Tag archieven: eiwitstructuur

Eiwitstructuurvoorspeller AlphaFold kan dat nu ook met niet-eiwitten

Geplaatst op door
Beantwoorden
eiwitstructuur

De structuur van eiwitten zegt veel over zijn functionaliteit

De vorm van een eiwit zegt veel over waar dat voor dient. Tot niet zo heel lang geleden moest die vorm vaak met veel moeite worden achterhaald, tot Google in 2019 met AlphaFold op de proppen kwam. Dat schijnt het eiwitonder-zoek, in combi-natie met kunst-matige intelligentie, een heel eind op weg gebracht te hebben. Nu kan AlphaFold ook de structuur (en daarmee wisselwerking met andere verbindingen) voorspellen van andere biomoleculen dan eiwitten. Lees verder →

Ki helpt bij het oplossen van eiwitstructuren

Geplaatst op door
Beantwoorden
p53-eiwit

De structuur van het p53-eiwit zou veel zeggen over diens werking en functies (afb: WikiMedia Commons)

Al tientallen jaren zijn biologen bezig met het oplossen van de structuur van eiwitten. Die structuur, is het idee, zegt veel over de functie van het eiwit. Het ophelderen van die structuren was een heidens karwei, doordat je daarvoor eerst eiwitten moest kristalliseren (zo heb ik altijd begrepen). Dat lukt lang niet bij alle eiwitten. Bovendien is dan nog steeds de vraag of die structuur die het eiwit in kristalvorm aanneemt wel dezelfde is als in zijn natuurlijke omgeving. `Nu krijgen die eiwitstructuurbiologen hulp van de kunstmatige intelligentie van DeepMind en van het programma AlphaFold en zou de structuur van 200 miljoen eiwitten zijn ontsluierd. Vraag is dan of dat ook de werkelijke structuur is, maar biologen zijn euforisch omdat die informatie op allerlei terreinen van pas kan komen. Lees verder →

DeepMind maakt structuren 20 000 eiwitten openbaar

Geplaatst op door
Beantwoorden
Eiwitstructuur

De eiwitstructuur zegt veel over zijn functie

Het Britse bedrijf DeepMind heeft het zelflerend ki-systeem AlphaFold ontwikkeld waarmee vrij nauwkeurig en vooral snel  de structuur van eiwitten kan worden berekend. Hoewel de broncode van het systeem openbaar is gemaakt deed het bedrijf nogal schimmig over AlphaFold. Nu heeft DeepMind de structuur van 20 000 eiwitten openbaar gemaakt voor wetenschappers. Lees verder →

Zelflerende systemen kunnen de structuur van eiwitten bepalen

Geplaatst op door
Beantwoorden

DeepMind

Schermafdruk van DeepMind-stek

Het is al weer zo’n dertien jaar geleden dat ik een week heb meegelopen met wetenschappers in EMBO in Heidelberg. Van microbiologie, een vak dat daar bedreven wordt, had ik niet veel kaas gegeten (net zoals van veel andere dingen) en ik was dan ook reuze verbaasd dat de structuur van eiwitten niet is te berekenen aan de hand van de, maximaal twintig, verschillende aminozuren waaruit een eiwit is opgebouwd. Te moeilijk voor computers, was het verhaal. Dat lijkt nu veranderd te zijn met de ontwikkeling van een door onderzoekers ontwikkeld zelflerend algoritme dat is geïnspireerd op zo’n systeem van een Londens bedrijf. Lees verder →

Ki-systeem ‘berekent’ vorm eiwitten

Geplaatst op door
Beantwoorden
Structuur bacterie-kinase

De door AlphaFold berekende structuur van een kinase van de bacterie Legionella pneumophilia (paars). De blauwe structuur is experimenteel bepaald door Vincent Tagliabracci en Diana Tomchick.

