CRISPR knipt ook ‘foute’ RNA-moleculen

Silvana Konermann en de RNA-schaar

Silvana Konermann (afb: Salk-instituut)

De onderzoekers of in ieder geval de persmensen van het Amerikaanse Salkinstituut doen net of het bewerken van RNA met de CRISPR iets nieuws is,  maar al in 2016 deden onderzoekers van het MIT in Cambridge dat met behulp van een andere genschaar dan de ‘gebruikelijke’ Cas9: C2c2 gedoopt. Destijds ging het echter om de techniek. De Salk-onderzoekers hebben nu ook toepassingen op het oog voor de RNA-schaar zoals het bestrijden van ziektes die worden veroorzaakt door ‘foute’ RNA-moleculen zoals frontotemporale dementie. Zij gebruikten de CasRx-schaar om in zieke zenuwcellen een onbalans van tau-eiwitten te herstellen. Lees verder

Effectieve methode ontwikkeld om stamcellen te maken

Stamcellen

Stamcellen

Het omvormen van rijpe cellen tot pluripotente stamcellen kan ruim tien jaar, maar die methode is nog steeds tamelijk inefficiënt. Slechts een op de vijfhonderd tot duizend rijpe cellen vormt zich om tot pluripotente stamcel. Nu zouden onderzoekers van de universiteit van Colorado met behulp van synthetisch boodschapper-RNA en micro-RNA-moleculen een uiterst efficiënt systeem hebben ontwikkeld met omprogrammeringspercentages tot in de 90%. Daarmee wordt ook het toepassen van pluripotente stamcellen voor therapeutisch gebruik een stuk bedrijfszekerder , verzekeren de onderzoekers. Lees verder

Oorzaak Huntington blijkt dodelijk voor kankercellen

siRNA zou het 'moordwapen' tegen kanker zijn

De interfererende RNA-sequenties blijken bij muisjes kanker te temperen (afb: Peter, Northwesternuniv.)

Het staat er een beetje bot in de kop, maar het is wel waar: Huntingtonpatiënten hebben 80% minder kans om kanker te krijgen dan de gemiddelde mens.  Het blijkt dat de oorzaak voor die ziekte dodelijk is voor kankercellen. Dat zou een nieuwe aanpak kunnen vormen van kanker. Alweer, denk ik dan, want er worden al zo veel strategieën bedacht om kanker om hals te brengen, maar het ei van Coloumbus zit daar nog steeds niet bij (als dat al bestaat). Lees verder

Verminderen ncRNA zou cellen verjongen

Verminderen ncRNA zou cellen verjongen

Immunofluorescentieopnames van ncRNA (Zeb2)  in huidcellen van embryo’s (MEF) en van oudere muizen (anderhalf tot twee jaar). Het gaat om de plaatjes links. Rechts zijn dezelfde cellen met de kleurstof DAPI die aan RNA en DNA bindt (afb: Nature Communications)

Het is opmerkelijk nieuws (of het zou het kunnen zijn), maar het persbericht van het instituut voor moleculaire geneeskunde in Lissabon (Por)  besteedt er, effectief, maar zesenhalve regel aan. Oude cellen zouden zijn te verjongen door de hoeveelheid van een specifieke niet-coderend RNA-molecuul (Zeb2-NAT) in de cel te verminderen door het bijbehorende ‘RNA-gen’ te deactiveren. Het eeuwige leven straalt ons (weer eens) toe. Meestal horen we er daarna niks meer van… Lees verder

Wat is het geheim van de ribbensalamander?

Ribbensalamanders hebben een enorm genoom en regeneratievermogen

Ribbensalamanders (afb: WikiMedia Commons)

Als er over het herstelvermogen van weefsels gesproken wordt dan kijken mensen met afgunst naar reptielachtigen zoals hagedissen. Die kunnen zo weer een hele nieuwe staart laten aangroeien, terwijl het regeneratievermogen van mensen nogal beperkt is. Nu hebben onderzoekers van het Karolinska-instituut in Zweden het enorme genoom (zes keer zo groot als dat van de mens) van een salamandersoort, de ribbensalamander, uitgelezen. Daarbij hebben zij een hele familie van genen gevonden die die salamanders in staat stellen zelfs weer hele lichaamsdelen te laten aangroeien (daar moet ik overigens niet aan denken…). Daarnaast ontdekten ze micro-RNA-moleculen in de salamander, die normaal bij zoogdieren alleen voorkomen in embryonale stamcellen of in kankercellen. Stof voor veel nader onderzoek. Lees verder

Begon het leven toch niet in een RNA-wereld?

