Tag archieven: niet-coderend DNA

DNA-versnipperaar gaat verder dan CRISPR/Cas9-schaar

Geplaatst op door
Beantwoorden
Cas3 versnippert lange delen DNA

Het ‘recept’ voor de CRISPR/Cas3-aanpak (afb: Zhang Lab)

Als we het over de CRISPR-methode hebben dan het hebben we het over de ‘genschaar’ Cas9, die stukken uit DNA knipt, maar de CRISPR-methode kent meer genscharen. Nu schijnen onderzoekers van, onder meer, de universiteit van Michigan een andere bacteriële genschaar ontdekt te hebben die lange stukken DNA opzoekt, wegknipt en versnippert: type I CRISPR/Cas3. Dat biedt nieuwe mogelijkheden voor genoombewerking, denken ze, maar ook voor de bestudering van het niet-coderende deel van DNA (98%). Lees verder →

Niet-coderend DNA kan zich snel omvormen tot gen

Geplaatst op door
Beantwoorden
Niet-coderend DNA

Niet-coderend DNA is niet bepaald nutteloos

Het zit goed in elkaar en het zit vrij ingewikkeld in elkaar dat ‘per-ongelukke’ systeem dat leven heet (ik kan het niet vaak genoeg zeggen). Het lijkt er op dat de ideeën over de manier waarop levende organismen nieuwe eiwitten gaan aanmaken enigszins herzien moeten worden. Uit bestudering van het erfelijk materiaal van rijstplanten bleek dat niet-coderend DNA zich (relatief) snel kan omvormen tot coderend DNA (en dus tot genen). Lees verder →

‘Troep’ in DNA zou schimmels helpen overleven

Geplaatst op door
Beantwoorden

Gistcellen

Gistcellen (afb: Science)

Zoals bekend is het overgrote deel (98%) van DNA ’troep’, ‘rotzooi’. Zo werd het aanvankelijk aangeduid, omdat dat niet-coderende DNA, zoals het tegenwoordig wat netter heet, niet codeert voor eiwitten. Nu denken onderzoekers gevonden te hebben dat bepaalde niet-coderende delen van een gen, de introns (onderbrekende stukjes), de cellen helpen te overleven in zware tijden. Bij gistcellen althans. Lees verder →

We hebben 20 000 of nee 46 831 genen. Uhhh?

Geplaatst op door
Beantwoorden

DNA-trapHoeveel genen heeft een mens? Zo’n 20 000 is nu de schatting. Is dat zo? Volgens die berekening is het overgrote deel van ons DNA ’troep’ en dat is het allesbehalve. Wat noemen we genen? Daar begint het probleem al. Biostatisticus Steven Salzberg van de Amerikaanse John Hopkins-universiteit is eens gaan tellen en komt op 46 831, waarvan er 21 036 coderen voor eiwitten. Daarbij moet wel gezegd worden dat hij de stukken die coderen voor RNA dat niet dient als mal voor eiwitten ook hebben meegeteld. Lees verder →

‘Troep-DNA’ houdt ons genoom bij elkaar

Geplaatst op door
Beantwoorden

Niet-coderend DNA

Niet-coderend DNA is niet bepaald nutteloos

Ooit werd het troep (‘junk’) genoemd, dat deel van het menselijk DNA dat niet codeert voor eiwitten (zo’n 98%), maar zo langzamerhand komen wetenschappers er achter dat het allemaal wat ingewikkelder in elkaar zit. Nu denken onderzoekers van de universiteit van Michigan (VS) ontdekt te hebben dat die ’troep’ een belangrijke functie heeft in het bij elkaar houden van het genoom. Onder andere, voeg ik daar dan op eigen ‘gezag’ aan toe. Lees verder →

De 200 mutaties van niet-coderend DNA die er toe doen

Geplaatst op door
Beantwoorden

OperatiekamerVoor lezers van dit blog mag bekend worden verondersteld dat ze weten dat het overgrote deel van het genoom bestaat uit niet-coderend DNA (nc-DNA). Het coderende deel, de genen, maken maar 2% uit van ons erfgoed. Het overgrote deel van de mutaties die worden geassocieerd met kanker komen uit dit niet-coderende deel. Het lijkt er op dat lang niet al die mutaties van belang zijn. Onderzoekers hebben nu een 200-tal nc-mutaties aangemerkt die er daadwerkelijk toe zouden doen.
Lees verder →

Troep-DNA van belang bij omvang schade beroerte

Geplaatst op door
Beantwoorden
Ratten ingespoten met RNA dat FosDT blokkeerde minder schade door beroerte

Ratten ingespoten met RNA dat FosDT blokkeerde hadden aanzienlijk minder schade door een beroerte dan die dat niet kregen toegediend (afb: Raghu Vemuganti, Suresh Mehta en TaeHee Kim van de universiteit van Wisconsin-Madison)

Het was natuurlijk al wat langer duidelijk dat het deel van DNA dat niet codeert voor eiwitten geen troep is. Nu blijkt dat RNA dat afkomstig is van dat niet-coderende DNA (zoals het tegenwoordig vaak genoemd wordt) een grote rol speelt bij de schade die ontstaat door een beroerte. Door een specifiek niet-coderend RNA-molecuul te blokkeren, dat ze FosDT hadden gedoopt, bleek onderzoekers dat de schade door een (nagebootste) beroerte bij ratten aanzienlijk kleiner was dan als ze FosDT zijn/haar gang lieten gaan. Lees verder →

Weesgenen vinden hun oorsprong in niet-coderend DNA

Geplaatst op door
Beantwoorden

DNANieuwe genen ontstaan uit oude, is de laatste 40 jaar het idee. Je kunt ze via een soort stamboom terugvoeren naar de ‘stamvader’. Bij sommige genen lukt dat echter niet. Het probleem van die weesgenen heeft (sommige) genetici jarenlang beziggehouden. Pas de laatste twee jaar is daar ietsje meer klaarheid over gekomen. Veel van die wezen zouden hun oorsprong vinden in het niet-coderende DNA (het troep-DNA). Ooit werd dat voor onmogelijk gehouden, maar inmiddels zijn er genetici die denken dat dit vrij normaal is. Vorige maand presenteerde de Spaanse evolutionair bioloog Mar Albà op een bijeenkomst in Wenen een lijst van 600 mogelijk nieuwe genen bij de mens. Lees verder →

Nieuwe genen kunnen ook uit ’troep-DNA’ ontstaan

Geplaatst op door
Beantwoorden
Fruitvlieg

Het welbekende genetische proefkonijn, de fruitvlieg.

Als je aan een studie begint, denk je dat de mensheid al heel wat wijsheid heeft vergaard. Gaandeweg die studie ontstaan (of eigenlijk: zie je dat) er steeds meer en steeds grotere gaten in die kennis en aan het eind weet je alleen nog maar hoe weinig je weet. Die gedachte bekroop me bij het lezen van een persberichtje over het onderzoek naar het ontstaan van nieuwe genen. Hoe? Die ontstaan uit het niet-coderende deel van het DNA, dat ooit werd aangeduid met rotzooi (junk-DNA). “Dit laat zien dat de genen ontstaan uit voorouderlijke DNA-sequenties”, zegt onderzoeker David Begun van de universiteit van Californië Davis. Lees verder →