PIPs en DNA (afb: univ van Kyoto)
Een polyamide gebruikt om genen aan of uit te zetten
Beantwoorden
Categorie archieven: genexpressie
Is met biologische klok kankerproces te vertragen?
David Ann:… niet al te veel vetten… (afb: City of Hope)
Het klinkt als hocus-pocus maar kennelijk hebben de biologische klok en het voortschrijden van het kankerproces iets met elkaar te maken. Die biologische klok maakt dat ons lichaam zich aan periodiciteit aanpast, zoals het dag/nachtritme. Onderzoekers van de Stad van Hoop in Californië ontdekten bij muisjes dat als een gen dat (mede) verantwoordelijk is voor de biologische klok defect (gemuteerd) is het borstkankerproces bij dikke muisjes versnelde. Wellicht dat daar een ‘knop’ te vinden is om dat proces te vertragen of zelfs helemaal stop te zetten, speculeren de onderzoekers. Lees verder
Een ‘noodstop’ voor CRISPR moet methode veiliger maken
De werking van anti-CRISPR-eiwitten. Links in een CRISPR-bewerking type I (Cas3) en rechts in CRISPR-bewerking type 2 (Cas9) (afb: Nature)
De CRISPR-methode is in een paar jaar tijd razend populair geworden onder genetici en over de hele wereld zijn onderzoekers aan de slag gegaan met die bacteriële afweer om ‘foute’ stukjes in DNA te repareren en om het genoom te bewerken voor onderzoeksdoeleinden. Vervelend is alleen dat de methode niet zo nauw kijkt en nog wel eens een ander stukje DNA ‘meeneemt’ (ook al wordt dat door sommigen weer tegengesproken of tenminste gerelativeerd). Er zijn methoden om die onbedoelde genoombewerking een halt toe te roepen, maar voorlopig zou de enig echte en veilige ‘noodstop’ voor CRISPR er nog niet te zijn. Nature geeft een overzicht. Binnenkort in dit theater? Lees verder
Met algoritmen het genoom wat minder ‘duister’ maken
Het is opmerkelijk dat we al aan het genoom willen sleutelen, maar daar eigenlijk nog niet eens zo veel van af weten. Dan heb ik het alleen nog maar over het coderende deel van het DNA en niet over de 98% van dat gigantische molecuul dat niet codeert (voor eiwitten). Van die 2% bekijken onderzoekers ook maar weer een beperkt aantal genen. Het grootste deel van ons erfgoed is ‘duister’. Onderzoekers hebben wat aan dat kennisgat willen doen door met algoritmes het DNA aan te pakken om een idee te krijgen wat dat ‘duistere’ genen-DNA zou kunnen doen. Een beginnetje (denk ik; as). Lees verder
Het ‘duister’ genoom wordt eindelijk onderzocht
DNA-uitlezing met behulp van CRISPR en nanoporiën (afb: Max Planckinstituut)
Een groot deel van ons genoom bestaat uit herhalingen, wel honderden of duizenden keren. Die herhalingen zijn moeilijk te analyseren. Onderzoekers van het Max Planckinstituut voor moleculaire genetica in Berlijn hebben nu een methode ontwikkeld om dit ‘duistere deel’ van het genoom te kunnen doorzoeken. Die methode is een combinatie van nanoporiegenoomuitlezing en de CRISPR/Cas-methode.
Lees verder
Genexpressie vaak verkeerd geïnterpreteerd
Het blijkt dat onderzoekers die de genexpressie van een cel te bepalen door de RNA-moleculen te sequenciëren die in die cel voorkomen nogal eens in de fout gaan en daardoor tot verkeerde conclusies komen. Dergelijk onderzoek valt ook niet te reproduceren. Lees verder
De ene kant op of de andere: DNA blijkt steeds veelzijdiger
Helicases (groen) hebben bij het openen van DNA een voorkeursrichting (liever de paarse kant op dan de rode) (afb: SISSA)
Nog niet eens zo heel lang geleden werd DNA gezien als het molecuul waar ons leven in is vastgelegd. Gaandeweg blijkt dat allemaal wat ingewikkelder te liggen. Zo heeft de enzymfamilie de helicases tot taak om het stevig ingebakerde molecuul te openen om te kunnen worden afgelezen (de transcriptie). Nu hebben onderzoekers van, onder meer, het SISSA in Triëst (It) daar eens naar gekeken. Het blijkt dat het niet hetzelfde is als je het DNA de ene kant op afleest of de andere. De helicases blijken een voorkeursrichting te hebben. Zo blijken er gaandeweg steeds meer manieren ontdekt te worden waarop we dat ‘boek van het leven’ kunnen lezen.
Lees verder
Nieuwe CRISPR-techniek om genen in of uit te schakelen
Er schijnen drie typen CRISPR-systemen te zijn (afb: igtrcn.org)
Charles Gersbach van de Amerikaanse Duke-universiteit en medeonderzoekers zeggen een CRISPR-methode ontwikkeld te hebben (of eigenlijk gevonden) waarmee heel precies genen kunnen worden in- of uitgeschakeld. Daarmee zouden ze voor het eerst het zogeheten epigenoom hebben bewerkt. Ze noemen hun techniek (heel zelfbewust?) klasse 1-CRISPR. Het al langer bekende CRISPR/Cas9 is dan een klasse 2-CRISPR. Lees verder
Kankercellen vreten hun buren soms op
Kankercellen (rood) schijnen hier hun buren (groen membraan) te verslinden (afb: Tonnessen-Murray et. al.)
Regeert een enkel eiwit het verouderingsproces?
Links een wormpje met en rechts zonder LIN-53 (afb: Tursunlab MDC)