Grofweg is de wereld van levende organisme in tweeën te delen de eukaryoten en de prokaryoten. Eukaryoten zijn organismen met cellen die een celkern hebben, bij prokaryoten dobbert het DNA onbeschermd in de cel rond. Virussen worden door sommige wetenschappers niet tot de levende wereld gerekend. Nu blijken er bacteriofagen te zijn, virussen die het gemunt hebben op bacteriën, die een soort beschermingsschil rond hun DNA hebben die dat erfgoed moet beschermen tegen destructieve CRISPR-enzymen van bacteriën. Je zou dat kunnen zien als een tussenvorm (of overgangsfase) van prokaryoten en eukaryoten. Zijn virussen dan toch ‘levendiger’ dan sommige wetenschappers denken? Overigens lijkt het er sterk op dat de verklaring van de onderzoekers, op zijn zachtst gezegd, hiaten vertoont. Lees verder
Tag archieven: bacteriofagen
Bacteriofagen gentisch aangepast om als antiobiotica te fungeren
Met behulp van synthetische biologie zijn bacteriofagen (bacterie-‘etende’ virussen) door onderzoekers van het ETH in Zürich zo aangepast dat ze geschikt zouden zijn geworden voor de bestrijding van bacterie-infecties, bij wijze van antibiotica dus. Deze ontwikkeling is in gang gezet nu steeds meer bacteriën voor steeds meer antibiotica ongevoelig zijn geworden. Lees verder
Genetisch veranderd fagen als bacteriedoder gebruikt
Een 15 jarige meisje met taaislijmziekte kreeg in september 2017 een dubbele longtransplantatie. De operatie was geslaagd, maar het meisje deed een bacteriebesmetting op. Het ging daarbij om de antibioticaresistente bacterie Mycobacterium abscessus. Haar behandeldende arts Helen Spencer van een Londens ziekenhuis besloot tot een ‘faagtherapie’. Fagen zijn bacteriedodende virussen. Een gok die goed uitpakte. Lees verder
Bacteriofagen omgevormd tot bacteriezoekers
Je rommelt wat met hun DNA en stopt er wat nanodeeltjes is. Zo kun je bacteriofagen omvormen tot bacteriezoekers (-en opruimers), die, bijvoorbeeld, daar in (menselijk) voedsel naar op zoek gaan om te kijken of dat veilig is. Lees verder
Een ‘evolutiemachine’ voor biomoleculen gebouwd
Onderzoekers hebben met behulp van bacteriofagen (bacterievreters) en bacteriën een ‘evolutiemachine’ gemaakt in de hoop dat daar interessante biomoleculen uit rollen. Antibiotica, bijvoorbeeld! Lees verder
Bacteriofagen mogelijk opvolgers van antibiotica
Eigenlijk is het lood om oud ijzer: bacteriofagen of antibiotica. Beide ‘verslinden’ bacteriën, met dat verschil dat bacteriofagen wat kieskeuriger zijn. Ze werken alleen bij een bepaalde bacterie terwijl zogeheten breedspectrum-antibiotica grote delen van het bacteriële leven verdelgen. Groot nadeel van antibiotica is dat bacteriën er immuun voor kunnen worden. Dan kan veel moeilijker met fagen. Dat zijn virussen. Nu steeds meer antibiotica onwerkzaam zijn bij steeds meer bacterisoorten zijn de fagen misschien een alternatief. Twee patiënten in Frankrijk met chronische gewrichtsontstekingen zijn daar dankzij de fagen vanaf. Lees verder
CRISPR-methode verfijnd met anti-CRISPR-eiwitten
Ik heb altijd begrepen dat de genoombewerkingsmethode CRISPR/Cas9 heel precies genen uit het DNA-molecuul kan wegsnijden. Kennelijk gaat dit ‘onfeilbare’ van bacteriën geleende systeem toch nog wel eens in de fout. Onderzoekers van de medische afdeling van MIT in Cambridge (VS) en van de universiteit van Toronto (Can) hebben nu drie eiwitfamilies ontdekt die het knip- en plakwerk van de CRISPR/Cas9 kunnen uitzetten. Daarmee zou de bewerkingstechniek nog ‘feillozer’ worden (als de vergrotende trap van feilloos zou hebben bestaan).
Lees verder
Met enzym volgestopte virusdeeltjes maken waterstof
Afsluiting of omhulling is een van de geheimen van het leven. Die verslaat de tweede wet van de thermodynamica (ruwweg: alles tendeert naar chaos) en zorgt dat de juiste moleculen elkaar goed kunnen vinden. Dat was het idee toen onderzoekers bij de bacteriofaag P22 aanklopten om virusdeeltjes aan te maken waarin het enzym hydrogenase werd verpakt. Daarvoor moest het DNA van de bacterievreter (dat is een bacteriofaag) wel wat aangepast worden. Hydrogenase is een enzym dat uit waterstofionen en elektronen de schone brandstof waterstof maakt. Er moet nog wel wat gesleuteld worden aan het geheel, want het systeem zou nog te weinig waterstof produceren om economisch interessant te zijn. Lees verder
DNA-code (b)lijkt niet nagelvast
Sommige dingen in heel ingewikkelde systemen zijn of lijken erg eenvoudig. Het systeem dat leven heet is knap ingewikkeld en ook het eindeloze DNA-molecuul in elke menselijke cel kent vele geheimen en donkere krochten, maar het leek toch duidelijk hoe dat molecuul codeert. Elke drietal opeenvolgende ‘letters’ van het vier letters tellende DNA-alfabet (A, C, G, T) staat voor een aminozuur. Die code wordt via boodschapper-RNA overgebracht op de eiwitfabriek, het ribosoom, waar het eiwit wordt geassembleerd. Zogeheten start- en stopcodons vertellen het ribosoom waar te beginnen en waar op te houden. Dat beeld blijkt niet helemaal te kloppen. Soms blijken start- of stopcodons (een codon is een trits nucleotiden achter elkaar) genegeerd te worden, ontdekte Natalia Ivanova van het het genoominstituut van het Amerikaanse ministerie van defensie van Walnut Creek (Cal) bij bacteriën. Er staat niet wat er staat. Lees verder