Celdoodremmers heersen over leven en dood van een cel én de eiwitten

Celdoodremmer BCL2

BCL2 (hier de structuur daarvan) is een familie van celdoodremmers (afb: WikiMedia Commons)

Ze worden in jargon IAp’s genoemd die celdoodremmers. Dat zijn eiwitten in een cel die heersen over leven en dood van een cel, maar zorgen er ook voor dat andere eiwitten in de cel in goede vorm blijven ter meerdere eer en glorie van het organisme waar die cel deel van uit maakt. Daarbij speelt de acetylering (het verbinden met de zuurrest van azijnzuur) van die eiwitten een belangrijke rol. Lees verder

Synthetische kwaliteitsborging eiwitten voor bacterie gemaakt

Bacterie-DNA

Bacterie-DNA (kop/staartverbonden) ‘zwemt’ vrij door een bacteriecel

Onderzoekers van de universiteit van Seoel schijnen een synthetisch systeem te hebben gemaakt dat in bacteriën de kwaliteit van de aangemaakte eiwitten stuurt/borgt. Ze denken dat zo’n systeem nuttig is voor het door bacteriën laten produceren van geneesmiddelen, industriële enzymen of andere biomoleculen (al of  niet synthetisch). Lees verder

Zwakke plek van de meeste kankers ontdekt (?)

Celdeling

Normale celdeling (boven) in vergelijking met een deling van een cel met een ongewoon aantal chromosomen. Vlnr: beelden van een confocale microscoop met DNA (groen), het miotische spoelfiguur (rood), de aanwezigheid van KIF18A en al de ‘ingrediënten’ tezamen. De schaal is 10 micron (afb: Sara Bernhard, TU Kaiserslautern)

Kanker is een verzamelnaam voor een groot aantal woekerziektes. Vaak zijn behandelingen heel specifiek gericht op een bepaald type kanker. Al lang wordt geprobeerd een methode te vinden die werkt voor alle of in ieder geval veel kankersoorten. Nu schijnen onderzoeksters in Duitsland, Israël, Italië en de VS een zwakke plek gevonden hebben die meer dan 90% van alle kankers gemeen hebben: de overmaat aan chromosomen in kankercellen. Lees verder

Weer een ‘kankerdoelwit’ (beter) in het oog: histondeacetylases

Chromatine

Chromatine is de dicht gepakte structuur van DNA en histonen (gekleurd) in de celkern

Over de hele wordt worden zeer regelmatig nieuwe ‘doelwitten’ benoemd die kunnen worden gebruikt om kanker de das om te doen. Ja, het lichaam zit iet eenvoudig in elkaar het het bestrijden van afwijkingen (ziektes) is ook niet makkelijk. Nu komen onderzoekers van de universiteit met het idee de enzymfamilie histondeacetylases (HDAC’s) op de korrel te nemen. Die eiwitten regelen mede de genexpressie. Ze hebben een methode ontwikkeld waarmee ze hebben onderzochten hoe die enzymen chemisch functioneren om zo medicijnen tegen kanker te achterhalen met zo min mogelijk bijwerkingen. Lees verder

Astrocyten in de hersens (b?)lijken gestuurd door darmflora

Stercellen of astrocyten

Stercellen vervullen veel nuttige taken, maar lijken niet alleen bij MS-patiënten in de fout te gaan.

Astrocyten, ook wel stercellen genoemd, zijn de meeste komende cellen in het centrale zenuwstelsel. Toch zijn die niet erg goed onderzocht. Lange tijd werd aangenomen dat ze zorgden voor voeding en ondersteuning van andere beter onderzochte cellen in hersens en ruggenmerg. Zo langzamerhand rijst echter het beeld op dat die stercellen ook een rol (kunnen) spelen bij de achteruitgang van de hersens, ontstekingen en hersenziektes. Nu blijkt uit onderzoek dat een ondersoort het tegenovergestelde kan doen, ‘gestuurd’ door de darmflora. Lees verder

Alweer een oplossing voor een dwarslaesie?

Hersteld van dwarslaesie?

