Onderzoekers herprogrammeren gen met licht (zeggen ze)

Lichtgestuurd gen

Het lichtgestuurde gen FGFR1, met en zonder licht (afb: Proc. of IEEE)

Al jaren wordt er geëxperimenteerd om met licht de activiteit van genen te sturen, een tak van sport die optogenetica wordt genoemd. Onderzoekers van de universiteit van Buffalo (nog nooit van gehoord) zeggen met die methode het gen FGFR1 te hebben ‘geherprogrammeerd’ in een kweek van hersencellen. Dat gen speelt een belangrijke rol in de ontwikkeling van embryo tot volgroeid organisme. Lees verder

Enig idee hoe organen ontstaan (?)

De orgaanontwikkeling

De orgaanontwikkeling bij zoogdieren doorloopt een vast ‘genprogramma’ dat in het begin grotendeels overeenkomt (afb: Kaessmann-lab)

Het ontstaan van het leven en alles wat er omheen hangt is nog steeds omhangen met vele geheimen (ook al doen we of we daar zo veel van af weten). Zo is voornamelijk duister hoe organen zich in een embryo ontwikkelen. Onderzoekers van de universiteit in het Duitse Heidelberg hebben, geholpen door de modernste DNA-uitlezers, wat licht in die duisternis geworpen. Er lijkt een soort ‘genetisch programma’ te zijn dat bepaalt welke organen zich waar in de vrucht vormen dat zowel geldt voor mensen als ook een aantal andere zoogdieren. Lees verder

CRISPR gaat huwelijk aan met springende genen

Werking van springende genen

Zo zouden transposonen zich verspreiden door het genoom (afb: https://www.ebi.ac.uk)

Voor een systeem waar het zo nauw luistert, het leven, heeft het wel veel ‘losse eindjes’ (althans, zo zien ze er uit met mijn beperkte kennis van de genetica). Transposonen, vaak springende genen genoemd, horen daar wat mij betreft toe. Onderzoekers hebben nu die wispelturige genen in het huwelijk laten treden met de CRISPR-methode om DNA te veranderen. Daardoor zou het makkelijker worden om het DNA te veranderen en daar zou niet bij geknipt hoeven worden. Lees verder

Ons lijf stikt van de mutaties

Mutaties in weefsels

De weefsels waarvan monsters zijn genomen (bij mannen en vrouwen verschillend) en van de cellen het RNA is uitgelezen (afb: Gad Getz et. al.)

Een analyse van de RNA-gegevens van zo’n 500 proefpersonen van 29 verschillende weefsels heeft aangegeven dat ons lijf stikt van de mutaties. We zijn heftig mozaïsch oftewel door die mutaties hebben cellen in een weefsel verschillende genomen. Dat mozaïcisme stijgt met de jaren. Vooral longen huid hebben daar last van en dat zijn niet toevallig twee organen die het meest met de buitenwereld in aanraking komen. Lees verder

Bacteriën maken nieuwe genen uit ‘troep-DNA’

Ontstaan nieuwe genen in E. coli's

Nieuwe genen onstaan bij E. coli-bacteriën uit willekeurige sequenties in het ‘niet-coderende’ DNA. In het ringvormige DNA van de bacterie plaatsten onderzoeker een halfmiljard willekeurige stukjes DNA (afb: univ. van Uppsala)

Een van de (vele) vragen die ontwikkelingsbiologen zich stellen is hoe nieuwe genen ontstaan. Onderzoekers in Zweden denken nu te weten hoe dat bij bacteriën werkt. Die neiuwe genen kunnen worden gevormd uit DNA-sequenties die functieloos zouden zijn, ooit junk(=troep)-DNA genoemd. Lees verder

Embryonale stamcellen gemaakt van huidcellen

Huidcellen muisjes omgezte on drie typen embryonale stamcellen

Huidcellen van muisjes werden omgezet in drie typen embryonale stamcellen. Bepalend daarbij was de activiteit van het Eomes-gen en het Ersrrb-gen (afb: univ. van Jeruzalem)

