Categorie archieven: DNA

Mitochondriaal DNA is een zooitje

Geplaatst op door
Beantwoorden
Mitochondriën

Een enkel mitochondrion wordt gewoon ‘met de hand’ gevangen (afb: univ. van Pennsylvania)

Mitochondriën worden vaak de krachtcentrales van de cel genoemd. Die hebben hebben piepkleine DNA-molecuultjes met een paar genen. Dan denk je, die paar genen heb je met de huidige apparatuur zo gelezen, maar dat blijkt niet zo te zijn. Onderzoekers van de universiteit van Pennsylvania zeggen tenminste dat voor het eerst gedaan te hebben. Het blijkt dat het met dat mitochondriale DNA nogal een zooitje is. Die verschillen onderling nogal. Lees verder →

Grafeen pikt heel precies biomoleculen er uit

Geplaatst op door
Beantwoorden
Grafeen als grijper van biomoleculen

De grafeenmicrochip waarmee biomoleculen zijn te vangen (afb: Nature)

Grafeen, een vorm vorm van koolstof, blijkt steeds veelbelovender te worden. Onderzoekers hebben uitgevonden dat dat wondermateriaal met behulp van elektronische ‘grijpers’ met grote precisie bepaalde moleculen uit het water kan vissen. Dat is handig voor, bijvoorbeeld, een klein diagnoseapparaat, zeg ter grootte van je telefoon. Lees verder →

Voor het eerst eiwitten aangemaakt in cel met zesletterig DNA

Geplaatst op door
Beantwoorden
Nieuw DNA-alfabet

De onnatuurlijk basen X en Y coderen voor onnatuurlijke aminozuren PrK en PaZF (afb: Nature)

Het hoeft misschien niet, maar we vertellen het toch nog maar een keer: DNA bestaat uit vier bouwstenen die coderen voor duizenden eiwitten, de werkpaarden van levende organismes.  Floyd Romesberg  Scripps-instituut in Californië en medeonder-zoekers hebben twee nieuwe bouwstenen toegevoegd aan het DNA van de bekende Eschericha coli-bacterie  en de eencellige bleek met dit ‘zesletterige’, onnatuurlijke DNA gewoon door te gaan met het aanmaken van eiwitten, zij het met andere aminozuren dan de twintig natuurlijke waar onze eiwitten normaal uit bestaan. Uiteindelijk zal dit soort onderzoek moeten leiden tot onnatuurlijke eiwitten die dienst zouden kunnen doen als geneesmiddelen. “Wij hebben iets nieuws ontworpen dat functioneert naast het oude en doet wat dat oude kan doen”, stelt Romesberg Lees verder →

Genonderzoek kent ook ‘modes’

Geplaatst op door
Beantwoorden
Meest bestudeerde genen

Topgenen door de jaren heen. Wit is hemoglobine, ononderbroken blauw TP53 (afb: Nature)

Peter Kerpedjiev is programmeur en heeft ook een opleiding in bioinformatica. Hij wilde promoveren en wilde weten welke genen nu belangrijk zijn voor onderzoekers. Hij verliet zich daarbij op de Amerikaanse geneeskundebibliotheek die in zijn PubMed-databank precies bijhoudt waarover gepubliceerd is. Daaruit haalde Kerpedjev de artikelen waarin de structuur, functie en/of locatie van genen wordt beschreven en voor welke eiwitten die coderen.  Daaruit destilleerde hij een genentoplijst van het menselijk genoom. Het blijkt dat ook  van genonderzoek last heeft modes. Lees verder →

Zou het PAI-1-eiwit de sleutel zijn tot veroudering?

Geplaatst op door
Beantwoorden
PAI-1: bloedingen en anti-veroudering?

