Het SEED/Harvest-systeem in beeld (afb: Markus Affolter et. al/Cell)
Al sinds de CRISPR/Cas-methode van bacteriën wordt gebruikt voor het veranderen van erfgoed wordt er gesleuteld aan die methode om die nog betrouwbaarder te maken. De CRISPR-methode wil het genoom nog wel eens op andere dan op de voorziene plek veranderen en dat is natuurlijk niet de bedoeling. Nu denken onderzoekers van, onder meer, de universiteit van Bazel (Zwi) met behulp van een ‘merker’ dat probleem te hebben opgelost (pdf-bestand). Overigens lijkt de methode niet bedoeld om fouten in het genoom te repareren, maar meer voor onderzoeksdoeleinden.
Onderzoekers rond Markus Affolter hebben die nieuwe methode SEED/Harvest gedoopt. Die combineert de CRISPR/Cas9-methode met de enkelstrengrecombinatie (SSA in Engelse afko) van het DNA.
De methode verloopt in drie stappen. In de eerste stap wordt een ‘merker’ op de beoogde plek in het DNA ingevoegd. Die tussenstap moet aangeven dat de invoeging ook daadwerkelijk alleen maar op de juiste plek heeft plaatsgevonden.
In een tweede stap wordt die merkersequentie er weer uitgesneden en wordt het aan het natuurlijke recombinatiesysteem van de cel overgelaten om DNA te herstellen. “Dat maakt het mogelijk om iedere gen te markeren zonder bijkomende schade te veroorzaken”, zegt hoofdauteur Gustavo Aguilar. “Zo kunnen we de functies van eiwitten onderzoeken in levende organismen.”
“Voor ons onderzoek moeten de veranderingen in het genoom niet alleen precies, maar ook efficiënt zijn”, zegt Affolter. “De SEED/Harvestmethode is dat allebei.”
Verschillende celtypen
Met de methode zouden ook specifieke weefsels of celtypen kunnen worden ‘aangesproken’. Aguilar: “We kunnen in verschillende weefsels en ontwikkelingsstadia zelf bepalen wanneer en hoe genen geactiveerd of gedeactiveerd worden.” Dat biedt de mogelijkheid de eiwitdynamiek direct systematisch te onderzoeken, stellen de onderzoekers.
Ook zou met deze methode kunnen worden uitgevogeld welke (mutaties in) genen belangrijk zijn voor bepaalde ziektes.
Overigens lijkt me de methode toch wel degelijk geschikt om mutaties te repareren. Dan zou je, dunkt me, alleen de juiste DNA_sequentie voor invoeging mee moeten leveren, maar dit zeg ik(=as) als leek op elk terrein.
Bron: idw-online.de