Onderzoekers van de universiteit van Jeruzalem zeggen een manier gevonden te hebben om uitgaande van huidcellen embryonale stamcellen te maken die te vergelijken zijn met de drie typen stamcellen van een vroege emrbyo. Tot nu toe konden rijpe cellen zoals huidcellen worden geherprogrammeerd tot een minder ‘maagdelijke’ vorm van stamcellen, de pluripotente (de voorloper van alle celtypen in ons lichaam). Zal op een dag een zuigeling geboren kunnen worden die is ontstaan uit huidcellen? Lees verder

Honderden zwakke plekken kankercellen blootgelegd

Longkankercellen

Longkankercellen

Ik heb op deze plek wel eens geklaagd dat er bijna elke dag wel een ‘doorbraak’ op het gebied van kanker of een nieuw therapeutisch doelwit is gevonden zonder dat die vindingen al te veel hebben betekent voor resultaat van kankerbehandelingen. Dat is hoogstwaarschijnlijk sterk overdreven en (dus) ook niet helemaal terecht, maar eindelijk blijken onderzoekers zich eens met het grotere geheel te zijn gaan bezighouden. Met behulp van de CRISPR-methode hebben ze in driehonderd kankermodellen en bij dertig verschillende kankersoorten onderzocht welke genen wezenlijk zijn voor de overleving van kankercellen. Dat zijn er een hoop: duizenden. De onderzoekers gaven ook aan welke daarvan het meest in aanmerking komen als therapeutisch doelwit. Ze maakten een lijst van 600 doelwitten. Lees verder

Niet-coderend DNA kan zich snel omvormen tot gen

Niet-coderend DNA

Niet-coderend DNA is niet bepaald nutteloos

Het zit goed in elkaar en het zit vrij ingewikkeld in elkaar dat ‘per-ongelukke’ systeem dat leven heet (ik kan het niet vaak genoeg zeggen). Het lijkt er op dat de ideeën over de manier waarop levende organismen nieuwe eiwitten gaan aanmaken enigszins herzien moeten worden. Uit bestudering van het erfelijk materiaal van rijstplanten bleek dat niet-coderend DNA zich (relatief) snel kan omvormen tot coderend DNA (en dus tot genen). Lees verder

CRISPR-methode effectief bij spierziekte in muisjes

Dystrofine

Dystrofine (afb: WikiMedia Commons)

Onderzoekers van de Amerikaanse Duke-universiteit hebben muisjes die een aandoening hadden die leek op de Duchenne-spierdystrofie van die ziekte genezen (?; as) door een enkele CRISPR-behandeling. Daarbij werd defect DNA uit het dystrofine-gen verwijderd. Een jaar na de behandeling (een groot deel van een muizenleventje) bleken de behandelde muisjes nog steeds Duchennevrij ook al waren er afweerreacties en bijkomende, onbedoelde veranderingen aan het DNA ontstaan. Lees verder

Vitamine D en macrofagen bevorderen beenmergziekte

Myelofibrose veroorzaakt door fout gen in combinatie met vitamine D

Bloedstamcellen (blauw) met een defect op het JAK2-gen worden door vitamine D gestimuleerd ‘foute’ macrofagen aan te maken (afb: univ van K~obe)

De beenmergziekte myelofibrose wordt bevorderd door een oversignalering door vitamine D en door de afweercellen, macrofagen, zo ontdekten onderzoekers rond Kanako Wakahashi en Yoshio Katayama van de universiteit van Kobe (Jap). Dat afweercellen het probleem niet oplossen, maar juist verergeren moet toch een punt van zorg zijn voor aanhangers van de immuuntherapie die het eigen afweersysteem oppoken om de strijd aan te gaan met ziekteverwekkers of zieke (kanker)cellen. Lees verder