RNA-transcript helpt bij DNA-schade maar kan ook ‘besmet’ worden

DNA-breuken

Hersencellen (paars) waar DNA-schade wordt gerepareerd (geel). DNA zelf is lichtblauw (cyaan), maar met geel wordt dat groen. (afb: Nussenzweig et al.)

Een cel heeft verschillende mechanismes om schade aan DNA te herstellen. Een groep van wetenschappers rond Kaspar Burger van de Julius-Maximilians-universiteit Würzburg (JMU) heeft nu een van deze signaalpaden wat nader bekeken. Ze zagen een nieuw mechanisme van de DNA-schaderespons dat gebruik maakt een RNA-transcript NEAT1. De resultaten helpen een beter zicht te krijgen op de manieren waarop cellen schade aan DNA herstellen en mogelijk ook de basis te leggen voor het ‘repareren’ van genetische ziektes. Lees verder

Kleine genschaar TnpB is nu ook efficiënter (gemaakt)

Cas9

Cas9 is nogal ‘omvangrijk’ (afb: WkiMedia Commons)

CRISPR-Cas wordt wereldwijd gebruikt om genen in organismen te bewerken, in te voegen, te verwijderen of te reguleren. TnpB, een veel kleinere voorloper van de bekende ‘genschaar’ Cas-eiwitten, is gemakkelijker cellen te krijgen. Onderzoekers van, onder meer, de universiteit van Zürich hebben dat minder effectieve alternatief voor Cas-eiwitten nu verbeterd (met de onontkoombare ki) verbetert om een reëel alternatief te worden van die veel gebruikte maar erg ‘gewichtige’ Cas-eiwitten. Overigens lijkt de Chinese onderzoeker Guanghai Xiang daarin geslaagd te zijn door allerlei TnpB’s ‘door te lichten’ en daaruit de effectiefste twee heeft te kiezen: ISAam1 en ISYmu1

Lees verder

Met retrons zou DNA nog beter zijn te bewerken

CRISPR&retron-genoombewerking

De CRISPR-methode gecombineerd met retrons zou het DNA van zowel prokaryoten (bacteriën) als eukaryoten nauwkeuriger bewerken (afb: shipmanlab.org)

In bacteriecellen verijdelen stukjes DNA, retrons genaamd, virale aanvallen, maar ze kunnen meer. Onderzoekers rond Seth Shipman van Gladstone-instituten hebben aangetoond dat retrons ook heel nauwkeurig DNA kunnen bewerken. Ze kunnen zelfs worden gecombineerd met CRISPR, het veel bekendere bacteriële verdedigingssysteem dat tot veel gebruikt DNA-bewerker is uitgegroeid. Die combinatie zou nog nauwkeuriger zijn (maar dat heb ik=as al iets te vaak gehoord). Lees verder

Gentherapie zou groene staar mogelijk kunnen stoppen

Netvlies

Het netvlies is nog knap ingewikkeld en bestaat uit zo’n tien lagen

Groene staar (vaak glaucoom genoemd) is een oogziekte waarbij netvliescellen afsterven. Die lijkt op droge netvliesver-oudering. Daar is geen genees-middel voor. Onderzoeksters van het Trinitycollege in Dublin stellen nu een gentechniek ontwikkeld te hebben die bij muisjes en menselijke oogcellen de ziekte een halt zouden toeroepen. De therapie zou ook werken bij  netvliesveroudering (maculadegeneratie), is al eerder aangetoond. Er zijn overigens experimenten gaande met stamcellen om de afgestorven netvliescellen te vervangen. Lees verder

Kan de CRISPR-methode nu eindelijk haar belofte waarmaken?

Integrase-invoeging in DNA

Kennelijk moet voor de integrase-invoeging van een DNA-sequentie het genoom eerst met de priemtechniek bewerkt worden (afb: Jesse Owens et al.)