De structuur van het PAI-1-eiwit (adfb: WikiMedia Commons)

Ach ja, dat eeuwige leven zal de mens wel altijd bij blijven, ook al hebben wiskundigen voorspeld dat dat niet mogelijk is. Nu blijkt weer dat Amish, een Amerikaanse mennonitische groep die er zeer eigen regels en leefgewoontes op na houdt,  in de nabijheid van Berne (Virginia) bepaalde genmutaties hebben die ze op op bepaalde punten  beschermen tegen veroudering. De onderzoekers hebben meteen maar een middel gemaakt dat het betreffende PAI-1-gen remt om te zien of die mutatie mensen behoedt voor sommige ouderdomsziektes. Er deden 177 Amish mee aan het onderzoek. Lees verder →

Replicatieritme DNA gebruikt om kankercellen te doden

Geplaatst op door
Beantwoorden
ribonuleotidereductase zorgt voor aanmaak nucleotiden voor replicatie

RNR zorgt voor de aanmaak van de DNA-letters C. G. A en T

Cellen delen zich. Daarbij wordt, door kopiëring, een nieuw DNA-molecuul voor de nieuw te vormen dochtercel gemaakt. Dat heet replicatie. Voor dat nieuwe molecuul heb je de bouwstenen nodig, de vier nucleotiden/basen A, C, G en T. Die moeten er natuurlijk wel zijn. Onderzoekers in Denemarken hebben nu uitgeplozen hoe dat, ritmische proces in zijn werk gaat. Door te pielen met dat ritme zouden kankercellen sterven doordat die cellen dan voor onoverkomelijke problemen komen te staan, denken de onderzoekers. Lees verder →

DNA-reparatie soms nauwkeuriger dan gedacht

Geplaatst op door
Beantwoorden
exonen en intronen

Een gen is opgebouwd uit exonen en intronen (afb: WikiMedia Commons)

Ons lichaam heeft een systeem om fouten aan het DNA te repareren. Dat heeft niet zo’n beste reputatie, maar het lijkt er op alsof dat systeem onderscheid maakt tussen de de diverse delen van het DNA. Onderzoekers van het biomedisch instituut IRB in Barcelona vonden dat dat reparatiesysteen efficiënter is in delen die voor eiwitten coderen dan elders. Lees verder →

Molecuulrobot knutselt DNA-bouwwerken in elkaar

Geplaatst op door
Beantwoorden
haarspeldmethode (PER-cascade) om DNA-constructies te bouwen

Haarspeldmethode om DNA-constructies te bouwen. De uitgangsstof (‘primer’) is grijs. De haarspeld bouwt al naar gelang de codering een nieuw stukje DNA en plakt dat aan de uitgangssequentie, enzovoort. (afb: Harvard)

We hebben het vaak over DNA, maar dan gaat het over het natuurlijke DNA, dat meterslange molecuul dat uit vier bouwstenen bestaat: de ‘letters’ A, C, G en T die twee aan twee onderling paren (AT en GC) vormen en, daarmee, een dubbel streng. Een van de dromen van de synbioloog is om, synthetisch, DNA te construeren, dat mooie, nieuwe eigenschappen heeft, met de gebruikelijke ‘letters’ of met nieuwe. Nu schijnen onderzoekers van de Amerikaanse Harvard-universiteit  met een ‘haarspeldmethode’ synthetisch DNA te hebben gemaakt dat zichzelf vormt. Ze schijnen dan vooral te denken aan ‘bouwmateriaal’ voor gerichte medicijnafgifte, sensoren of nanofabriekjes e.d., heel prozaïsch, maar ook aan het herprogrammeren van cellen. Lees verder →

Endosi-RNA’s houden springende genen in bedwang

Geplaatst op door
Beantwoorden
Transposonen, springende genen, in bedwang gehouden door endosi-RNA's

Doordat transposonen andersom worden afgelezen als ‘normale’ genen kunnen transposon-RNA’s zich ‘paren’ met ‘gewoon’ RNA. Daardoor weet de cel dat er transposonen actief zijn (afb: Cell)

Moleculen die endosi-RNA’s worden genoemd helpen te voorkomen dat het in ons lijf een genetische chaos wordt, ontdekten onderzoekers van het Britse Brabaham-instituut. Die zorgen ervoor dat de transposonen, genetische parasieten waar ons DNA vooral uit bestaat, koest worden gehouden. Actieve transposonen, ook wel springende genen genoemd, zouden de ‘normale’ genen kunnen beschadigen die de mens wel van nut zijn. Lees verder →