Categorie archieven: DNA-bewerking

Mini-Cas ontdekt om genoom te bewerken

Geplaatst op door
Beantwoorden
Megafaag met eigen Cas-eiwit

De megeafaag (rood) spuit zijn eigen genoom in een bacterie plus CasΦ om concurrente fagen (blauw) de pas af te snijden. Het bacteriegenoom is paars (afb: Basem Al-Shayeb en Patrick Pausch)

Een van de problemen die bestaan bij de CRISPR-methode om een genoom te bewerken is het bewerkingsgereed-schap in de celkern te krijgen. Dan is het handig als dat gereedschap niet al te groot is. Onderzoekers van, onder meer, de universiteit van Californië in Berkeley hebben in een bacteriofaag (een virus dat het op bacteriën heeft voorzien) een uiterst compact Cas-eiwit gevonden dat nauwkeurig (maar waar hebben we dat meer gehoord?) de dubbele streng van het DNA doorknipt: CasΦ. Lees verder →

En weer is CRISPR nauwkeuriger gemaakt, althans A3G

Geplaatst op door
Beantwoorden
Basebewerker A3G

Waarom alleen de tweede C moet worden vervangen door T is (mij) niet duidelijk (afb: Riceuniversiteit)

Ik wil niet veel zeggen, maar het lijkt er op dat allerwegen wordt geprobeerd de CRISPR-methode om het genoom te bewerken nauwkeuriger te maken. Ik ben de tel van de verhalen over een ‘nog nauwkeuriger CRISPR’ inmiddels al kwijt. Nu meldden onderzoeksters van de Riceuniversiteit rond Xue Sherry Gao in de VS dat hun basebewerker A3G die zich louter richt op de C (cytosine) in het DNA met extra cytosines (‘omstanders’) minder ongewenst knip-en-plakwerk verricht. Die zou, in sommige gevallen, ruim 6000 keer (!) beter scoren dan de basebewerker BE4max, die op het ogenblik het neusje van de zalm schijnt te zijn. Lees verder →

CRISPR weer eens veiliger gemaakt (?)

Geplaatst op door
Beantwoorden
CRISPR-Cas9 met gids-RNA en doel-DNA

Het Cas9-complex (blauw) ‘omarmt’ het gids-RNA (geel) en doel-DNA (rood) (afb: Bang Wong)

Ik heb het idee dat het met de CRISPR-methode niet helemaal lekker loopt. Toen deze bacteriële truc een aantal jaren geleden ontdekt werd, was er alom hoerageroep: nu kunnen we eindelijk heel nauwkeurig het genoom bewerken. Dat bleek niet zo te zijn. Het gebeurde vaak dat er op onvermoede en onbeoogde plaatsen aan het DNA werd gesleuteld door de knipenzymen. Er zijn inmiddels verbeteringen voorgesteld en nu komen Chinese onderzoekers onder aanvoering van Feng Gu van de universiteit van Wenzhou met weer een manier om CRISPR veiliger (betrouwbaarder) te maken. Lees verder →

Mitochondriaal DNA bewerkt

Geplaatst op door
Beantwoorden
Cytidinedeaminase

De structuur van cytidinedeaminase (afb: WikiMedia Commons)

Onderzoekers van het Howard Hughesinstituut van de universiteit van Washington en de Harvarduniversiteit rond Joseph Mougous hebben het DNA van de mitochondriën in cellen bewerkt met een andere methode dan de CRISPR-techniek die wordt gebruikt voor het bewerken van het DNA in de celkern. Het zou voor het eerst zijn dat mitochondriaal DNA is bewerkt.
Lees verder →

Met CRISPR genen verwijderd uit levercellen apen

Geplaatst op door
Beantwoorden

CholesterolHeb je er last van ruk hem dan uit, zou je kunnen zien als een adequate geneeswijze. Heb je een te hoog LDL-cholesterol– of triglyceridegehalte dan kun je last van je hart krijgen. Die stoffen worden in de lever aangemaakt als ‘afschrift’ van, achtereenvolgens, de genen PCSK9 en ANGPTL3. Het CRISPR-gereedschap voor de ‘amputatie’ werd toegediend in beschermende vetbolletjes. Dat scheen bij alle apen gelukt te zijn. Die genen werden ‘uitgerukt’. Die krijgen geen last meer van hartziektes?
Lees verder →

Maak van een A-gen een B-gen en van een aap een mens

Geplaatst op door
Beantwoorden
Opgepookte hersens zijdeaapembryo's

De hersens van een vrucht van zijdeaapjes (l) en van embryo’s die ‘verrijkt’ ware met het ARHGAP11B-gen (r). De hersenschors (stippellijnen) van de transgene embryo’s is duidelijk groter (afb: Heide et. al.)

