Categorie archieven: Eiwitten

Zwakke plek van de meeste kankers ontdekt (?)

Geplaatst op door
Beantwoorden
Celdeling

Normale celdeling (boven) in vergelijking met een deling van een cel met een ongewoon aantal chromosomen. Vlnr: beelden van een confocale microscoop met DNA (groen), het miotische spoelfiguur (rood), de aanwezigheid van KIF18A en al de ‘ingrediënten’ tezamen. De schaal is 10 micron (afb: Sara Bernhard, TU Kaiserslautern)

Kanker is een verzamelnaam voor een groot aantal woekerziektes. Vaak zijn behandelingen heel specifiek gericht op een bepaald type kanker. Al lang wordt geprobeerd een methode te vinden die werkt voor alle of in ieder geval veel kankersoorten. Nu schijnen onderzoeksters in Duitsland, Israël, Italië en de VS een zwakke plek gevonden hebben die meer dan 90% van alle kankers gemeen hebben: de overmaat aan chromosomen in kankercellen. Lees verder →

Weer een ‘kankerdoelwit’ (beter) in het oog: histondeacetylases

Geplaatst op door
Beantwoorden
Chromatine

Chromatine is de dicht gepakte structuur van DNA en histonen (gekleurd) in de celkern

Over de hele wordt worden zeer regelmatig nieuwe ‘doelwitten’ benoemd die kunnen worden gebruikt om kanker de das om te doen. Ja, het lichaam zit iet eenvoudig in elkaar het het bestrijden van afwijkingen (ziektes) is ook niet makkelijk. Nu komen onderzoekers van de universiteit met het idee de enzymfamilie histondeacetylases (HDAC’s) op de korrel te nemen. Die eiwitten regelen mede de genexpressie. Ze hebben een methode ontwikkeld waarmee ze hebben onderzochten hoe die enzymen chemisch functioneren om zo medicijnen tegen kanker te achterhalen met zo min mogelijk bijwerkingen. Lees verder →

Astrocyten in de hersens (b?)lijken gestuurd door darmflora

Geplaatst op door
Beantwoorden

Stercellen of astrocyten

Stercellen vervullen veel nuttige taken, maar lijken niet alleen bij MS-patiënten in de fout te gaan.

Astrocyten, ook wel stercellen genoemd, zijn de meeste komende cellen in het centrale zenuwstelsel. Toch zijn die niet erg goed onderzocht. Lange tijd werd aangenomen dat ze zorgden voor voeding en ondersteuning van andere beter onderzochte cellen in hersens en ruggenmerg. Zo langzamerhand rijst echter het beeld op dat die stercellen ook een rol (kunnen) spelen bij de achteruitgang van de hersens, ontstekingen en hersenziektes. Nu blijkt uit onderzoek dat een ondersoort het tegenovergestelde kan doen, ‘gestuurd’ door de darmflora. Lees verder →

Alweer een oplossing voor een dwarslaesie?

Geplaatst op door
Beantwoorden

Hersteld van dwarslaesie?

Twee, drie weken na de behandeling konden de muisjes weer lopen (afb: Ruhr-universiteit)

Schade aan het ruggenmerg kan leiden tot een dwarslaesie, waarbij delen van het lichaam verlamd raken (afhankelijk van de plaats van de laesie). Al tientallen jaren wordt er naar oplossingen gezocht en al verschillende malen hebben onderzoekers op zijn minst gesuggereerd een oplossing gevonden te hebben. Voor zover ik weet is dé oplossing nog niet gevonden. Nu komen wetenschappers van de Ruhr-universiteit in Bochum met het verhaal dat een niet natuurlijk eiwit, hyper-interleukine-6, bij muisjes zou hebben geleid tot herstel van de zenuwweefselschade. Ze zouden na behandeling, in feite een gentherapie, weer hebben kunnen lopen. Lees verder →

Ki voorspelt welke transcriptiefactoren van belang zijn

Geplaatst op door
2

DeepTFactor

Het zelflerende systeem krijgt een bepaalde eiwitsequentie opgegeven en maat de daarbij behorende transcriptiefactor bepalen (afb: KAIST)

Het kon natuurlijk niet uitblijven. Kunstmatige intelligentie (ki) wordt gebruikt voor de duvel en zijn oude moer, vooral de zelflerende systemen, dus waarom niet in de genetica, dat wilde-bomenbos van complexiteit? Onderzoekers van het Zuid-Koreaanse KAIST en van de universiteit van Californië in San Diego (VS) hebben een zelflerend neuraal netwerk in elkaar geschroefd dat voorspelt welke trancriptiefactoren bij welke processen van belang zijn: DeepTFactor. Dat zou het begrip van de complexiteit van het leven moeten verbeteren… Lees verder →

DNA én RNA de basis van leven op aarde?

