Tag archieven: gids-RNA

Onderzoekers maken ‘expressieknop’ voor genen

Geplaatst op door
Beantwoorden
Een op CRISPR gebaseerde 'expressieknop'

Cellen in dat deel van de rattenhersens dat wordt gezien als het beloningscentrum (nucleus accumbens). Groen zijn de cellen die een bepaald eiwitten aanmaken, rood de cellen die het gids-RNA produceren en blauw die met het met het virus meegestuurde DNA hebben aangemaakt, ten teken dat de ‘machine’ heeft gewerkt (afb: UAB)

Het is hier al vaker gesteld dat de epigenetische toestand in een cel een cel maakt tot wat ie is: een levercel, botcel, vetcel of nog een van de honderden verschillende celtypen in ons lichaam. De regeling van de genexpressie (welk gen is hoe actief) is dan ook een aardig middel om erachter te komen hoe cellen werken en het lijkt er op dat onderzoekers van de universiteit van Alabama in het Amerikaanse Birmingham zo’n ‘expressieknop’ hebben gevonden, waarmee ze de expressie in hersencelkweken maar ook in de hersencellen van levende ratten kunnen veranderen. Met de expressieknop kan de activiteit van een enkel gen worden veranderd, maar ook van meer genen tegelijk. Opmerkelijk. Lees verder →

CRISPR ook te gebruiken voor ‘gensturing’

Geplaatst op door
Beantwoorden
CRISPR-Cas9 met gids-RNA en doel-DNA

Het Cas9-complex (blauw) ‘omarmt’ het gids-RNA (geel) en doel-DNA (rood) (afb: Bang Wong)

De CRISPR/Cas9-methode wordt in het onderzoekslab met wisselend succes gebruikt voor het repareren van genafwijkingen, maar die blijkt meer in haar mars te hebben. Zo heeft een groep onderzoekers die techniek gebruikt om in cellen een cascade aan activiteiten teweeg te brengen in afhankelijkheid van informatie uit de cel zelf. Dat schijnt bedoelt te zijn om afwijkingen ten gevolge van aangeboren ziektes te kunnen corrigeren. Dat fenomeen heeft ook al een naam: voorwaardelijke gensturing. Lees verder →

Nauwkeurigheid CRISPR/Cas9 zou voldoen aan simpele regels

Geplaatst op door
Beantwoorden
CRISPR/Cas9 niet zo onvoorspelbaar als gedacht

De CRISPR/Cas9-methode blijkt volgens simpele regels betrouwbaar te werken (afb: Francis Crickinstituut)

Medewerkers van het Francis Crick-instituut in Engeland zeggen ontdekt te hebben dat met simpele regels is te bepalen hoe nauwkeurig CRISPR/Cas9 (de genschaar) te werk gaat bij het bewerken van DNA. Rond die genschaar heerst veel optimisme, maar de schaar knipt ook vaak op plekken in het DNA waar het niet bedoeld is. Met die regels zouden de veiligheid en doelmatigheid van de CRISPR/Cas9-methode kunnen worden opgekrikt, denken de onderzoekers. Lees verder →

CRISPR zou minder fouten maken met synthetisch gids-RNA

Geplaatst op door
Beantwoorden
Onderzoekers ontwikkelen effectief synthetisch gidsmolecuul vaan CRISPR-techniek

Basil Hubbard (afb: univ. van Alberta)

Onderzoekers van de universiteit van Alberta (Can) stellen dat ze het aantal fouten dat de CRISPR-techniek maakt bij het repareren van gendefecten aanzienlijk hebben verlaagd door gebruik te maken van  een synthetisch gids-RNA-molecuul (BNA gedoopt). De van bacteriën geleende CRISPR-techniek is al vrij nauwkeurig, maar het aandeel van onbedoelde genveranderingen zou nog altijd in de orde van 1% zijn. Dat kan behoorlijk problematisch worden als je bedenkt dat een mensenlichaam bestaat uit biljoenen cellen. De onderzoekers stellen dat met BNA als gids-molecuul het foutenpercentage met (maximaal) een factor 10 000 omlaag kan worden gebracht. Lees verder →

Met CRISPR zijn genen ook aan en uit te zetten

Geplaatst op door
Beantwoorden
CRISPRa voor activering genen

Rechts de spiercellen van muisjes die behandeld zijn met CRISPRa, links de spiercellen (magenta) van onbehandelde muisjes met spierdystrofie (afb: Salk-instituut)