Twee, drie weken na de behandeling konden de muisjes weer lopen (afb: Ruhr-universiteit)

Schade aan het ruggenmerg kan leiden tot een dwarslaesie, waarbij delen van het lichaam verlamd raken (afhankelijk van de plaats van de laesie). Al tientallen jaren wordt er naar oplossingen gezocht en al verschillende malen hebben onderzoekers op zijn minst gesuggereerd een oplossing gevonden te hebben. Voor zover ik weet is dé oplossing nog niet gevonden. Nu komen wetenschappers van de Ruhr-universiteit in Bochum met het verhaal dat een niet natuurlijk eiwit, hyper-interleukine-6, bij muisjes zou hebben geleid tot herstel van de zenuwweefselschade. Ze zouden na behandeling, in feite een gentherapie, weer hebben kunnen lopen. Lees verder

Ki voorspelt welke transcriptiefactoren van belang zijn

DeepTFactor

Het zelflerende systeem krijgt een bepaalde eiwitsequentie opgegeven en maat de daarbij behorende transcriptiefactor bepalen (afb: KAIST)

Het kon natuurlijk niet uitblijven. Kunstmatige intelligentie (ki) wordt gebruikt voor de duvel en zijn oude moer, vooral de zelflerende systemen, dus waarom niet in de genetica, dat wilde-bomenbos van complexiteit? Onderzoekers van het Zuid-Koreaanse KAIST en van de universiteit van Californië in San Diego (VS) hebben een zelflerend neuraal netwerk in elkaar geschroefd dat voorspelt welke trancriptiefactoren bij welke processen van belang zijn: DeepTFactor. Dat zou het begrip van de complexiteit van het leven moeten verbeteren… Lees verder

DNA én RNA de basis van leven op aarde?

Ramanarayanan Krishnamurthy

Ramanarayanan Krishnamurthy (afb: Scrippsinstituut)

Er wordt al heel lang gespeculeerd hoe leven op aarde ontstaan is. De meeste aanhang lijkt nu de theorie van de RNA-wereld te hebben, waarbij RNA de rol van DNA van nu zou hebben maar waarbij RNA ook dingen deed die eiwitten nu op zich hebben genomen. Nu komen onderzoekers/theoretici met het idee dat én DNA én RNA samen aan de ‘wieg’ van het leven hebben (kunnen) gestaan. Lees verder

Tumoren gebruiken ‘portier’ om afweercellen te weren

Portier

De gestrekte ‘arm’ van de portier (boven) voorkomt dat de afweercel de kankercel vernietigt (afb: InsideOutBio)

Een van de grootste problemen om kanker te bestrijden is dat kankercellen allerlei mechanismes en trucs gebruiken om het afweersysteem kalm te houden. Onderzoekers hebben nu uitgevonden dat kankercellen (ook?) gebruik maken van een soort portier die voorkomt dat afweercellen de kankercel doden. Die portier is een soort gestrekte arm die de afweercellen op afstand houdt maar ook in staat is om te plooien of langer te worden. Die portier bemoeilijkt de werking van immuuntherapieën zoals de controlepostremmers. Lees verder

Ki-systeem ‘berekent’ vorm eiwitten

Structuur bacterie-kinase

De door AlphaFold berekende structuur van een kinase van de bacterie Legionella pneumophilia (paars). De blauwe structuur is experimenteel bepaald door Vincent Tagliabracci en Diana Tomchick.

In elke cel zijn duizenden eiwitten bezig het systeem levend te houden (wat leven ook moge betekenen). Die werkpaarden van het leven ontlenen hun functie(s) vooral aan hun ruimtelijke structuur. Al vele jaren wordt met dat probleem geworsteld, aangezien lang niet alle eiwitten  hun ‘figuur’ makkelijk prijsgeven. Je zou denken dat als je weet uit welke aminozuren een eiwit bestaat je die structuur kunt berekenen, maar dat schijnt ondoenlijk te zijn. Nu hebben onderzoekers van het CASP14-project kunstmatige intelligentie te hulp geroepen om die structuur te bepalen en dat lijkt er gunstig uit te zien. Lees verder