Geplaatst op door
Beantwoorden
Ramanarayanan Krishnamurthy

Ramanarayanan Krishnamurthy (afb: Scrippsinstituut)

Er wordt al heel lang gespeculeerd hoe leven op aarde ontstaan is. De meeste aanhang lijkt nu de theorie van de RNA-wereld te hebben, waarbij RNA de rol van DNA van nu zou hebben maar waarbij RNA ook dingen deed die eiwitten nu op zich hebben genomen. Nu komen onderzoekers/theoretici met het idee dat én DNA én RNA samen aan de ‘wieg’ van het leven hebben (kunnen) gestaan. Lees verder →

Tumoren gebruiken ‘portier’ om afweercellen te weren

Geplaatst op door
Beantwoorden

Portier

De gestrekte ‘arm’ van de portier (boven) voorkomt dat de afweercel de kankercel vernietigt (afb: InsideOutBio)

Een van de grootste problemen om kanker te bestrijden is dat kankercellen allerlei mechanismes en trucs gebruiken om het afweersysteem kalm te houden. Onderzoekers hebben nu uitgevonden dat kankercellen (ook?) gebruik maken van een soort portier die voorkomt dat afweercellen de kankercel doden. Die portier is een soort gestrekte arm die de afweercellen op afstand houdt maar ook in staat is om te plooien of langer te worden. Die portier bemoeilijkt de werking van immuuntherapieën zoals de controlepostremmers. Lees verder →

Ki-systeem ‘berekent’ vorm eiwitten

Geplaatst op door
Beantwoorden
Structuur bacterie-kinase

De door AlphaFold berekende structuur van een kinase van de bacterie Legionella pneumophilia (paars). De blauwe structuur is experimenteel bepaald door Vincent Tagliabracci en Diana Tomchick.

In elke cel zijn duizenden eiwitten bezig het systeem levend te houden (wat leven ook moge betekenen). Die werkpaarden van het leven ontlenen hun functie(s) vooral aan hun ruimtelijke structuur. Al vele jaren wordt met dat probleem geworsteld, aangezien lang niet alle eiwitten  hun ‘figuur’ makkelijk prijsgeven. Je zou denken dat als je weet uit welke aminozuren een eiwit bestaat je die structuur kunt berekenen, maar dat schijnt ondoenlijk te zijn. Nu hebben onderzoekers van het CASP14-project kunstmatige intelligentie te hulp geroepen om die structuur te bepalen en dat lijkt er gunstig uit te zien. Lees verder →

Histonen voorkomen springen van transposons in stamcellen

Geplaatst op door
Beantwoorden
Histondans

De histondans rond de springende ERV-genen (afb: Simon Elsässer)

Springende genen (transposonen) zijn hier in dit blog nog wel eens langs gehuppeld. Dat zijn stukken DNA die de neiging hebben zich steeds elders in het genoom te vestigen en/of zichzelf te vermenigvuldigen. Dat is natuurlijk niet zo best voor de stabiliteit en integriteit van het genoom en er zijn wat manieren waarop het genoom al dat gespring aan banden legt. Een aantal daarvan schijnen in kankercellen maar ook in oudere cellen te ontbreken. Histonen, het ‘verpakkingsmateriaal’ rond het  DNA, schijnen in dat remproces een belangrijke rol te spelen, ook in de zogeheten pluripotente stamcellen. Lees verder →

B-RNA al of niet afbreken via een ‘lichtschakelaar’

Geplaatst op door
Beantwoorden
b-RNA-versnipperaar

Als PAL met behulp van de aptameer het regel-RNA (= ‘vlag’ in mijn verhaal) ‘kaapt’ (r) wordt het b-RNA niet afgebroken. De vorm van PAL is gevoelig voor blauwe licht (afb: Nature)

Er is al vaker gewerkt met licht om de genactiviteit te sturen, maar nu zeggen onderzoekers in Duitsland dat ze een lichtmethode hebben ontwikkeld om dat heel precies te doen. Hier gaat het dan in feite om de afbraak van boodschapper-RNA, de mal voor het aanmaken van een eiwit. Die methode zou vooral van belang zijn voor onderzoek, want veel praktische waarde in het ziekenhuis lijkt me die niet te hebben (al kan ik het natuurlijk faliekant mis hebben). Lees verder →