‘Catalogus’ gemaakt van eiwitten die helpen bij replicatie DNA

DNA-replicatie

De replicatie: de leidende (onder) en de volgende streng (boven) worden op een andere wijze verdubbeld (afb: WikiMedia Commons)

Replicatie van DNA is een proces dat voorafgaat aan de celdeling, zodat de twee uit die deling ontstane dochtercellen elk weer een volledige dubbele helix in kern hebben. Dat is een secuur werkje want zo’n (menselijk) DNA-molecuul bestaat uit zo’n zesmiljard nucleotiden (bouwstenen). Onderzoekers van de VanderBiltuniversiteit in Nashville rond David Cortez hebben nu een ‘catalogus’ gemaakt van eiwitten die betrokken zijn bij dat replicatieproces. Dat zouden er maar liefst 593 zijn (of ten minste 85% daarvan). Lees verder

Versuikerde RNA’s ontdekt! Nou en?

N-gekopplede glycanen

De basisstructuur van N-gekoppele glycanen (afb: Merck)

Voor het eerst zijn er versuikerde RNA-moleculen gevonden in cellen. Grote opwinding onder biochemici met kreten als “er komt een nieuw tijdperk aan”, maar wat die suiker-RNA’s doen is onduidelijk. Zijn biochemici van die licht ontvlambare types of is er echt iets aan de hand? Er zijn ook onderzoekers die hun twijfel hebben. Lees verder

Eerste ‘robot’ met een stofwisseling gemaakt

DNA-'robotjes' met 'stofwisseling'

De ‘stofwisseling’ (afbreken en opbouwen) die wordt gecreëerd in een microvloeistofsysteem met obstakels (C) (afb: Cornell-univ.)

Het is wat je robots noemt. Uitgaande van DNA hebben onderzoekers van het Amerikaanse Cornell-universiteit nano-botjes met een ‘stofwisseling’ gemaakt, die die zich kunnen verplaatsen en wellicht ook kunnen evolueren via genetische mutaties. Het lijkt heel in de verte op iets wat in werkelijkheid al bestaat: leven.
Lees verder

Meer letters in het DNA-alfabet en dan?

Vreemde DNA-letters

Vreemde letters voor DNA. Het huidige onderzoek is niet het eerste dat met succes nieuwe DNA-letters heeft bedacht die ook werkelijk functioneerden

Synthetische biologie is de tak van wetenschap die levensvormen nastreeft die, moleculair gezien, niet in de natuur voorkomen. Ons gigantische DNA-molecuul is opgebouwd uit slechts vier bouwstenen (nucleotiden geheten en vaak als ‘letters’ of ‘basen’ aangeduid). Het aantal aminozuren waaruit onze eiwitten zijn opgebouwd is twintig. Waarom? Is meer niet beter? Al jaren streven synbiologen naar DNA met meer letters en meer aminozuren. Dat hoeft niet per se te zijn voor het voor het creëren van nieuwe biologische structuren of moleculen, maar kan ook bedoeld zijn om de informatiedichtheid van het DNA te vergroten. DNA wordt ook wel gezien als uiterst efficiënte informatiedrager. Hoe het ook zij, inmiddels is het aantal bruikbare letters verdubbeld. Lees verder

Aangepast virus als wapen tegen kanker

Veranderd adenovirus doodt kankercellen en geen gezonde

Verticaal links staan de verschillende cellijnen. De eerste vier betreffen kankercellen, de onderste twee gezonde cellen. De virusdoses staan bovenaan. Donkerblauw is een teken van leven, lichtblauw van dood (afb: univ. van Hokkaido)

Er worden allerlei listen bedacht om de trucs te omzeilen van kankercellen om aan hun dood te ontkomen. Onderzoekers van de universiteit van Hokkaido (Jap) hebben een virus genetisch zo veranderd dat dat heel specifiek kankercellen aanpakt en om zeep helpt. Dat adenovirus werd ontdaan van een gen (E4orf6) dat een rol speelt in diens vermeerdering. Dat zou aanzienlijk beter scoren dan tot een nu in klinische proeven getest ‘antikankervirus’, maar alvorens daarmee klinische proeven kunnen worden gedaan zullen er nog wel wat jaren onderzoek aan moeten worden gespendeerd. Lees verder

Replicatieritme DNA gebruikt om kankercellen te doden

ribonuleotidereductase zorgt voor aanmaak nucleotiden voor replicatie

RNR zorgt voor de aanmaak van de DNA-letters C. G. A en T

Cellen delen zich. Daarbij wordt, door kopiëring, een nieuw DNA-molecuul voor de nieuw te vormen dochtercel gemaakt. Dat heet replicatie. Voor dat nieuwe molecuul heb je de bouwstenen nodig, de vier nucleotiden/basen A, C, G en T. Die moeten er natuurlijk wel zijn. Onderzoekers in Denemarken hebben nu uitgeplozen hoe dat, ritmische proces in zijn werk gaat. Door te pielen met dat ritme zouden kankercellen sterven doordat die cellen dan voor onoverkomelijke problemen komen te staan, denken de onderzoekers. Lees verder

Niet alle genen even mutatiegevoelig

Ben Lehner (EMBL)

Ben Lehner (EMBL)

Uit onderzoek aan 17 miljoen mutaties bij 650 kankerpatiënten blijkt dat niet alle genen even mutatiegevoelig zijn. Er zijn grote verschillen die zouden worden veroorzaakt door het systeem dat DNA repareert, de ‘DNA-speller’. Dat mechanisme is vooral gespitst op de belangrijkste delen van de chromosomen, waar de belangrijkste, actieve genen huizen. Het onderzoek werd uitgevoerd door twee wetenschappers van het Europese lab voor microbiologie (EMBL) in Barcelona.
Lees verder

HIV-remmer blokkeert replicatie virus

HIV-remmer terfenyl

Links in rood het eiwit Rev aan RNA verbonden. Terfenyl (rechts) bindt op dezelfde plaats en voorkomt verdere besmetting (afb: univ.van Valencia)

Onderzoekers van ver-schillende Spaanse universiteiten en onderzoeksin-stituten hebben een molecuul ‘ontworpen’  en gemaakt dat voorkomt dat het AIDS-virus (HIV) zich ‘voortplant’ (repliceert). Als dat allemaal klopt dan zou dat het eind van HIV, althans van de HIV-1-variant, betekenen als voorbode voor een zekere dood door onttakeling van het immuunsysteem. Dat zal in de praktijk nog moeten worden bewezen.  Het zou om para-terfenylen gaan, maar hoogstwaarschijnlijk enigszins aangepast om hun remmende taak te kunnen uitvoeren. Het procédé zal waarschijnlijk geoctrooieerd worden en dan is het de vraag of de onderzoekers het achterste van hun tong laten zien.
Lees verder

Deling Dode Zee-archaeon lijkt op die van kankercellen

Leven, ik heb het al vaker opgemerkt, is een vreemd fenomeen. Het is nog steeds totaal duister waaraan een systeem moet voldoen om ‘leven(d)’ te worden. Onderzoekers van de Britse universiteit van Nottingham hebben een tamelijk minimale vorm van leven ontdekt, die onder moeilijke omstandigheden blijkt te kunnen standhouden en die zich op een vreemde manier voortplant. Het gaat om het archaeon Haloferax volcanii, die is aangetroffen in de onbarmhartige want uiterst zoute Dode Zee.

Haloferax volcanii

Haloferax volcanii

Lees verder