Veelvoorkomende kopieerfout DNA blijkt toch niet altijd toeval

DNA-basen

De DNA-basen (afb: WikiMedia Commons)

Een van de meest voorkomende mutaties in de ‘belettering’ van het genoom is de vervanging van de DNA-base cytosine (C) door thymine (T). Die vindt niet alleen plaats door toeval, maar vooral als gevolg van fouten tijdens de celdeling. De ‘boosdoener’ is een enzym dat DNA kopieert en normaal gesproken kopieerfouten opspoort en herstelt. Op bepaalde plaatsen ‘struikelt’ dit enzym echter, zo melden onderzoeksters rond Marketa Tomkova van de universiteit van Oxford. De bevindingen zouden betekenis kunnen hebben voor het kankeronderzoek, stellen de onderzoeksters. Lees verder

RNA-transcript helpt bij DNA-schade maar kan ook ‘besmet’ worden

DNA-breuken

Hersencellen (paars) waar DNA-schade wordt gerepareerd (geel). DNA zelf is lichtblauw (cyaan), maar met geel wordt dat groen. (afb: Nussenzweig et al.)

Een cel heeft verschillende mechanismes om schade aan DNA te herstellen. Een groep van wetenschappers rond Kaspar Burger van de Julius-Maximilians-universiteit Würzburg (JMU) heeft nu een van deze signaalpaden wat nader bekeken. Ze zagen een nieuw mechanisme van de DNA-schaderespons dat gebruik maakt een RNA-transcript NEAT1. De resultaten helpen een beter zicht te krijgen op de manieren waarop cellen schade aan DNA herstellen en mogelijk ook de basis te leggen voor het ‘repareren’ van genetische ziektes. Lees verder

Genactiviteit te regelen met nieuwe CRISPR-methode

genactiviteitsturing

Door een methylgroep aan een C (naast een G) te koppelen wordt een gen inactief. Met CRISPRon wordt de boel weer ingeschakeld (afb: Cell)

De CRISPR-methode is inmiddels een breed geprezen (maar nog lang niet volmaakt) middel om DNA te bewerken. Nu lijkt het er op dat onderzoekers die methode zo hebben veranderd dat daarmee ook de expressie van genen (de genactiviteit) is te veranderen. Dat biedt nieuwe mogelijkheden die buiten het louter genetische liggen. Lees verder

DNA gaat in hersencellen vaak op bepaalde plaatsen stuk

DNA-breuken

Hersencellen (paars) waar DNA-schade wordt gerepareerd (geel). DNA zelf is lichtblauw (cyaan), maar met geel wordt dat groen. Overigens lijkt het in dit plaatsje alsof de kern net zo groot is als de cel. (afb: Nussenzweig et. al.)

Het lijkt er op dat DNA in hersencellen vaak op bepaalde plaatsen beschadigd raken. Die schade zou verband houden met de sturing van de genactiviteit. De ophoping van die DNA-breuken zou uniek voor hersencellen zijn. Deze ontdekking zou de huidige kennis over oorzaken van DNA-schade en de mogelijke gevolgen daarvan voor hersenziektes in een nieuw daglicht zetten. Lees verder

Genschakelaars dubbel gezekerd

Neuronen ontwikkeld uit pluripotente stamcellen

Uit stamcellen ontwikkelde hersencellen

Het traject van stamcel naar rijpe cel schijnt goed ‘afgepaald’ te zijn, zo ontdekten onderzoekers van de Ludwig-Maximilian-universiteit in München. De voor die differentiëring belangrijke genschakelaars blijken dubbel gezekerd te zijn tegen onbedoelde activiteit. Lees verder

Het lijkt er op dat cellen een ‘geheugen’ hebben

Celgeheugen

Het celgeheugen zou ook weer gebruikt kunnen worden om de weg terug af te leggen (?) (afb: Molecular Cell)

Het lijkt er op op dat cellen hun eigen geschiedenis kennen. In hun DNA zou staan geschreven van welke embryocellen ze afstammen (waar beginnen we dan te ’tellen’?; as). Cellen zouden zelfs in staat zijn de omgekeerde weg af te leggen door genen in te schakelen die actief waren in de foetale fase. Geloof het of niet. Lees verder

Cellen makkelijker omprogrammeren met vitamines

C-methylering van DNA

Methylering van de C dempt de activiteit van genen

Vitamine A en C schijnen niet alleen goed te zijn voor je gezondheid, maar ook voor het verbeteren van de ‘ompro-grammering’ van rijpe cellen in pluripotente stamcellen. De vitamines zouden helpen hetepigenetische ‘geheugen’ te wissen, waardoor de cellen makkelijker zouden zijn om te programmeren tot pluripotente stamcellen. Lees verder

Stamcellen door tijdelijke blokkering gen in epiblastcellen

Muizenstamcellen verkregen mbv MM-401

Boven de epiblastcellen, onder de gevormde stamcellen na behandeling met MM-401 (afb: univ. van Michigan)

Met een stof, voorlopig MM-401 gedoopt, die het ‘genetische geheugen’ van een cel wist zouden enigszins gerijpte cellen eenvoudigweg kunnen worden omgetoverd in de zo fel begeerde embryonale stamcellen, zo lijken onderzoekers van de universiteit van Michigan gevonden te hebben. Bij muizen, dan. Nu maar afwachten of we niet weer te maken hebben met in sprookje, zoals in het begin van 2104, toen Haruko Obokata alleen een zuur badje nodig had om stamcellen te maken. Ik vraag me overigens af of deze methode echt een alternatief is/kan/worden voor de genetische methode van Takahashi en Yamanaka die uitgaat van volledige gerijpte cellen. Lees verder

Het epigenoom (deels) in kaart gebracht

Stukje DNAZo’n 15 jaar geleden werd het hele menselijke genoom ruwweg in kaart gebracht. Nu hebben we het, dachten we. Nu hoeven we alleen nog maar te weten welke genen met welke ziektes verbonden zijn en we roeien erfelijke aandoeningen radicaal uit. Ach, welk simplisme. Dat hele ‘levensscript’ dat in ons DNA zou zijn vastgelegd zit iets ingewikkelder in elkaar. Er bestaat nog zoiets als een epigenoom, een laag ‘boven’ het moleculaire domein van het erfmolecuul, waarin vastgelegd is welke genen wel en welke niet actief zijn. Dat epigenoom is minstens zo belangrijk als het genoom en onderzoekers hebben zich verbonden in een epigenoom-consortium om die ’tweede laag’ in kaart te brengen. De eerste ruwe opzet is nu klaar en heeft geleid tot een twintigtal artikelen in Nature. Lees verder

Epigenetische deactivering in kaart gebracht

PCH

Het pericentrische heterochromatine op het DNA-molecuul.  (afb.: Molecular Systems Biology)

Duitse onderzoeksgroepen hebben op basis van computerberekeningen een wiskundig gemaakt van een epigenetisch netwerk. Epigenetica zou je kunnen zien als een ‘laag’ op het genoom dat er voor zorgt dat bepaalde genen gedeactiveerd worden. Inzicht in epigenetica zou aangrijpingspunten opleveren voor het bestrijden van ziektes en/of helpen om gerichter te zoeken naar geneesmiddelen.
Lees verder