De structuur van eiwitten zegt veel over zijn functionaliteit

De vorm van een eiwit zegt veel over waar dat voor dient. Tot niet zo heel lang geleden moest die vorm vaak met veel moeite worden achterhaald, tot Google in 2019 met AlphaFold op de proppen kwam. Dat schijnt het eiwitonder-zoek, in combi-natie met kunst-matige intelligentie, een heel eind op weg gebracht te hebben. Nu kan AlphaFold ook de structuur (en daarmee wisselwerking met andere verbindingen) voorspellen van andere biomoleculen dan eiwitten.AlphaFold3 kan bijvoorbeeld de structuur van RNA-moleculen voorspellen, maar niet alleen dat. De jongste versie zou ook in staat zijn om wisselwerkingen van biomoleculen met, bijvoorbeeld, antigenen of antilichamen voorspellen of de structuur van de ionvorm van een biomolecuul. Daarmee zou de vouwvoorspeller een handzaam instrument kunnen worden bij de speurtocht naar nieuwe medicijnen. Er schijnt al een bedrijf, een spruit van het Googlebedrijf DeepMind, te zijn dat daarmee aan de gang is gegaan.

Deze versie zou veel nauwkeuriger zijn dan de voorgaande, maar ook dan concurrente algoritmes. Dat betekent niet dat er niets te wensen over is. Zo maakt de voorspeller bij het bepalen van de optische activiteit (chiraliteit) van biomoleculen er in 4,4% een potje van. Het altijd zeer gedegen (web)blad Quanta Magazine had onlangs een artikel over AlphaFold en ‘concurrent’ RoseTTAFold All -Atom.