‘Nieuwe’ Ssn-genschaar knipt enkelstrengs-DNA op specifieke plaats

Ssn-endonuclease 'schaar' voor specifieke enkelstrengs-DNA-knip

De Ssn-endonucelase knipt enkelstrengs-DNA heel specifiek bij een bepaalde basevolgorde door (afb: Frédéric Veyrier et al./Nature Communications)

Onderzoekers in Canada rond Frédéric Veyrier van INRS ontdekten een nieuwe familie enzymen (aangeduid met Ssn) die in staat is om heel gericht een enkele DNA-streng door te knippen. Ze denken dat deze nieuwe genoombewerkers weer nieuwe mogelijkheden zouden kunnen bieden dan de nu overheersende CRISPR-techniek op het gebied van genoombewerking. Lees verder

Fagen gebruiken springende genen om concurrent te ontregelen

Bacteriofaag

Een bacteriofaag oftewel bacterie-eter

Tientallen jaren vroegen genetici afgevraagd wat ze met die vervelende springende genen aan moeten die zich willekeurig door het genoom verspreiden. Nu hebben onderzoekers bij reuzenfagen gezien dat ze die springende genetische elementen gebruiken om concurrentie de voet dwars te zetten. Kennis daarover zou het gebruik van fagen als antibiotica een stuk vooruit helpen in de strijd tegen de dreigende antibioticumresistentie. Lees verder

Hoe bouw je een genoom?

Bacterie met synthetisch DNA

Bacterie, model E. coli, met synthetisch DNA (afb: univ. van Cambridge)

Makkelijk zat, zegt iemand die een beetje is ingevoerd. Je plakt de verschillende nucleotiden (ook wel aangeduid met basen, de bouwsteen van het DNA) aan elkaar en gaat daarmee door tot je je bij het eind bent. Tja, zoiets is het wel, maar makkelijk is het niet. Tot voor niet zo heel lang geleden kwamen bedrijven die stukjes DNA synthetiseren voor onderzoeksdoeleinden niet veel verder dan zo’n duizend nucleotiden. Je kunt wel verder gaan, maar dan wordt het aantal fouten in je syngenoom te groot (vooropgesteld dat je een bepaald genoom wil synthetiseren en niet zo maar wat). Vaak werd voor langere stukken de hulp van bacteriën ingeroepen om die korte stukjes aan elkaar te plakken zo zijn ook de eerste bacteriegenomen ‘gesynthetiseerd’ en die zijn vele malen kleiner dan genomen van zoogdieren. Daar hebben we het over miljarden nucleotiden. Inmiddels lijkt de ontwikkeling zo ver gevorderd dat we een stuk verder komen tot chromosomen of zelfs hele genomen. Nog niet in de orde van miljarden basen, maar wel van een miljoen…
Lees verder