Ach ja. We doen wel dik over het vermogen (van bacteriën) om genooms te bewerken, maar we staan nog maar aan het begin. Onderzoekers hebben nu kunstmatige intelligentie in de arm genomen om uit te zoeken welke CRISPR-achtige systemen de beste resultaten geven. Het ki-systeem, PAMmla gedoopt, wordt ook ter beschikking van collegaonderzoekers gesteld. Heel fijn. Lees verder
De Ssn-endonucelase knipt enkelstrengs-DNA heel specifiek bij een bepaalde basevolgorde door (afb: Frédéric Veyrier et al./Nature Communications)
Onderzoekers in Canada rond Frédéric Veyrier van INRS ontdekten een nieuwe familie enzymen (aangeduid met Ssn) die in staat is om heel gericht een enkele DNA-streng door te knippen. Ze denken dat deze nieuwe genoombewerkers weer nieuwe mogelijkheden zouden kunnen bieden dan de nu overheersende CRISPR-techniek op het gebied van genoombewerking. Lees verder
Een retrotransposon gebruikt omgekeerde transcriptie om zich elders in het genoom opnieuw te vestigen (afb: WikiMedia Commons)
Onderzoekers hebben genoombewerker STITCHR ontwikkeld die gezonde genen op specifieke plaatsen kan invoegen zonder dat daarbij onbedoelde mutaties zouden ontstaan. STITCHR zou de inmiddels welbekende CRISPR-techniek kunnen aanvullen, denken de onderzoekers. Vooralsnog zal de genoombewerker zich nog moeten bewijzen. Bij de introductie van CRISPR ruim tien jaar geleden werd die techniek ook als feilloos gezien, maar dat bleek toch niet helemaal te kloppen. Lees verder
Wat beweegt mensen (bedrijven) om uitgestorven dieren weer tot leven te wekken? Willen ze het bewijs leveren dat de mens de heerser is van de aardse natuur of wat? De mammoet lijkt al talloze malen ‘ontstorven’ te zijn (maar niet heus), maar nu moet de reuzenwolf het ontgelden. Lees verder
De Cas12a-schaar schijnt betrouwbaarder te zijn dan Cas9
De CRISPR-methode is een gevulde gereedschapskist van bacteriën om zich virussen (bacteriofagen) van het ‘lijf’ te houden. Nu gebruiken onderzoekers voornamelijk een ‘genschaar’ in die methode om genomen te veranderen” Cas9. Onderzoekers hebben hun blik verlegd naar Cas12a (niet als eersten, overigens), die ‘schaar’ schijnt het anders en op sommige punten beter te doen. Het lijkt er op dat die toepassingen vooral liggen op het gebied van onderzoek en niet zo zeer van geneeskunde (maar dat kan mijn=as’s misvatting zijn). Lees verder
Er zijn nog heel wat hindernissen weg te nemen voor de toepassing van de CRISPR-methode in de regeneratieve geneeskunde (afb: Kam Leong et al./Tissue Engineering)
Regeneratieve geneeskunde richt zich op het herstellen of vervangen van beschadigd weefsel en organen en biedt daarmee hoop aan patiënten met verschillende aandoeningen. Traditionele strategieën, zoals het gebruik van voorlopercellen en biologische stimuli, hebben enig succes gehad, maar ze kampen met beperkingen zoals onbedoelde veranderingen en een gebrek aan precisie. Genoombewerking, met name op CRISPR/Cas9 gebaseerde systemen, biedt een nauwkeuriger en efficiënter alternatief, maar voorlopig is die aanpak nog lang niet vrij van mankementen en zal voorlopig nog wel een (dure) belofte blijven. Lees verder
Tas-eiwit (afb: McGoverninstituut/Max Wilkinson)
CRISPR-remmers geven meer ‘houvast’ bij genoombewerking (afb: Katherina Wandera et al./Molecular Cell)
De CRISPR/Cas-genschaar biedt een breed scala aan potentiële toepassingen, van de behandeling van genetische ziekten tot antivirale therapieën en diagnostiek. Om hun krachten echter veilig te benutten, zoeken wetenschappers nog steeds naar mechanismen die de activiteit van die systemen kunnen sturen. Het anti-CRISPR-eiwit AcrVIB1 is een veelbelovende remmer waarvan de exacte functie tot nu toe duister. Onderzoekersters van, onder meer, het Helmholtzinstituut voor RNA-besmetting HIRI in Würzburg hebben ontdekt hoe AcrVIB1 werkt (pdf-bestand), wat de mogelijkheden waarmee Acr’s CRISPR kunnen uitschakelen zijn toegenomen. Er liggen waarschijnlijk nog meer mogelijkheden braak. Lees verder
Toevoeging van tRNA bleek bakkersgist beter bestand tegen hogere temperaturen te maken (afb: Hugh Goold et al./Nature Communications)
Het schijnt gelukt te zijn om een geheel genoom van een gist te synthetiseren. Onderzoekers, of waarschijnlijk hun voorlichters, spreken dan meteen weer van een mijlpaal. Het zou voor het eerst zijn dat dat gelukt is voor eukaryoot (cellen die ook zoogdieren hebben). Het is het genoom van bakkersgist (Saccharomyces cerevisiae) waaraan een tRNA-chromosoom is toegevoegd. Lees verder
Xue (Sherry) Gao (afb: univ. van Penn)
Onderzoeksters van, onder meer, de universiteit van Pennsylvania hebben een genoombewerker gecombineerd met een ‘knop’ om de genactiviteit te veranderen. Daarmee zouden genen nauwkeurig zijn te bewerken terwijl tegelijkertijd ook de genexpressie (mate waarin gen actief is) kan worden veranderd. Die techniek zou zowel voor geneeskundige als voor onderzoeksdoelen kunnen worden ingezet, stellen de onderzoeksters. Lees verder