Al zo’n drie jaar geleden is ontdekt dat met CRISPR niet alleen genen te knippen en/of uit te wisselen zijn, maar dat je daarmee ook de genactiviteit kunt veranderen.  Spaanse en Amerikaanse onderzoekers gebruikten die mogelijkheid om muisjes te behandelen voor suikerziekte (type I), nierbeschadiging en spierdystrofie (de muizelijke variant daarvan). Met succes, naar het schijnt. Toepassing bij mensen zal nog veel onderzoek vergen. Lees verder →

Hoe werkt genoombewerking met CRISPR?

Geplaatst op door
Beantwoorden
Basevervangers erg accuraat

Hier een variant van de genschaar Cas9, nCas9, die slechts een DNA-streng doorknipt in plaats van twee. Daarmee kunnen afzonderlijk basen vervangen worden

Waarschijnlijk is de ontdekking en ingebruikneming van het bacteriële systeem om het genoom te bewerken, CRISPR, een van de belangrijkste wetenschappelijke ontwikkelingen van, op zijn minst, de laatste tien jaar. Onderzoek op het gebied van biologie en geneeskunde zijn sinds een paar jaar ingrijpend veranderd door de komst van die methode. Daarvoor waren er als zinkvingers en TALEN , maar die genoombewerkingsmethoden vallen in het niet bij CRISPR. Die methode geeft hoop op, onder meer, genezing van ernstige ziektes maar houdt ook de dreiging in van kinderen-op-maat en mensverbetering. Lees verder →

Basevervangers blijken erg accurate genoombewerkers

Geplaatst op door
Beantwoorden
Basevervangers erg accuraat

In de ‘gewone’ CRISPR/Cas9-techniek (boven) zorgt het gids-RNA (groen) dat het knip-en-plakwerk op de juiste plaats gebeurt. De Zuid-Koreanen hebben de ingrediënten ietwat aangepast voor de basevervanger: Cas9 werd nCas9 (nickase) en daaraan werd het enzym cytosinedeaminase geplakt. Daarmee werd de C vervangen door U (uracil) dat normaal niet in DNA voorkomt (maar wel in RNA), maar bij replicatie wordt vervangen door T (thymine)

Een DNA-streng van een mens is zo’n driemiljard nucleotiden (DNA-letters) lang. Toch schijnt de modernste versie van de vrij nieuwe CRISPR/Cas9-methode in staat om heel precies een zo’n DNA-bouwsteen te vervangen door een ander, constateerden onderzoekers rond Jin-soo Kim van de nationale universiteit in Seoel (Zuid-Korea). Kim: “Dit is voor het eerst dat de effectiviteit van deze basevervanger (een base is nucleotide; as) over het hele genoom is beoordeeld. ”
Lees verder →

Genen te activeren met synthetische Cas9-eiwitten

Geplaatst op door
Beantwoorden
George Church, de 'aartsvader' van de synthetische biologie

George Church, de ‘aartsvader’ van de synthetische biologie (afb: Harvard)

CRISPR/Cas9 is niet alleen een van bacteriën geleend systeem om genen te vervangen, maar ook om genen te activeren, waardoor de bijbehorende eiwitten (meer) worden geproduceerd. Hoe je met welke synthetische Cas9-eiwitten welke genen activeert is nu eens in een artikel in Nature bij elkaar gezet door synbiocoryfee George Church van de Harvard-universiteit en de zijnen: een nieuw hoofdstuk in het handboek in genetisch knutselen. Lees verder →

Andere eiwitten dan Cas9 gevonden om DNA te bewerken

Geplaatst op door
Beantwoorden
De Cpf1-schaar voor bewerking DNA

De Cpf1-schaar werkt net even anders als Cas9 (afb: Cell)

CRISPR/Cas9 is de een paar jaar geleden ontdekte van bacteriën geleende ‘schaar’ waarmee DNA vrij nauwkeurig is te bewerken.  Cas9 is in feite de schaar die het beoogde stuk DNA weg knipt. Nu schijnt er een ander eiwit te zijn dat knipvermogen heeft: Cpf1. Waarschijnlijk zijn er meer, zo vermoeden onderzoekers van, voornamelijk, het MIT in Cambridge (VS) en de Harvard-universiteit. Lees verder →