Proteoom: over onmogelijke genen en genen die ‘zoek’ zijn

ProteoomEen Duitse en een Amerikaanse onderzoeksgroep hebben alle gegevens van eiwitten die in mensen hun levensvatbare werk doen in kaart gebracht. Er ontbreken er nog wel een paar. Zo’n 90% van de menselijke eiwitten, tezamen het proteoom genoemd, zouden in die twee ‘catalogi’ staan. Opmerkelijk is dat enkele eiwitten door genen worden gecodeerd die er niet zouden mogen zijn en andere volledig ontbreken. Het is hier al vaker gezegd: het leven blijft verbazen. Lees verder

Een bacterie met twee extra DNA-letters gemaakt

DNA6

Een DNA-streng met zes (in plaats van vier) nucleotiden. X en Y zijn de ‘vreemde eenden’. (afb: New Scientist)

Synthetische biologie is er niet in de eerste plaats op gericht om bestaand leven te ‘repareren’ maar vooral om nieuw leven te creëren. Het leven maakt maar een bescheiden gebruik van de chemische mogelijkheden die er bestaan. Zo zijn eiwitten opgebouwd uit, ten hoogste, twintig verschillende aminozuren, terwijl er vele malen meer aminozuren bestaan (of te bedenken zijn) en DNA maakt voor de opbouw maar gebruik van vier verschillende nucleotiden, die louter verschillen in de base. Een uitdaging, dus. Nu heeft een groep rond Floyd Romesberg van het Scripps-instituut in La Jolla (VS) een E. coli-bacterie voorzien van een DNA-streng met twee extra basen/nucleotiden:  d5SICS en dNaM. Het schijnt de bacterie, die er normaal toch al een los DNA-‘regime’ op na houdt, niet erg te deren. Lees verder

Eiwit APOBEC3 verijdelt mutaties door springende genen

John Moran is zijn lab in Ann Arbor in 2008 (foto: universiteit van Michigan)

John Moran is zijn lab in Ann Arbor in 2008 (foto: universiteit van Michigan)

Het genetisch systeem is al ingewikkeld genoeg en dan zijn er nog een springende genen die het hele fragiele bouwwerk nog eens op scherp zetten. Onderzoekers van de universiteit van Michigan in Ann Arbor schijnen nu ontdekt te hebben hoe die voortdurende burgeroorlog toch niet leidt tot onherstelbare schade in de cel.
Lees verder

Hoe een klein derde chromosoom zulke grote gevolgen heeft

Trisomie 21

Dat kleine derde chromosoom heeft invloed op alle genen van het hele genoom

Mensen met drie 21-chromsomen hebben krijgen de ziekte van Down. Ze werden vroeger mongolen genoemd vanwege de door deze trisomie veroorzaakte uiterlijke kenmerken. Hoe het mogelijk is dat een extra exemplaar van een klein chromosoom zulke verstrekkende gevolgen kan hebben is niet bekend. Onderzoekers van de universiteit van Genève  rond Stylianos Antonarakis hebben een poging gedaan wat licht in de duisternis te brengen.

Lees verder

Juno opent de eicel voor zaadcel

Eicel met zaadcellen

Menselijke eicel met diverse zaadcellen.

Het eiwit Juno, vernoemd naar de Romeinse godin voor, onder meer, de vruchtbaarheid, is het slot op de eicel waar de sleutel Izumo1 in past waarmee de zaadcel zich toegang tot de eicel kan verschaffen. Nadat de zaacel ‘binnen’ is vervormt Juno en laat de eicel ‘niemand’ meer binnen. Dat hebben onderzoekers van het Britse Sanger-instituut ontdekt. De ontdekking zou van belang kunnen zijn voor onvruchtbare paren (althans waarvan er minstens een onvruchtbaar is) of juist voor geboortebeperking.
Lees verder

Simpele ‘cel’ laat zich delen (op de computer)

Computerceldeling

De computercel heeft zich opgedeeld onder invloed van de stroming rond die cel (aangegeven door de pijltjes) (afb: beeldje uit video Physical Review Letters)

Deling van natuurlijke cellen is een subtiel proces, maar onderzoekers van het Italiaanse SISSA in Triëst hebben een simpele computersimulatie gemaakt van een ‘celdeling’ van druppeltjes vezelmateriaal, omgeven door een vetmembraan; een uiterst rudimentaire cel. Ze lieten zien dat die bolletjes zich bij de juiste omstandigheden delen. Leven in een levenloos systeem, heet dat dan. Lees verder

Zijn kankercellen te doden met een hamer?

Celkern met metaalkorreltje

De onderzoekers vielen een celkern (rechts) lastig door er met een metaalkorreltje (links) tegen aan te tikken (foto: univ.v. Noord-Carolina)

Zoals hier vaker opgemerkt is het opmerkelijk dat, gezien het aantal oplossings-modellen dat alleen al het laatste jaar is aangedragen, dat kanker niet al lang tot een beheersbare en geneselijke ziekte is teruggebracht. Twee recente artikelen in Nature en the Journal for immunology van onderzoekers van de universiteit van Noord-Carolina (VS) suggereren op zijn minst dat kankercellen zijn te bestrijden met mechanica (mechanische krachten). Een klap met de hamer, zeg maar. Kankercellen bewegen, zoveel is zeker, en dat gaat met mechanische krachten gepaard. Een nieuw, mogelijk, pad voor het bestrijden van kanker, heet het dan meteen. Lees verder

Plant groene producent van medicijnen

De roze maagdenpalm

De roze maagdenpalm

Een Europees onderzoeksproject dat gecoördineerd wordt door het Finse technologische instituut VTT zou een doorbraak hebben bewerkstelligd in het streven planten te gebruiken als groene producent van medicijnen. Het produceren van medicijnen met behulp van planten is, uiteraard, allesbehalve nieuw, maar de jongste ontwikkeling zou vooral de opbrengst sterk vergroot hebben door gebruik te maken van celcultures (kweken). Hoe die plant die die medicijnen maakt dat doet, was tot nu toe onbekend. Om ook daadwerkelijk de opbrengst te vergroten hebben de onderzoekers de genetische component van het ingewikkelde productieproces in de plant nu ontrafeld. Dat heet dan baanbrekend. Lees verder

Reactie DNA op hormoon is celafhankelijk

Twee verschillende celtypen reageren anders op het hormoon (geel) doordat andere gebieden van het DNA reageren op de hormoonreceptor.

Twee verschillende celtypen reageren anders op het hormoon (geel) doordat andere gebieden van het DNA reageren op de hormoonreceptor.

Onderzoekers van het Instituut voor moleculaire pathologie (IMP) in Wenen hebben licht gebracht in de manier waarop hormonen DNA beïnvloeden. Alexander Stark van het IMP en zijn medewerkers ontdekten dat een en hetzelfde hormoon verschillende effecten bij verschillende celtypen teweeg brengt. Belangrijk is de (ver)binding waarmee het hormoon zich aan de cel hecht.  Lees verder

Klein RNA-molecuul kan ‘eiwitfabriek’ lamleggen

ncRNA

Een slechts 18 nucleotiden lang RNA-molecuul is in staat de eiwitfabriek van een gistcel stil te leggen (afb: Cell).

Een biologisch gezien klein (RNA-)molecuul is in staat om het ribosoom, de eiwitfabriek van een cel, lam te leggen, zo ontdekte Norbert Polacek van de universiteit van Bern. Die ontdekking zou kunnen leiden tot een nieuwe familie antibiotica, denkt de onderzoeker. Lees verder