RNA gevonden die zichzelf kan kopiëren (?)

RNA-wereld

De RNA-wereldhypothese stelt dat spontane polymerisatie van ribonucleotiden leidde tot het ontstaan ​​van ribozymen, waaronder een RNA-replicase, het enzym dat zorgt voor de replicatie van het RNA-molecuul (afb: WikiMedia Commons)

Hoewel het idee van de RNA-wereld nog steeds door de meeste (betrokken) onderzoekers wordt gezien als een verklaring voor het ontstaan van leven, heeft DNA de meeste aandacht naar zich toegetrokken. Dat bezopen lange molecuul (uitgerekt zo’n 2 m lang) is, met hulp van enzymen, in staat zichzelf te kopiëren (repliceren) en slaat een ontiegelijke hoop gegevens op. Er is zelfs sprake van om DNA als middel voor gegevensopslag te gebruiken. RNA kunnen zich niet repliceren was het idee, maar het lijkt er op dat onderzoekers nu een RNA hebben gevonden dat dat wel lijkt te kunnen. Lees verder

Embryonale stamcellen hebben geen last van replicatiestress

Celreplicatie

Als stamcellen delen moet het DNA verdubbeld worden. Dat gebeurt anders bij stamcellen (boven) dan bij embryonale bindweefselcellen, bijvoorbeeld (onder) (afb: Tomomi Tsubouchi et al./EMBO Reports)

Embryonale stamcellen zijn pluripotente stamcellen die alle celtypen van een organisme kunnen produceren. Ze prolifereren snel en er werd aangenomen dat ze hoge niveaus van intrinsieke replicatiestress zouden ondervinden. Dat lijkt anders te zitten. Stamcellen hebben een ander replicatieritme dan gespecialiseerde cellen. Lees verder

Gist overleeft met de helft van zijn DNA synthetisch

synthetisch gistchromosoom

Een getekende impressie van het gesynthetiseerde chromosoom van bakkersgist. De gele stukken zijn weggelaten stukken, de witte stippen de toegevoegde genen.

Biologen hebben bij bakkergist (Saccharomyces cerevisiae) , dat normaal zestien chromosomen heeft, zesenhalve chromsomen geheel ‘gerenoveerd’ en in het lab gesynthetiseerd en er nog een synthetisch chromosoom aan toegevoegd dat bestaat uit stukjes bewerkt DNA van de gist. Dat drastisch aangepaste organisme bleek desondanks te functioneren en zelfs te delen. Het schijnt een mijlpaal te zijn van het consortium Sc2.0 dat al vijftien jaar bezig is de gist te voorzien van een volledig syjnthetisch genoom. Lees verder

DNA-replicatie

De replicatie: de leidende (onder) en de volgende streng (boven) worden op een andere wijze verdubbeld (afb: Wiki Commons)

Onderzoekers van de universiteit van Cambridge (VK) hebben de replicatie van menselijk en ander DNA voor elkaar gekregen met gezuiverde eiwitten die voor die verdubbeling noodzakelijk zijn. De DNA-synthese zou snel en foutloos zijn verlopen. Lees verder

Levende ‘robots’ lijken zich te reproduceren

Nieuwe reproductievorm

Stamcellen van een klauwkikkerfoetus (A) worden behandeld (B) en vormen vervolgens ‘Pac-~Mannetjes’ (C) waarna ze zichzelf spontaan repliceren (blauwe pijltjes)(afb: Joshua Bongard PNAS)

Kikkercellen blijken zich te ‘verzamelen’ tot iets dat op een organisme lijkt, dat zich ook nog eens blijkt te reproduceren en niet een keer. De computer en kunstmatige intelligentie schijnen in dit spel een belangrijke (doorslaggevende?) rol te hebben gespeeld. Lees verder

Worden retrons de nieuwe middelen voor genoombewerking ?

Retronrecombinatie

De retronsequentie bevat en mutatiesequentie (rood), die ingebouwd wordt in het bacteriële DNA (afb: Max Schubert/Harvard)

De CRISPR-methode heeft in een relatief korte tijd grote furore gemaakt als manier om het genoom te bewerken, maar er kleven wel wat problemen aan zoals ongewenste mutaties in het DNA en ook een bescheiden ‘actieradius’. Onderzoekers van, onder meer, Harvard hebben nu een nieuwe techniek ontwikkeld waarbij zogeheten retrons (zie voor uitleg verderop onder ‘Retrons’) worden ingezet om tegelijkertijd miljoenen veranderingen in het genoom aan te brengen en waarmee een groot aantal cellen is te verifiëren. Die techniek, retronbibliotheekrecombinatie genoemd (in Engels afko RLR), zou kunnen worden gebruikt als de CRISPR-methode niet (goed) werkt en de bewerkingsresultaten beter zouden moeten zijn, stellen de onderzoekers. Lees verder

MutS en MutL laten fouten bij replicatie DNA direct repareren

DNA-replicatie

De replicatie: de leidende (onder) en de volgende streng (boven) worden op een andere wijze verdubbeld (afb: Wiki Commons)

Onderzoeksters van de universiteit van Noord-Carolina hebben het gedrag van twee eiwitten geïdentificeerd, MutL en MutS (een variatie kennelijk op Jut en Jul), die bij de celdeling in de gaten houden of de replicatie van DNA wel goed gaat. Als ze fouten constateren dan vormen ze ter plekke een ‘stijve’ structuur en roepen andere eiwitten te hulp om de schade te herstellen. Lees verder

‘Catalogus’ gemaakt van eiwitten die helpen bij replicatie DNA

DNA-replicatie

De replicatie: de leidende (onder) en de volgende streng (boven) worden op een andere wijze verdubbeld (afb: WikiMedia Commons)

Replicatie van DNA is een proces dat voorafgaat aan de celdeling, zodat de twee uit die deling ontstane dochtercellen elk weer een volledige dubbele helix in kern hebben. Dat is een secuur werkje want zo’n (menselijk) DNA-molecuul bestaat uit zo’n zesmiljard nucleotiden (bouwstenen). Onderzoekers van de VanderBiltuniversiteit in Nashville rond David Cortez hebben nu een ‘catalogus’ gemaakt van eiwitten die betrokken zijn bij dat replicatieproces. Dat zouden er maar liefst 593 zijn (of ten minste 85% daarvan). Lees verder

Versuikerde RNA’s ontdekt! Nou en?

N-gekopplede glycanen

De basisstructuur van N-gekoppele glycanen (afb: Merck)

Voor het eerst zijn er versuikerde RNA-moleculen gevonden in cellen. Grote opwinding onder biochemici met kreten als “er komt een nieuw tijdperk aan”, maar wat die suiker-RNA’s doen is onduidelijk. Zijn biochemici van die licht ontvlambare types of is er echt iets aan de hand? Er zijn ook onderzoekers die hun twijfel hebben. Lees verder

Eerste ‘robot’ met een stofwisseling gemaakt

DNA-'robotjes' met 'stofwisseling'

De ‘stofwisseling’ (afbreken en opbouwen) die wordt gecreëerd in een microvloeistofsysteem met obstakels (C) (afb: Cornell-univ.)

Het is wat je robots noemt. Uitgaande van DNA hebben onderzoekers van het Amerikaanse Cornell-universiteit nano-botjes met een ‘stofwisseling’ gemaakt, die die zich kunnen verplaatsen en wellicht ook kunnen evolueren via genetische mutaties. Het lijkt heel in de verte op iets wat in werkelijkheid al bestaat: leven.
Lees verder