De opkomst van de b-RNA-vaccins

DNA- en RNA-vaccins

Links de ‘route’ van een DNA-vaccin, rechts die van een RNA-vaccin (afb: Junwei Li et. al)

De nieuwe coronavaccins zijn booodschapper-RNA-vaccins. Dat schijnt een nieuwe ontwikkeling te zijn op het gebied van de bestrijding van besmettelijke ziekte. Ik vond in een vakblad een overzichtsartikel uit maart vorig jaar, waarvan bijgaand de (zeer verkorte) weergave, in mijn formulering. Lees verder

RNA-moleculen blijken de eiwitproductie te regelen

Eiwitproductie

Via boodschapper-RNA worden stukjes DNA in het ribosoom omgezet in eiwitten (afb.: vib.be)

Het zit allemaal verbazingwekkend (tenminste bij mij; as) listig in elkaar, het fenomeen dat we leven noemen. Iedereen kent waarschijnlijk nog wel van de middelbare school het ‘paadje’ dat de aanmaak van eiwitten mogelijk maakt (via boodschapper-RNA), maar hoe weet het ribosoom hoeveel van dat eiwit, waarvoor het b-RNA codeert, moet worden aangemaakt? Daar schijnen andere (niet-coderende) RNA-moleculen aan te pas komen, de zogeheten SINEUP’s, ontdekten onderzoeksters van, onder meer, het Japanse RIKEN-instituut. Die zijn onlangs ontdekt en zouden, roepen onderzoekers dan meestal, een belangrijk doelwit kunnen worden van nieuwe therapieën.
Lees verder

Bewerken b-RNA

Door het b-RNA te bewerken met gids-RNA (plus enzym) wordt blauwfluorescent eiwit groenfluorescent (afb: AIST)

Nogal wat genetische ziektes zijn het gevolg van C-naar-T-puntmutaties. Toshifumi Tsukahara van het Japanse instituut voor technologie en wetenschap en collega’s hebben een bijzonder listige (vind ik; as) manier ontwikkeld om puntmutaties te herstellen. Ze maakten een kunstmatig RNA-editase-enzym en combineerden dat met een gids-RNA. Daarmee werd, als blijkt van bruikbaarheid, een cytosine-nucleotide van boodschapper-RNA dat codeert voor een blauwfluorescent eiwit omzetten in uracil van het boodschapper-RNA dat codeert voor groenfluorescent eiwit. Volgens de onderzoekers is deze RNA-techniek veel veiliger en zekerder om ziekmakende puntmutaties te restaureren dan de veel geprezen CRISPR/Cas9-methode. Lees verder

B-RNA al of niet afbreken via een ‘lichtschakelaar’

b-RNA-versnipperaar

Als PAL met behulp van de aptameer het regel-RNA (= ‘vlag’ in mijn verhaal) ‘kaapt’ (r) wordt het b-RNA niet afgebroken. De vorm van PAL is gevoelig voor blauwe licht (afb: Nature)

Er is al vaker gewerkt met licht om de genactiviteit te sturen, maar nu zeggen onderzoekers in Duitsland dat ze een lichtmethode hebben ontwikkeld om dat heel precies te doen. Hier gaat het dan in feite om de afbraak van boodschapper-RNA, de mal voor het aanmaken van een eiwit. Die methode zou vooral van belang zijn voor onderzoek, want veel praktische waarde in het ziekenhuis lijkt me die niet te hebben (al kan ik het natuurlijk faliekant mis hebben). Lees verder

Biosensor geeft aan hoe virus het ribosoom van een cel kaapt

Virussensor

Opname van een virussensor. De opname zou verschillende ‘translaties’ weergeven in een cel (afb: CSU)