Sinds de introductie van de bacteriële CRISPR-methode voor het bewerken van DNA werd alo gedroomd van een revolutionaire manier om erfelijke ziektes en andere genetische afwijkingen uit te bannen, maar dat bleek iets te rooskleurig gedacht. Een van de grotere belemmeringen voor de CRISPR-methode is het afleveren van het CRISPR-gereedschap met het genetisch materiaal aan de cellen. Nu beweren onderzoekers rond Jesse Owens van de universiteit van Hawaii een veilige en efficiënte manier gevonden te hebben om met aangepaste enzymen, integrases, hele genen te vervangen. Dat is overigens niet voor het eerst. Lees verder

Weer een nauwkeuriger CRISPR/Cas-techniek ontwikkeld (?)

SEED/Harvest

Het SEED/Harvest-systeem in beeld (afb: Markus Affolter et. al/Cell)

Al sinds de CRISPR/Cas-methode van bacteriën wordt gebruikt voor het veranderen van erfgoed wordt er gesleuteld aan die methode om die nog betrouwbaarder te maken. De CRISPR-methode wil het genoom nog wel eens op andere dan op de voorziene plek veranderen en dat is natuurlijk niet de bedoeling. Nu denken onderzoekers van, onder meer, de universiteit van Bazel (Zwi) met behulp van een ‘merker’ dat probleem te hebben opgelost (pdf-bestand). Overigens lijkt de methode niet bedoeld om fouten in het genoom te repareren, maar meer voor onderzoeksdoeleinden. Lees verder

Wordt taaislijmziekte een behandelbare aandoening?

Het lijkt er op dat taaislijmziekte een behandelbare ziekte aan het worden is. Onderzoekers van de Duitse Charitéziekenhuis constateerden dat een combinatietherapie met drie medicijnen (elexacaftor, tezacaftor en ivacaftor samen verkocht als Trikafta) die sedert 2020 in Europa wordt toegepast, prima werkt voor schoolgaande kinderen met die ziekte. Onderzoekers van het Broadinstituut, onderdeel van het MIT, stellen dat met een priembewerking van het genoom, een eenmalige behandeling, net zo goed werkt als bestaande behandelingen zoals Trikafta. De therapie zou de oorzaak, een mutatie, van de ziekte wegnemen, althans in 85% van de gevallen van cystische fibrose (de dure term voor taaislijmziekte). Lees verder

Knipenzym TnpB is een stuk kleiner dan de Cas-eiwitten

Cas9

Cas9 is nogal ‘omvangrijk’ (afb: WkiMedia Commons)

Cas-ewitten die worden gebruikt zijn nogal omvangrijk en maken het lastig om bepaalde CRISPR-genoom-bewerkingen uit te voeren. De bezorgers (vectoren), meestal kreupel-gemaakte virus-sen, kunnen al die gigantische moleculen niet bergen. Nu hebben onderzoekers de nuclease TnpB, een enzym, gevonden dat hetzelfde werk als de Cas-eiwitten zou doen dan maar een stuk kleiner is dan de alternatieve eiwitten. Ze zien hun vinding vooral voor toepassing in planten. Lees verder

Bacteriën in darmflora muisjes met basebewerker genetisch veranderd

DNA-basen

De DNA-basen (afb: WikiMedia Commons)

Onderzoekers rond Xavier Duportet van het Franse bedrijf Eligo Bioscience hebben het DNA van Escherichia coli-bacteriën in de darmen van (levende) muisjes genetisch veranderd. Dat zou gelukt zijn bij ruim 90% van de E. coli’s in de muizendarmpjes. De onderzoekers waren er op uit het genoom van de bacteriën te veranderen zonder de darmflora te vernietigen. Lees verder

Retrons maken complexere genoombewerking mogelijk

Fröbelen met het erfgoed

De mogelijkheden van multibewerking van het genoom. Je zou het bijna fröbelen met DNA noemen (afb: Seth Shipman et. al/Nature Chemical Biology)

Onderzoekers hebben een nieuwe methode ontwikkeld waarmee ze tegelijkertijd nauwkeurige genoom-bewerkingen zouden kunnen uitvoeren op meerdere locaties binnen een cel. Met behulp van wat retrons of retronen worden genoemd, creëerden ze een hulpmiddel dat DNA in bacteriën, gisten maar ook menselijke cellen efficiënt zou kunnen veranderen. De onderzoekers denken die nieuwe methode vooral voor fundamenteel onderzoek te gebruiken en niet zo zeer voor het repareren van genetische afwijkingen. Lees verder