Categorie archieven: Micro-organismen

CRISPR-methode verfijnd met anti-CRISPR-eiwitten

Geplaatst op door
Beantwoorden
anti-CRISPR-eiwitten blokkeren het Cas9-molecuul

Bacteriofagen (virussen) bestrijden de CRISPR-defensie van bacteriën door de Cas9-‘schaar’ te blokkeren met een eiwit (Acr) (afb: Cell)

Ik heb altijd begrepen dat de genoombewerkingsmethode CRISPR/Cas9 heel precies genen uit het DNA-molecuul kan wegsnijden. Kennelijk gaat dit ‘onfeilbare’ van bacteriën geleende systeem toch nog wel eens in de fout. Onderzoekers van de medische afdeling van MIT in Cambridge (VS) en van de universiteit van Toronto (Can) hebben nu drie eiwitfamilies ontdekt die het knip- en plakwerk van de CRISPR/Cas9 kunnen uitzetten. Daarmee zou de bewerkingstechniek nog ‘feillozer’ worden (als de vergrotende trap van feilloos zou hebben bestaan).
Lees verder →

Salmonella-bacterie als kankermedicijn (?)

Geplaatst op door
Beantwoorden
Salmonella typhimurium-bacteriën (rood) dringen een cel binnen

Salmonella typhimurium-bacteriën (rood) dringen een cel binnen (afb: Wiki Commons)

Salmonella-bacteriën dringen cellen binnen en vermenigvuldigen zich daar. Onderzoekers van de universiteit van Missouri (VS) denken dat die ziekteverwekkende bacterie kan worden ingezet om kankercellen onschadelijk te maken. Ze hebben daartoe een niet-toxische Salmonellastam ontwikkeld die het vooral gemunt heeft op kankercellen. Prostaattumoren bij muizen werden door de genetische veranderde bacteriestam wat kleiner. Therapievoorstel nummer tig? Lees verder →

Bacteriegenen om menselijke cellen te verbeteren (?)

Geplaatst op door
Beantwoorden
Bacteriële ionkanalen in menselijke cellen

Lagen afwisselend elektrisch actieve en elektrisch inactieve cellen (afb: Duke-universiteit)

Biomedische onderzoekers hebben genen van bacteriën die coderen voor ionkanalen aangepast om menselijke cellen gevoeliger te maken voor elektrische signalen. Daarmee zouden, in de toekomst, hartritme-stoornissen maar ook afwijkingen aan het zenuwstelsel kunnen worden genezen, of andere ziektes waarbij de ionkanalen voor natrium en calcium niet naar behoren werken, is de verwachting van de onderzoekers. Lees verder →

Supergist zou opbrengst biobrandstoffen verdubbelen

Geplaatst op door
Beantwoorden
Superbakkersgist verteert ook xylose

De superbakkersgist

Het lijkt er op dat het maar martelen blijft met die biobrandstoffen. De vraag is natuurlijk of biobrandstoffen een begeerlijke doelstelling vormen, maar dat geef ik ter overweging. Onderzoekers van de universiteit van Wisconsin-Madison en het bioenergiecentrum GLBRC hebben een ‘supergist’ in elkaar gesleuteld die de opbrengst van de omzetting van plantensuikers in biobrandstoffen bijna zou verdubbelen. Lees verder →

Je kan je genetische voorlopers aardig berekenen

Geplaatst op door
Beantwoorden
Terugrekenen naar oude genomen

Terugrekenen naar oude genomen van 3,5 miljard (?) jaar geleden (afb: Georgia Tech)

Als je wilt weten van welke genetische voorlopers je of een muis, hagedis afkomstig bent/is, dan zou je dat met behulp van een computer en heel wat aannames miljoenen jaren kunnen terugrekenen. Dat heet voorouderlijke sequentie- of DNA-reconstructie. De vraag is natuurlijk of dat een leuk tijdverdrijf is of echte wetenschap. Onze voorlopers zijn er niet meer om de uitkomsten te controleren. Onderzoekers van het technologisch instituut van de Amerikaanse staat Georgia hebben nu aan de hand van een snelle evolutie bij micro-organismen vastgesteld dat die terugrekenalgoritmes prima werk afleveren. Lees verder →

Antilichaam knokkelkoorts blokkeert ook zikavirus

Geplaatst op door
Beantwoorden
virusomhulseleiwit geblokkeerd door antilichaam

Het eiwit van het zikavirusomhulsel (blauw, rood en geel) dat geblokkeerd wordt door een antilichaam (groen en wit) (afb: Pasteurinstituut)

