Onderzoekers van de Stanforduniversiteit rond Eric Nguyen hebben het ki-systeem Evo, wijs gemaakt door de genomen van miljoenen bacteriën en bacteriefagen (bacterievirussen), zover gekregen om zelfstandig bacterie- en faaggenomen voor te stellen. Uit veiligheidsoverwegingen zijn hebben de onderzoekers geen ‘lesmateriaal’ uit de virale en eukaryote genomen meegenomen. Evo zou ook kunnen aangeven wat bepaalde veranderingen in een genoom voor het organisme zouden betekenen. Ook kan het systeem een ‘aannemelijk’ (levensvatbaar?; as) genoom van zo’n miljoen basenparen produceren. Lees verder
Tragere bewerking van bRNA’s leidt tot celdood

Fouten bij het splitsen van bRNA kunnen leiden tot de celdood (afb: Ivan Đikić et al./Science)
Mensen hebben zo’n 20 000 genen, maar toch zijn cellen in staat op honderdduizenden verschillende eiwitten te produceren. Die verscheidenheid wordt mogelijk gemaakt door nabewerking van boodschapper-RNA’s die de ‘mal’ vormen voor die verscheidenheid.
Dat splitsproces wordt door verschillende eiwitten uitgevoerd dat in het Engels tezamen het spliceosome wordt genoemd, maar dat ik in dit blog splitsoom noem. Daarbij kan wel eens iets fout gaan en dan loopt de benodigde eiwitproductie in de soep en sterft de cel. Wellicht een doel voor een kanker- of Alzheimertherapie, denken de onderzoekers. Lees verder
Nieuwe immuuntherapie zou glioom onschadelijk maken

De CAR-T-methode linksvergeleken bij CAR-T-SGRP. SGRP staat voor micro-omgeving, GAM staat voor microgliacellen en macrofagen en GBM voor glioom (afb: Georg Hutter et al./Nature Communications)
Glioom is een zeer lastig te bestrijden vorm van hersenkanker. Er zijn wel therapieën bedacht die wat beloven zoals de CAR-T-therapie, maar kennelijk lopen die toch weer tegen klippen op. Nu denken onderzoekers rond Gregor Hutter van de universiteit van Bazel het ei van Columbus gevonden te hebben door de CAR-T-aanpak wat te wijzigen. Lees verder
Synthetische cellen ‘praten’ met elkaar

Zo werkt de communicatie tussen zender- en ontvangercel. (afb: Cornelia Palivan/Advanced Materials)
Synbiologen werken aan systemen die op levende organismen lijken maar die met andere ‘werktuigen’ werken. Eukaryote cellen, cellen met een kern, zijn knap ingewikkeld. Zo hebben die verschillende mechanismen om met elkaar te communiceren zoals het ‘vlammen’ van neuronen. Die communicatie is wezenlijk voor een meercellige maar ook eencellige organismen. Nu lijken onderzoeksters van de universiteit van Bazel het voor elkaar gekregen te hebben om synthetische cellen regelbaar met elkaar te laten ‘praten’. Dat zou voor het eerst zijn.
Lees verder
Neurale-lijststamcellen vindt je in het hele lichaam

De neurale lijst van een embryo wordt gevormd tijdens de neurulatie (afb: WikiMedia Commons)
Een groep rond Justin-Belair-Hickey van de universiteit van Toronto heeft ontdekt dat een groep cellen in de huid en andere delen van het lichaam, zogenaamde neurale-lijststamcellen (de neurale lijst is celsoort die voorkomt in de embryonale ontwikkeling), de bron zouden zijn van geherprogrammeerde neuronen die door andere onderzoekers zijn gevonden.
Die bevindingen zouden de populaire theorie over de herprogrammering van cellen weerleggen, dat elke ontwikkelde cel kan worden aangezet om zijn identiteit te veranderen in een volledig ongerelateerd celtype door de infusie van transcriptiefactoren. Het team stelt een alternatieve theorie voor: er is één zeldzaam stamceltype dat uniek is in zijn vermogen om te worden geherprogrammeerd in verschillende typen cellen. Lees verder

Stercellen met beta-amyloïdeplaques (blauw) (afb: Hoon Ryu/Molecular Degeneration)
Onderzoekers rond Hoon Ryu van het Koreaanse instituut voor wetenschap en techniek (KIST) hebben een aanpak gevonden dat mogelijk iets kan betekenen voor het tegengaan van de achteruitgang van hersens bij Alzheimerpatiënten. Ze richtten hun pijlen op stercellen (een vorm van afweercellen in ons brein) om die aan te zetten tot het opruimen van de beta-ammyloïdeophopingen die leiden tot het afsterven van hersencellen. Overigens zijn er al eerder manieren bedacht om die plaques op te ruimen zonder dat dat veel effect had op het verloop van de ziekte.
Lees verder
Genen aan en uit te zetten met DNA-schakelaars
Onderzoekers rond Ryan Tewhey van het Jacksonlab hebben kunstmatige intelligentie gebruikt om DNA-schakelaars te maken waarmee genen naar believen kunnen worden in- of uitgeschakeld. Ze denken daarmee, onder meer, gentherapieën effectiever en specifieker te kunnen maken. Daarmee zouden die alleen in een bepaalde celtype veranderingen aan kunnen brengen. Lees verder
Hersencellen muisjes laten zich ‘verjongen’ met Yamanaka-factoren

Hersencellen die Sox2 aanmaken lichten rood op (afb: Daniel del Toro et al./Cell)
Onderzoekers van, onder meer, de universiteit van Barcelona hebben hersencellen van muisjes ‘verjongd’ met behulp van zogeheten Yamanaka-factoren. Yamanaka-factoren zijn transciptiefactoren die Shinya Yamanaka en collega’s gebruikten om van gespecificeerde cellen weer (pluripotente) stamcellen te maken. Zijn verouderende cellen weer als nieuw te maken? Lees verder
Transcriptieproces veroorzaakt beweging in het genoom

Een gen (rode ster) en zijn traject (rode lijn) omgeven door coherent bewegende chromatinegebieden (pijlen). Daaronder de manier waarop het gen gemerkt is (afb: Alexandra Zidovska et al./Nature Communications)
Onderzoeksters van, onder meer, de universiteit van New York hebben ontdekt dat er een relatie is tussen genactiviteit en bewegingen in het genoom. Het lijkt er op dat de manier waarop het DNA een vorm krijgt heeft te maken met de activiteit van genen. Dat is natuurlijk niet echt verwonderlijk, aangezien een gen goed bereikbaar moet zijn om gekopieerd te kunnen worden (op boodschapper-RNA). Lees verder
Nieuwe route naar genezing Alzheimer ontdekt?

RTP801 zou de nabewerking van bRNA en tRNA en daarmee de aanmaak van eiwitten verstoren bij Alzheimer (afb: Cristina Malagelada et al./Nuclear Acids Research)
Dementie, waarvan Alzheimer de belangrijkste vorm is, wordt al tig jaren onderzocht, maar al dat onderzoek lijkt alleen maar nieuwe ‘routes’ naar een behandeling van die ziektes op te leveren. Tot nu toe heeft dat geen bevredigend eindresultaat (=geneesmiddel) opgeleverd. Nu denken neurowetenschappersters rond Crisitina Malagelada en Genís Campoy-Campos van de universiteit van Barcelona dat ze in het stresseiwit RTP801 weer een goede behandelkandidaat voor Alzheimer gevonden te hebben. Dat eiwit verstoort (ook?) de aanmaak van eiwitten. Lees verder