In elke cel zijn duizenden eiwitten bezig het systeem levend te houden (wat leven ook moge betekenen). Die werkpaarden van het leven ontlenen hun functie(s) vooral aan hun ruimtelijke structuur. Al vele jaren wordt met dat probleem geworsteld, aangezien lang niet alle eiwitten  hun ‘figuur’ makkelijk prijsgeven. Je zou denken dat als je weet uit welke aminozuren een eiwit bestaat je die structuur kunt berekenen, maar dat schijnt ondoenlijk te zijn. Nu hebben onderzoekers van het CASP14-project kunstmatige intelligentie te hulp geroepen om die structuur te bepalen en dat lijkt er gunstig uit te zien. Lees verder →

Ki versnelt eiwitonderzoek

Geplaatst op door
Beantwoorden
Eiwitstructuren

De structuur van eiwitten is wezenlijk voor het functioneren (afb: AlQuraishi)

De eiwitstructuur, het klinkt doodsaai, is wezenlijk voor een goed begrip van het functioneren ervan. Daarom wordt er ook driftig naar gezocht. Daarin steken heel wat onderzoekers heel wat jaren in. Nu hebben wetenschappers van de Harvard-universiteit een methode ontworpen om met hulp van kunstmatige intelligentie dat speurwerk aanzienlijk te versnellen, aldus die wetenschappers. Volmaakt is het allemaal nog niet. Lees verder →

Structuur en werking bekend van eiwit dat DNA repareert

Geplaatst op door
Beantwoorden
Reparatie van DNA

Zo zou een reparatie van DNA er in de praktijk er ongeveer uit zien. Rood zijn de BRCA2-eiwitmoleculen, geel het RAD51-eiwit en blauw het te repareren.  DNA (afb: ICL)

Het eiwit BRCA2 speelt een rol bij de reparatie van schade aan het DNA-molecuul. Zover waren we al. Nu hebben onderzoekers van het Imperial College in Londen en het Britse kankerinstituut een ‘foto’ gemaakt van het eiwit onder de elektronenmikroskoop. Met het daardoor bekend worden van de structuur is ook meer inzicht verkregen in hoe het eiwit het ‘m lapt. Lees verder →

Nieuwe methode voor meten eiwitstructuur ontwikkeld

Geplaatst op door
Beantwoorden
Eiwitstructuur

De eiwitstructuur is wezenlijk voor zijn functie

Een groep scheikundigen en natuurkundigen aan de Duitse universiteit van Konstanz heeft een methode ontwikkeld om de exacte structuur van eiwitten te bepalen. Daarbij maken ze gebruik van magnetische markeringen die in de cel in de eiwitten worden ingebouwd. Van veel eiwitten, die familie van verbindingen zonder welke leven niet mogelijk is, is de exacte structuur niet bekend. Dat heeft te maken met de techniek waarmee die structuur bepaald wordt. Daarbij wordt van een eiwitkristal met bepaalde technieken, zoals röntgendiffractie, de structuur bepaald, maar lang niet alle eiwitten laten zich (makkelijk) kristalliseren. De exacte structuur van een eiwit is van wezenlijk belang voor diens functioneren. Lees verder →

Stukje mysterie epigenetica opgelost

Geplaatst op door
Beantwoorden
Structuur van een Tet-eiwit

Structuur van een Tet-eiwit

Epigenetica is, zoals zo veel in het leven, nog een duister gebied. Epigenetica zou je het systeem kunnen noemen van het af- en aanschakelen van genen. Hoe dat precies in zijn werk gaat is nog een hele kluif om uit te zoeken, maar een klein tipje van de immense sluier lijkt er net weer opgelicht. Onderzoekers aan de Amerikaanse Emory-universiteit rond Xiaodong Cheng hebben de structuur opgehelderd van een groep eiwitten, TET-eiwitten, die een belangrijke rol spelen in het epigentische schakelproces. Lees verder →

Eiwitstructuren doorgelicht

Geplaatst op door
Beantwoorden

Het is een heidense klus om de structuur van eiwitten te bepalen. De structuur is dan weer belangrijk voor de functie van dat eiwit en ook voor, bijvoorbeeld, de ontwikkeling van medicijnen. Gewoonlijk wordt die structuur bepaald door een eiwit te kristalliseren en van dat eiwitkristal een röntgenfoto te maken. Het grote probleem daarbij is dat lang niet alle eiwitten netjes een kristal vormen.

Röntgenlaserfaciliteit

De röntgenlaserfaciliteit van het versnellerlab in Stanford (Cal/VS)

Een groep onderzoekers van het versnellerslab van het Amerikaanse ministerie van energie en daarbuiten schijnt er in geslaagd te zijn met behulp van een röntgenlaser, gadolinium en de computer, die onontbeerlijke computer, een ruimtelijk model van een eiwit te maken zonder voorafgaande kennis van de structuur van het eiwit te hebben gehad. Lees verder →