Het lijkt er op dat een groep onderzoekers van, onder meer, het Pasteurinstituut (F) en CNRS (F) antilichamen hebben gevonden die zowel het knokkelkoorts– als het zikavirus kunnen uitschakelen. Dat komt doordat de bindingsplaats op beide virusomhulsels voor deze immunoglobulines identiek is. Deze ontdekking zou de basis kunnen vormen voor een universeel vaccin tegen beide virussen. Lees verder →

Foutcontrole in aflezen van RNA ‘hersteld’

Geplaatst op door
Beantwoorden
Een omgekeerde transcriptase die zijn kopieerwerk ook controleert op fouten

Het RTX-enzym. De met rood aangegeven veranderde aminozuren zijn essentieel voor de controle, roze stukken zijn belangrijk. RNA is geel en DNA is in blauw aangegeven (afb: univ. van Texas)

Het systeem dat leven heet zit fabelachtig in elkaar, maar is niet zonder weeffouten. Zo’n driemiljard jaar geleden zou een ‘fout’ zijn ontstaan in de manier van aflezen van genetische informatie van RNA, die ons nog steeds parten speelt. Terwijl  de enzymen die DNA dupliceren, de DNA-polymerases het kopie nauwkeurig vergelijken met het origineel, doen zogeheten reverse transcriptases, die RNA omzetten in DNA, dat niet. Onderzoekers van de universiteit van Texas hebben een enzym gefabriceerd, RTX gedoopt, dat die fout repareert. Daarmee zouden RNA veel beter dan tot nu toe kunnen worden afgelezen. Dat zou de mogelijkheden van persoonsgerichte medicatie aanzienlijk vooruithelpen.
Lees verder →

Genschakeling te gebruiken voor behandeling ziektes

Geplaatst op door
Beantwoorden
Genschakeling waterstofperoxide.

Een genschakeling die reageert op twee concentraties waterstofperoxide (afb: Nature Communications)

Levende cellen zouden in staat zijn om berekeningen te maken op basis van signalen die ze uit de omgeving krijgen. Die berekeningen kunnen continu zijn, zoals de overgang in lichtschakeringen, of digitaal zoals de beslissing te sterven. Synbiosystemen zijn meestal of analoog/continu of digitaal, waardoor de mogelijkheden beperkt worden. Onderzoekers van het MIT in Cambridge (VS) hebben nu een techniek ontwikkeld om analoog en digitale berekeningen te koppelen door genschakelingen te vormen die in levende cellen in staat zijn tot verwerkingsoperaties. Die circuits kunnen het niveau van een analoge bron meten, bijvoorbeeld de concentratie van een bepaalde verbinding, zoals een medicijn, die van belang is voor een ziekte en ‘beslissen’ of die voldoende is voor het beoogde effect. Je zou het een verfijning van de gedoseerde medicijnafgifte kunnen noemen. Daarbij houden de mogelijke toepassingen echter niet op.
Lees verder →

‘Nieuw’ CRISPR-systeem richt zich op RNA

Geplaatst op door
Beantwoorden
Feng Zhang van MIT RNA en C2c2

Feng Zhang van MIT

De lof van het prachtige CRISPR/Cas9-systeem om DNA te bewerken is al vaak uitgesproken. Met dat van bacteriën geleende systeem is DNA heel precies te bewerken (genen verwijderen en/of toevoegen). Nu komen onderzoekers met een eveneens van bacteriën (Leptotrichia shahii) geleend CRISPR-systeem, C2c2 gedoopt, dat zich specifiek op RNA-moleculen richt, de ‘afdrukken’ van DNA, die, onder meer, verantwoordelijk zijn voor de productie van eiwitten. Voordeel van deze techniek zou zijn dat de veranderingen die daarmee worden aangebracht niet blijvend zijn en dat die nauwkeuriger en veelzijdiger is dan bestaande methodes als RNA-interferentie. Een mer à boire, denken de onderzoekers.
Lees verder →

Eukaryoot zonder mitochondriën gevonden

Geplaatst op door
Beantwoorden
Monocercomonoides sp zonder mitochondriën

Een lichtmicroscoopopname van een Monocercomonoides-cel (afb: Wiki Commons)

Mitochondriên worden (ook door mij) vaak omschreven als de krachtcentrales van de eukaryote cel (de cel met kern zoals die in ons lichaam). Je zou zeggen dat een systeem dat energie nodig heeft om te draaien (in leven te blijven) niet zonder kan. Wel dus.  Onderzoekers van, onder meer, de Keizer Karel-universiteit in Praag ontdekten micro-oganismen van het geslacht Monocercomonoides die het zonder moeten stellen (en daar kennelijk in slagen). Lees verder →