10xgenomics.com
Met de nieuwe methode zou met grote nauwkeurigheid zijn te bepalen wat in een weefsel de genactiviteit is van de diverse cellen en welke eiwitten er aan het werk zijn. Het een is natuurlijk gekoppeld aan het ander, maar het lijkt me voor onderzoekers erg handig, zeker als je het ‘plaatje’ ziet van zieke organen/weefsels en gezonde.
Dan Landau noemt het geheel in Amerikaanse stijl meteen weer ‘opwindend’. Amerikanen of mensen die daar wonen en werken zijn nogal gauw ‘opgewonden’. “Daarmee kun je ruimtelijke organisatie van weefsels in kaart brengen met de celtypen, celactiviteiten, de celwisselwerkingen als nooit eerder.”
De laatste jaren is er wat dat betreft nogal wat vooruitgang geboekt maar voor die technieken moeten weefsels ontleed worden en cellen gescheiden van hun buren. Daarbij gaan de posities van die cellen in weefsel of orgaan verloren.
De nieuwe techniek, SPOTS gedoopt, is gebaseerd op de bestaande 10x Genomics-technologie. Die gebruikt glasplaatjes voor gewone mikroskopie voor pathologisch onderzoek. Die zijn bij deze techniek echter voorzien van duizenden testmoleculen. Elk daarvan heeft een moleculaire streepcode met zijn positie op het plaatje.
Als er een dun plakje weefsel op het plaatje wordt gelegd en de cellen daarvan worden toegankelijk voor die proefmoleculen, dan ‘herkennen’ die de boodschapper-RNA’s (de ‘mallen’ voor eiwitten) in die cellen. Ook worden er antilichamen gebruikt om eiwitten te kunnen identificeren.
Met een geautomatiseerd systeem worden vervolgens de ‘gevangen’ bRNA’s en eiwitten geïdentificeerd en wordt er een kaart getekend van welke cellen in het monster wat uitspoken. Aan de hand van een plakje muizenmilt konden de onderzoekers de functionele opbouw van dat orgaantje tonen met de verschillende celtypes en -activiteiten.
De onderzoekers, hoe kan het ook anders, gebruikten SPOTS ook bij een tumormonster van, eveneens, een muisje (borstkanker). De ‘kaart’ liet zien dat afweercellen daarin, macrofagen, zich in twee toestanden bevonden. Een deel van de macrofagen probeerde de kankercellen te bestrijden (vernietigen) en ander deel trad op als verdedigers van die cellen. Landau: “Het verschil in hun omgeving leidt waarschijnlijk tot die verschillende toestanden.”
Resolutie nog te laag
Het oplossend vermogen van de techniek is nog niet hoog genoeg om ook echt de activiteit van elke cel afzonderlijk vast te kunnen stellen. Een ‘beeldpunt’ omvat enkele cellen. De onderzoekers hopen de resolutie nog te kunnen verbeteren, zodat je een beeld krijgt van alle cellen afzonderlijk
Bron: Science Daily