Charles Carter en de oorsprong van het leven

Charles Carter: …een RNA/peptide-wereld…?

Zo’n viermiljard jaar geleden zouden de eerste voorlopers van wat we nu biomoleculen noemen zijn opgedoken in de aardse oersoep. Hoe die eruit zagen is een nog immer voortwoekerende discussie, maar wetenschappers vinden dat die moleculen op zijn minst twee belangrijke eigenschappen moesten hebben: ze moesten informatie kunnen opslaan en ze moesten reacties kunnen katalyseren. In de moderne cel worden die functies achtereenvolgens uitgevoerd door DNA en de eiwitten, maar in die oertijden zou RNA die hebben gecombineerd. De theorie van de RNA-wereld werd al in de jaren 60 ontwikkeld  en krijgt ook de meeste wetenschappelijke steun, maar recente artikelen in Biosystems en Molecular Biology and Evolution zaaien weer twijfel over de houdbaarheid van die verklaring van het ontstaan van leven. Lees verder

Synthetische eiwitten beloven nieuwe mogelijkheden

Retrovirus

Een (retro)virus dat, ontdaan van DNA, dienst doet als ‘voertuig’ bij gentherapie. De synthetische nucelocapsiden zijn minder problematisch dan virussen

Onderzoekers van, onder meer, de universiteit van Washington en Harvard hebben door de computer ontworpen eiwitten gemaakt die hun eigen genetisch materiaal vervoeren. Het is het idee dat deze niet-natuurlijke (synthetische) eiwitten ingewikkelde functies zouden kunnen uitvoeren in complexe omgeving net als de natuurlijke (maar dan anders).  Lees verder

Endosi-RNA’s houden springende genen in bedwang

Transposonen, springende genen, in bedwang gehouden door endosi-RNA's

Doordat transposonen andersom worden afgelezen als ‘normale’ genen kunnen transposon-RNA’s zich ‘paren’ met ‘gewoon’ RNA. Daardoor weet de cel dat er transposonen actief zijn (afb: Cell)

Moleculen die endosi-RNA’s worden genoemd helpen te voorkomen dat het in ons lijf een genetische chaos wordt, ontdekten onderzoekers van het Britse Brabaham-instituut. Die zorgen ervoor dat de transposonen, genetische parasieten waar ons DNA vooral uit bestaat, koest worden gehouden. Actieve transposonen, ook wel springende genen genoemd, zouden de ‘normale’ genen kunnen beschadigen die de mens wel van nut zijn. Lees verder

Nieuwe CRISPR- ‘scharen’ knippen nu base voor base

basevervanging in DNA

Onderzoekers vervingen in het DNA van embryonale niercellen afzonderlijke basen (afb: Nature)

We hadden sinds een aantal jaren al de genschaar CRISPR/Cas9, maar er zijn nu ook twee molecuulscharen ontwikkeld die base voor base kunnen losknippen, waarmee deze techniek nog een stuk preciezer wordt (kan worden), niet alleen bij DNA, maar ook bij RNA. Een base (preciezer nucleobase) is de bouwsteen van het DNA, ook wel letters genoemd: A.C. G en T, voor RNA komt de U (uracil) in plaats van de T. De nieuwe baseschaar voor DNA is ontwikkeld door een groep van de Harvard-universiteit, de RNA-schaar door een groep van het Broad-instituut van MIT. Dat zou betekenen dat de CRISPR-schaartechniek nu te gebruiken zou zijn voor meer dan de helft van de genetische ziektes, maar pin me daar alsjeblieft niet op vast… Lees verder

Heeft het element boor ons het leven ‘geschonken’?

Sporen op Mars

Boorsporen op Mars zouden kunnen wijzen op het ontstaan van leven op die planeet

Over hoe en waar het leven is ontstaan wordt ontzettend veel gespeculeerd, vooralsnog zonder al te veel resultaat. Nu wordt er een nieuw balletje opgegooid: het leven zou op Mars (kunnen) zijn ontstaan en het element boor zou daarbij een cruciale rol hebben gespeeld. Lees verder