Hersens vormen een geliefd onderzoeksterrein. Er zijn dan ook meer vragen over dat orgaan dan dat er kennis is. Hoe komt het dat de hersens van mensen zo’n groeispurt hebben gemaakt?, is een van die nog vele onbeantwoorde vragen. In 2015 voegden Chinese onderzoekers het gen MCPH1 toe aan het genoom van makaken, die daardoor een beter geheugen zouden hebben gekregen. Nu hebben onderzoekers van, onder meer, het Max Planckinstituut voor moleculaire celbiologie rond Wieland Huttner het genoom van embryo’s van zijdeaapjes ‘verrijkt’ met het mensengen ARHGAP11B. Dat gen codeert voor een eiwit waardoor het aantal hersencellen groeit, wat ook bleek te gebeuren. Onderzoek op een ethisch uiterst gevoelig terrein.
Lees verder →

CRISPR/Cas9-nuclease nog steeds erg onnauwkeurig

Geplaatst op door
Beantwoorden
CRISPR/Cas9-techniek verbeterd

De CRISPR-techniek zou nog niet precies genoeg zijn om mensen te behandelen (afb: Wiki Commons)

Al jaren woedt er een heftig dispuut over de betrouwbaarheid/nauwkeurigheid van de CRISPR-techniek om het genoom te bewerken, maar de laatste tijd werd er steeds vaker melding gemaakt van grote vooruitgang op dit terrein. Het resultaat van een onderzoek aan menselijke embryo’s in het VK moet voor het veld aanvoelen als een grote domper op het groeiende enthousiasme over de CRISPR-techniek. De helft van de embryo’s had mutaties op de verkeerde plaats en/of miste stukken DNA.  In het blad Nature worden meer voorbeelden gegeven van waar het mis ging. Terug naar af? Lees verder →

Bloedziektes bij drie mensen gerepareerd met CRISPR

Geplaatst op door
Beantwoorden
Nieuw bot met bloedvormend beenmerg

Bot met beenmerg waarin rode bloedlichaampjes worden gevormd

Twee mensen met beta-thalassemie en een met sikkelcelanemie, beide erfelijke bloedziektes, zouden zijn ‘genezen’ nadat met behulp van de CRISPR-methode beenmergstamcellen genetisch werden aangepast, zo deelden de onderzoekers mee op een bijeenkomst van de Europese vereniging voor hematologie. Die drie namen deel aan een, voortdurende, klinische proef waarbij voor het eerst erfelijke ziektes werden behandeld met die genoombewerkingstechniek. Lees verder →

CRISPR/Cas9 te versnellen met licht (?)

Geplaatst op door
Beantwoorden
CRISPR/Cas9 aan het werk met DNA

Het CRISPR/Cas9-complex aan het werk aan DNA (rood) (afb: univ. van Californië)

Onderzoekers van de Amerikaanse Johns Hopkinsuniversiteit, waarvan alle namen Chinees zijn, hebben door gebruik te maken van lichtgevoelige nucleotiden, de bouwstenen van het DNA, het genoombewerkingsproces waarbij de CRISPR/Cas9-techniek is gebruikt versneld van wat normaal een paar uur duurt tot een paar seconden. Het aangepaste proces zou ook precies zijn, maar dat is natuurlijk al vaker beweerd. Lees verder →

“Wees ajb voorzichtig met gendruk”

Geplaatst op door
Beantwoorden
Uitleg gendruk

Een insect met een ‘neutraliseringsgen’ D krijgt nakomelingen (blauw). Met Cas9 wordt corresponderend gen (allel) weggeknipt en vervangen door D-gen (3de plaatje) of die vervanging mislukt (R= weerstand) en einde oefening (afb: Bull JJ, Malik HS (PLOS 2017))

Ondanks dat er toch weinig grote successen te melden zijn over het fenomeen gendruk, waarbij geprobeerd wordt plagen te bestrijden door via genoomverandering de populaties van de ‘plaaggeesten’ te minimaliseren, schijnt die benadering toch aantrekkelijk te zijn. Marion Dolezel van het Oostenrijkse milieuagentschap en collega’s hebben de voors en tegens afgewogen en zijn tot de slotsom gekomen dat we erg voorzichtig met gendruk moeten omgaan. Ook de gevolgen voor het milieu zouden terdege moeten worden bekeken, vinden ze. Lees verder →