. Fagen zijn bacteriedodende virussen. Een gok die goed uitpakte. Lees verder

Bacteriofagen omgevormd tot bacteriezoekers

Bacteriefagen omgevormd tot bacteriezoekers

Een magneetfaag (met pootjes) bij een E. coli (afb: Cornelluniversiteit)

Je  rommelt wat met hun DNA en stopt er wat nanodeeltjes is. Zo kun je bacteriofagen omvormen tot bacteriezoekers (-en opruimers), die, bijvoorbeeld, daar in (menselijk) voedsel naar op zoek gaan om te kijken of dat veilig is. Lees verder

Bacteriofagen mogelijk opvolgers van antibiotica

Staphylococcus aureus

Staphylococcus aureus (afb: WikiMedia Commons)

Eigenlijk is het lood om oud ijzer: bacteriofagen of antibiotica. Beide ‘verslinden’ bacteriën, met dat verschil dat bacteriofagen wat kieskeuriger zijn. Ze werken alleen bij een bepaalde bacterie terwijl zogeheten breedspectrum-antibiotica grote delen van het bacteriële leven verdelgen. Groot nadeel van antibiotica is dat bacteriën er immuun voor kunnen worden. Dan kan veel moeilijker met fagen. Dat zijn virussen. Nu steeds meer antibiotica onwerkzaam zijn bij steeds meer bacterisoorten zijn de fagen misschien een alternatief. Twee patiënten in Frankrijk met chronische gewrichtsontstekingen zijn daar dankzij de fagen vanaf. Lees verder

CRISPR-methode verfijnd met anti-CRISPR-eiwitten

anti-CRISPR-eiwitten blokkeren het Cas9-molecuul

Bacteriofagen (virussen) bestrijden de CRISPR-defensie van bacteriën door de Cas9-‘schaar’ te blokkeren met een eiwit (Acr) (afb: Cell)

Ik heb altijd begrepen dat de genoombewerkingsmethode CRISPR/Cas9 heel precies genen uit het DNA-molecuul kan wegsnijden. Kennelijk gaat dit ‘onfeilbare’ van bacteriën geleende systeem toch nog wel eens in de fout. Onderzoekers van de medische afdeling van MIT in Cambridge (VS) en van de universiteit van Toronto (Can) hebben nu drie eiwitfamilies ontdekt die het knip- en plakwerk van de CRISPR/Cas9 kunnen uitzetten. Daarmee zou de bewerkingstechniek nog ‘feillozer’ worden (als de vergrotende trap van feilloos zou hebben bestaan).
Lees verder