De FISH-techniek werd al in de jaren ’80 ontwikkeld om genen op chromosomen te detecteren (afb: Wiki Commons)
Onderzoekers van de universiteit van Montréal (Can) hebben een methode ontwikkeld om het transcriptieproces in cellen (het afschrijven van DNA op boodschapper-RNA) ‘zichtbaar’ te maken. De technologie, cytometrie, is al oud (van 1934) en wordt gebruikt voor het tellen van cellen in, bijvoorbeeld, bloed. Die techniek heeft zich inmiddels ontwikkeld tot een middel om eigenschappen van cellen te analyseren en nu kennelijk dus ook de transcriptie.
“Deze techniek geeft ons een beter beeld van de afweerreacties bij bepaalde ziektes, zoals besmetting met hiv”, zegt onderzoeker Daniel Kaufmann. “Dat was op het niveau van de transcriptie met bestaande technologieën als microscopie nog heel moeilijk en dus duur te verwezenlijken.” De technologie staat bekend als het FISH-onderzoeksprotocol, waarbij FISH staat fluorescente in-situ-hybridisering. De FISH-techniek zelf is overigens al in de jaren ’80 ontwikkeld om met behulp van gekleurde RNA-moleculen (sondes) genen op chromosomen te localiseren. Die technologie is, zoals gezegd, een voortborduren op een techniek om cellen te tellen, waardoor nu dus ook de transcriptie in beeld is gekomen. Met cytometrie (celteller) kunnen honderden, duizenden cellen tegelijkertijd geteld worden als ze laserbundels passeren. Die techniek is al in 1934 ontwikkeld (al zullen ze toen geen lasers voor de lichtbundels hebben gebruikt).
Tegenwoordig is een stroomcytometer een standaarduitrusting voor onderzoek bij immunologie of kanker. Tot nu toe werd de techniek ook gebruikt voor het bestuderen van eiwitten die met bepaalde antilichamen zichtbaar zijn te maken. Voor veel eiwitten zijn die antilichamen er niet en die vallen met deze techniek ook niet in het vizier te krijgen. Kanker, hiv-besmetting en andere ziektes worden veroorzaakt door problemen die voorafgaan aan de productie van eiwitten in de cel: de transcriptie van een stuk DNA naar boodschapper-RNA. Met de oude cytometrie was dat niet te volgen.Kaufmann c.s., die samenwerkten met het bedrijf Affymetrix, hebben de techniek zo veranderd, dat dat nu wel mogelijk is.
De techniek is geoctrooieerd. Daarom is de beschrijving ook vrij kryptisch (denk ik). Het FISH-protocol bestaat uit het zorgvuldig mengen van allerlei chemicaliën in een periode van twee dagen. Met een standaard cytometer, een hybridiseringsoven (?) en een verscheidenheid aan nauwkeurig gedoseerde oplossingen (die fungeren als microscopische fluorescente sondes) kan aan de cellen informatie worden onttrokken die voorheen niet mogelijk was. Kaufmann: “In principe kan onze technologie bij elke soort gebruikt worden. We kunnen er een groot aantal RNA-moleculen mee detecteren in zowel menselijke als dierlijke cellen.”
Bron: Eurekalert