Yoshihide Hayashizaki op een Fantom-bijeenkomst

Je zou het de wie-is-wie van de genetica kunnen noemen, maar dat wie slaat dan niet op personen, maar op genen. Een groot aantal onderzoeks-groepen onder aanvoering van het Japanse Riken-instituut is begonnen met het tekenen van de genenkaart: wat doen al die 20 000 genen in ons DNA en hoe worden die activiteiten aangestuurd? Dit zogeheten Fantom-project heeft zijn eerste resultaten gepubliceerd in 18 wetenschappelijke tijdschriften, onder meer in twee Nature-artikelen: DOIs: 10.1038/nature13182 en 10.1038/nature12787. 
Het mag bekend verondersteld worden dat elke cel dezelfde genetische code bevat die is opgeslagen in het DNA. Tenminste, dat wordt tot nu toe aangenomen. Dat betekent niet dat al die genen ook daadwerkelijk ‘aan het werk’ zijn. Sommigen zijn actief, andere niet. Dat wist de grote Nederlandse geneticus Hugo de Vries ruim 100 jaar geleden al te vertellen. Dat is, onder meer, afhankelijk van de het type cel. Die expressie (genactiviteit) wordt geregeld door promotors en versterkers, die deel uitmaken van het DNA.
De onderzoekers bekeken 800 menselijke weefselmonsters, waarmee bijna alle celtypen zijn gedekt en ze kwamen tot 44 000 versterkers (ook wel enhancers genoemd) en 180 000 promotors. Het patroon van versterkers en promotors bepaalt welk deel van het genoom actief is en bepaalt daarmee het type cel. “Dat patroon is de objectiefste definitie van de cel”, zegt Fantom-leider Yoshihide Hayashizaki. De jongste bevindingen zijn gepubliceerd in 18 tijdschriften.
De onderzoeksgroep heeft gegevens van verschillende studies gecombineerd om een vergelijking te kunnen maken tussen het erfgoed van zieke en gezonde mensen. Opmerkelijk is dat mutaties die met ziektes verbonden zijn vaker voorkomen in de promotors en versterkers dan in de genen zelf. Geneticus Thomas Preiss van de nationale universiteit in Canberra (Aus.), die niet bij Fantom is betrokken, stelt dat het werk nieuw leven ademt in dit soort onderzoek. Tot nu konden onderzoekers de resultaten van hun onderzoek alleen interpreteren als de mutaties in genen voorkwamen. Volgens Preiss geeft de genenkaart een veel beter inzicht in het doen en laten van de promotors en versterkers. De hoop is dat met deze genenkaart onderzoekers kunnen achterhalen welke rol die beide DNA-segmenten bij ziektes spelen en daar mogelijk een therapie op ontwerpen.
Volgens Hayashizaki heeft de Fantom-groep al gegevens gebruikt om genexpressiepatronen te vinden die gerelateerd zijn aan darmkanker. Daarnaast lijkt het er op dat het grootste deel van het genoom zich bezighoudt met het specifieke gedrag van de cel. Slechts 20% van onze genen schijnen iets in alle typen cellen te doen, zoals het aanmaken van een celskelet en andere functies die alle cellen gemeen hebben. Zeer waarschijnlijk is wat tot nu toe is gepubliceerd nog maar het puntje van de ijsberg. Ook dit wordt vervolgd.

Bron: New Scientist