Een van de dingen die me hogelijk verbaasde rond dat hele coronagedoe is dat niet bekend was hoe dat virus zich verspreidde. Nou weet ik wel dat er misschien wel miljarden virussen zijn, maar al eerder in 2003 was er een uitbraak van een SARS-virus in China, familielid van het virus waar we nu mee te maken hebben (heb ik begrepen). Ik heb het niet heel precies bijgehouden, maar het lijkt nog steeds niet geheel duidelijk of het het nieuwe SARS-coronavirus ons ook via de lucht kan besmetten. Dan is een apparaatje dat aangeeft hoe een virus onze cellen aanvalt wel handig. Dat vertelt niet meteen of het coronavirus ook via de lucht kan besmetten, maar alle beetjes kennis helpen (toch?). Lees verder

Grote moleculen komen lastiger bij de celkern

Kerntransport

Groot biomolecuul met ‘passen’ (oranje) probeert zich door de kernporie (grijs/zwart) te wringen (afb: Giulia Paci)

Hoe groter een molecuul is hoe meer ‘passen’ een molecuul nodig heeft om het kernmembraan te mogen passeren, bleek onderzoekers van, onder meer, de Johannes Gutenberguniversiteit in Mainz. De resultaten van het onderzoek zeggen iets over de manier waarop virussen er in slagen om hun genoom laten vermeerderen. Lees verder

B-RNA aanpakken met CRISPR-techniek in embryo’s

RfxCas13d om b-RNA te bewerken

Het RfxCas13d-systeem in beeld gebracht (afb: Stowersinstituut)

De CRISPR-methode heeft inmiddels al een hele naam opgebouwd als bewerker van DNA, maar de laatste tijd wordt ook steeds vaker RNA bewerkt met de CRISPR-methode. Onderzoekers in Spanje en de VS hebben nu bij embryo’s van proefdieren boodschapper-RNA bewerkt. Die methode zou een bruikbaar alternatief zijn voor het bewerken van het embryogenoom als het bijbehorende gen, bijvoorbeeld, wezenlijk is voor de embryo-ontwikkeling. Deze benadering zou ook bruikbaar zijn voor de bewerking van RNA-moleculen die van de moeder afkomstig zijn. Lees verder

RNA draait ook aan de knoppen van onze genen

RNA-bindende eiwitten

De technieken die gebruikt werden om de RNA-bindende eiwtten te karakteriseren (afb: Nature)

Het is al vaker verteld: menselijk DNA heeft zo’n 20 000 genen en de andere 98% zou troep zijn (dacht men ooit). Steeds duidelijker wordt dat dat flauwekul is. In het grootschalige project ENCODE (Encyclopedie voor DNA-elementen) houden honderden onderzoekers zich bezig met het opvullen van de ‘lege’ plekken op het genoom. Zo hebben ze inmiddels vele plekken geïdentificeerd waar bepaalde regeleiwitten, de helpen met het in- of uitschakelen van genen, binden aan het DNA.  Nieuw onderzoek binnen dat project heeft nou andere plaatsen op DNA ‘blootgelegd’ die coderen voor RNA. Die RNA-moleculen coderen niet voor eiwitten (zoals boodschapper-RNA) maar spelen zeer waarschijnlijk een rol in de genexpressie (welke genen zijn actief en in welke mate en welke niet). Lees verder

Onnatuurlijk RNA vergroot eiwitsynthese

b-RNA met zwavel

In de fosfaatgroep is zuurstof (O) vervangen door zwavel (S) (afb: univ. van Nagoya)

Boodschapper-RNA bevat de code voor de productie van eiwitten. Die zouden zelf dus ook al ‘medicijnen’ ingezet kunnen worden, maar die blijken niet efficiënt genoeg. Nu hebben onderzoekers in Japan b-RNA gesynthetiseerd waarbij een zuurstofatomen zijn vervangen door zwavelatomen. Die schijnen wonderwel (?) goed te werken. Lees verder

Repareren fout RNA lijkt erfelijke ziekte te kunnen genezen

Structuur van MeCP2

De structuur van MeCP2

Door boodschapper-RNA voor het eiwit MeCP2 te restaureren lijkt de vrij zeldzame erfelijke ziekte het syndroom van Rett te kunnen worden genezen in muisjes met een soortgelijke ziekte. Dat klinkt me vreemd in de oren want hoe zit het dan met het bijbehorende gen?
Lees verder