Categorie archieven: genexpressie

Met algoritmen het genoom wat minder ‘duister’ maken

Geplaatst op door
Beantwoorden

Genfunctie en de grote aantallenHet is opmerkelijk dat we al aan het genoom willen sleutelen, maar daar eigenlijk nog niet eens zo veel van af weten. Dan heb ik het alleen nog maar over het coderende deel van het DNA en niet over de 98% van dat gigantische molecuul dat niet codeert (voor eiwitten). Van die 2% bekijken onderzoekers ook maar weer een beperkt aantal genen. Het grootste deel van ons erfgoed is ‘duister’. Onderzoekers hebben wat aan dat kennisgat willen doen door met algoritmes het DNA aan te pakken om een idee te krijgen wat dat ‘duistere’ genen-DNA zou kunnen doen. Een beginnetje (denk ik; as). Lees verder →

Het ‘duister’ genoom wordt eindelijk onderzocht

Geplaatst op door
Beantwoorden
DNA-uitlezing met CRISPR en nanoporiën

DNA-uitlezing met behulp van CRISPR en nanoporiën (afb: Max Planckinstituut)

Een groot deel van ons genoom bestaat uit herhalingen, wel honderden of duizenden keren. Die herhalingen zijn moeilijk te analyseren. Onderzoekers van het Max Planckinstituut voor moleculaire genetica in Berlijn  hebben nu een methode ontwikkeld om dit ‘duistere deel’ van het genoom te kunnen doorzoeken. Die methode is een combinatie van nanoporiegenoomuitlezing en de CRISPR/Cas-methode.
Lees verder →

De ene kant op of de andere: DNA blijkt steeds veelzijdiger

Geplaatst op door
Beantwoorden
Voorkeursreichting openen DNA

Helicases (groen) hebben bij het openen van DNA een voorkeursrichting (liever de paarse kant op dan de rode) (afb: SISSA)

Nog niet eens zo heel lang geleden werd DNA gezien als het molecuul waar ons leven in is vastgelegd. Gaandeweg blijkt dat allemaal wat ingewikkelder te liggen. Zo heeft de enzymfamilie de helicases tot taak om het stevig ingebakerde molecuul te openen om te kunnen worden afgelezen (de transcriptie). Nu hebben onderzoekers van, onder meer, het SISSA in Triëst (It) daar eens naar gekeken. Het blijkt dat het niet hetzelfde is als je het DNA de ene kant op afleest of de andere. De helicases blijken een voorkeursrichting te hebben. Zo blijken er gaandeweg steeds meer manieren ontdekt te worden waarop we dat ‘boek van het leven’ kunnen lezen.
Lees verder →

Nieuwe CRISPR-techniek om genen in of uit te schakelen

Geplaatst op door
Beantwoorden
Typen CRISPR

Er schijnen drie typen CRISPR-systemen te zijn (afb: igtrcn.org)

Charles Gersbach van de Amerikaanse Duke-universiteit en medeonderzoekers zeggen een CRISPR-methode ontwikkeld te hebben (of eigenlijk gevonden) waarmee heel precies genen kunnen worden in- of uitgeschakeld. Daarmee zouden ze voor het eerst het zogeheten epigenoom hebben bewerkt. Ze noemen hun techniek (heel zelfbewust?) klasse 1-CRISPR. Het al langer bekende CRISPR/Cas9 is dan een klasse 2-CRISPR. Lees verder →

Kankercellen vreten hun buren soms op

Geplaatst op door
Beantwoorden

Kannibalistuische kankercellen

Kankercellen (rood) schijnen hier hun buren (groen membraan) te verslinden (afb: Tonnessen-Murray et. al.)

Chemotherapie is een manier om kanker te bestrijden, maar die behandeling komt met aanzienlijke bijwerkingen doordat vaak ook gezonde cellen de dupe zijn van zo’n behandeling. Nu komt nog een minpunt van chemotherapie aan het licht: die kankerbehandeling zou sommige kankercellen tot kannibalen maken die hun buren opvreten bij wijze van overlevingsstrategie. Lees verder →

Regeert een enkel eiwit het verouderingsproces?

Geplaatst op door
Beantwoorden

Wormpjes zonder LIN-53

Links een wormpje met en rechts zonder LIN-53 (afb: Tursunlab MDC)

Onderzoekers van het Max Delbrückcentrum voor voor medische systeembiologie in Berlijn denken een epigenetisch mechanisme op het spoor te zijn gekomen dat een sterke invloed heeft op gezond ouder worden. Het lijkt er op dat een enkel eiwit, aangeduid met LIN-53, de spiersamenhang, levensduur en het peil van een essentiële suiker regelt. Kan dat waar zijn? Aangetekend dient te worden dat het om onderzoek bij rondwormpjes gaat, maar dat zijn wel ‘modeldiertjes’. Lees verder →

Kunstmatig eiwit lijkt grote regelneef van een cel

Geplaatst op door
Beantwoorden
Synthetische regeleiwit LOCKR

Het synthetische wondereiwit LOCKR (afb: UW)

Onderzoekers van de universiteit van Californië in San Fransisco en van de universiteit van Washington hebben een eiwit ontworpen en gesynthetiseerd, LOCKR gedoopt, waarmee processen in een cel kunnen sturen zoals de genexpressie. LOCKR staat voor de onmogelijke uitdrukking Latching, Orthogonal Cage/Key pRotein (oftewel: vergrendeling, orthogonaal kooi/sleuteleiwit; duidelijk?). LOCKR zou het eerste ontworpen biologische instrument zijn Lees verder →

Enig idee hoe organen ontstaan (?)

Geplaatst op door
Beantwoorden
De orgaanontwikkeling

De orgaanontwikkeling bij zoogdieren doorloopt een vast ‘genprogramma’ dat in het begin grotendeels overeenkomt (afb: Kaessmann-lab)

Het ontstaan van het leven en alles wat er omheen hangt is nog steeds omhangen met vele geheimen (ook al doen we of we daar zo veel van af weten). Zo is voornamelijk duister hoe organen zich in een embryo ontwikkelen. Onderzoekers van de universiteit in het Duitse Heidelberg hebben, geholpen door de modernste DNA-uitlezers, wat licht in die duisternis geworpen. Er lijkt een soort ‘genetisch programma’ te zijn dat bepaalt welke organen zich waar in de vrucht vormen dat zowel geldt voor mensen als ook een aantal andere zoogdieren. Lees verder →

Ont-TOXen van T-cellen maakt CAR-T-therapie breder inzetbaar

Geplaatst op door
Beantwoorden
CAR-T-celtherpaie ook tegen vaste tumoren te gebruiken (?)

Genetische veranderde CAR-T-cellen (lichtblauw) dokken aan aan een kankercel. Daardoor komen granzymes (celdodende enzymen) vrij (geel) die de kankercel doden (afb: La Jolla-instituut)

De CAR-T-celtherapie wordt al met enig succes ingezet tegen kanker, maar vooralsnog lijkt die immuuntherapie vooral te werken bij ‘vloeibare’ kankers zoals leukemie en niet bij vaste tumoren. Het lijkt er op dat met de verwijdering van TOX-eiwitten die therapie ook succesvol zou kunnen worden in de bestrijding van ‘vaste’ kankers zoals huidkanker. Lees verder →