Een genoom gemaakt door een DNA-generator (?)

DNA-generator

Het idee van de DNA-generator (afb: univ. van Tartu)

“Een genoomdatabank is een onschatbare bron van informatie voor biomedisch onderzoek”, zegt geneticus Burak Yelmen van de universiteit van Tartu (Estland), “maar die zijn niet openbaar toegankelijk of beschermd door maatregelen die lange en moeizame procedures vergen met het oog op gerechtvaardigde ethische vragen.” Yelmen heeft nu met enkele collega’s een oplossing bedacht voor dit nijpende probleem: laat een neuraal netwerk DNA genereren. Lees verder

‘Hersentjes’ Neanderthaler gemaakt met hulp van CRISPR (nou ja)

Neanderthalerschedel

De schedel van een Neanderthaler (afb: Natuurhistorisch museum Londen)

Onderzoekers in de VS hebben in het lab ‘hersentjes’ gekweekt met behulp van een antiek gen (NOVA1) dat de hersenontwikkeling beïnvloedt. Daardoor zijn die hersenachtige orgaantjes kleiner en bobbeliger dan mensenhersens. Zo zouden iets weg hebben van de hersens van Neanderthalers, maar verder niet heel erg lijken. Lees verder

Celdoodremmers heersen over leven en dood van een cel én de eiwitten

Celdoodremmer BCL2

BCL2 (hier de structuur daarvan) is een familie van celdoodremmers (afb: WikiMedia Commons)

Ze worden in jargon IAp’s genoemd die celdoodremmers. Dat zijn eiwitten in een cel die heersen over leven en dood van een cel, maar zorgen er ook voor dat andere eiwitten in de cel in goede vorm blijven ter meerdere eer en glorie van het organisme waar die cel deel van uit maakt. Daarbij speelt de acetylering (het verbinden met de zuurrest van azijnzuur) van die eiwitten een belangrijke rol. Lees verder

Met CRISPR de histonen ’te lijf’ die genactiviteit regelen

Genactivering

Je kunt via een CRISPR-complex ‘geladen’ met een kinase een histon fosforyleren om het bijbehorende gen te activeren (afb: Rice-universiteit)

Al ruim vijf jaar geleden werd het voorspeld: je kunt de CRISPR-methode gebruiken om de genactiviteit te regelen. Nu schijnt het ook echt zo te zijn, Daartoe richten de onderzoeksters zich op de histonen, de ‘verpakking’ van DNA die een rol spelen in de genexpressie. Lees verder

Orgaantjes op chips de grote redders van proefdieren (?)

Longblaasjes

Longblaasjes (roze)

Zo langzamerhand zal het steeds vaker voorkomen dat in het lab gekweekte orgaantjes van menselijke zullen worden gebruikt voor onderzoek van, onder veel meer,  kandidaat-geneesmiddelen in plaats van proefdieren (schat ik (=as) zo. Nu blijken onderzoekers van de universiteit van Bern (Zwi), al weer, een tweede-generatie-long-op-chip te hebben ontwikkeld, compleet met longblaasjes. Dat longorgaantje zou volgens de onderzoekers goed dienst kunnen doen in het fundamenteel onderzoek, bij medicijnonderzoek en bij  op de persoon afgestemde therapieën. Lees verder

Nieuw proces zou de effectiviteit van de genaanpak van ziektes verhogen

Gencircuits

Voeg gencircuits  om bepaalde functies te vervullen toe aan het DNA van cellen waar ze niet hoeven te vechten om de ‘bronnen’ , zo is ongeveer de gedachte…(afb: ASU)

Gencircuits zijn vormen van samenwerking tussen diverse genen. Je kunt dergelijke circuits ook inbouwen in een cel om een bepaald, bijvoorbeeld medisch, effect te bereiken. Onderzoekers van de universiteit van Arizona hebben een proces ontwikkeld om dergelijke circuits in het cel-DNA in te bouwen. Dat zou de effectiviteit van de behandeling van bepaalde ziektes kunnen verhogen. De winnaar-neemt-alles heet dat in Amerikaans jargon. Lees verder

Synthetische kwaliteitsborging eiwitten voor bacterie gemaakt

Bacterie-DNA

Bacterie-DNA (kop/staartverbonden) ‘zwemt’ vrij door een bacteriecel

Onderzoekers van de universiteit van Seoel schijnen een synthetisch systeem te hebben gemaakt dat in bacteriën de kwaliteit van de aangemaakte eiwitten stuurt/borgt. Ze denken dat zo’n systeem nuttig is voor het door bacteriën laten produceren van geneesmiddelen, industriële enzymen of andere biomoleculen (al of  niet synthetisch). Lees verder

Bioprogramma maakt uitlezen herhalingen op genoom makkelijker

Jeff Maughan

Jeff Maughan (afb: -universiteit)

Het is onvermijdelijk dat de genetica en de informatica steeds inniger met elkaar verweven raken. In krantenartikelen wordt al jaren gedaan of het eenvoudig is (geworden) om het genoom uit te lezen, maar dat is het zeker niet; zeker als je dat heel precies wil doen. Zo zijn er in het genoom hele stukken met herhalingen (eenvoudige sequentieherhalingen oftewel SSR’s in Engelse afko) die zich moeilijk precies laten uitlezen. Die coderen niet voor wat dan ook, maar zijn heel handig voor het bestuderen van organismen. Nu hebben onderzoekers een informatisch hulpmiddel gemaakt, SSRgenotyper, om die herhaalstukjes preciezer en makkelijker te kunnen uitlezen. Lees verder

Poeptransplantatie helpt soms bij behandeling huidkanker

Actino-bacteriën

Een vorm van straalzammen (Actinomyces israelii) (afb: WikiMedia Commons)

Immuun-behandelingen om kanker de bestrijden zijn ‘in’, maar helpen lang niet altijd. Bij 30 tot 50% van patiënten met een vorm van huidkanker (melanoom) slaat de immuuntherapie niet aan. Nu zijn er aanwijzingen dat een poeptransplanatatie dat zou kunnen veranderen.
Lees verder

Microcapsules zouden RNA’s beter afleveren bij cellen

Microcapsules voor aflevering gemateriaal

De microcapsules worden gemaakt door calciumcarbonaat bolletjes te maken met het genmateriaal (RNA in dit geval) er op. Vervolgens worden de korrels omgeven door een polymeer (poly-
-arginine hydrochloride; PARG) en dextraansulfaat (DEXS). Daarna wordt het carbonaat verwijderd (afb: Peter de Grote PtU)

Voor het afleveren van het CRISPR-gereedschap of genmateriaal voor genoombewerking of medische doeleinden worden vaak (kreupel gemaakte) virussen gebruikt, maar die hebben zo hun beperkingen. Onderzoekers in, onder meer, Rusland hebben een vrij simpele methode ontwikkeld om ‘microcapsules’ te maken die dat werk beter zouden doen. Vooralsnog is de methode nog niet uitgeprobeerd voor het afleveren van CRISPR-gereedschap. Lees verder