Hoe betrouwbaar zijn antigenen als eiwitaanwijzers?

Antilichamen

Basisstructuur van antilichamen. N is het amino-uiteinde en C is het koolstofuiteinde van de keten. Rood zijn de disulfidebruggen (afb: Wiki Commons)

Antilichamen vormen een wezenlijk onderdeel van ons afweersysteem, maar worden in de wetenschap ook gebruikt om de aanwezigheid van specifieke eiwitten te traceren. Onderzoekers in Canada constateerden dat sommige antilichamen niet specifiek op een bepaald eiwit reageren. Dat doet de vraag rijzen hoe betrouwbaar tot nu toe gedaan eiwitonderzoek is. Ze doen ook aanbevelingen om er zeker van te zijn dat het antilichaamninstrument wel de juiste eiwitten aanwijst.
Met de juiste antilichamen kunnen in een cel aard en hoeveelheid van de aanwezige eiwitten worden bepaald. Voor dat doel worden die, commercieel, geproduceerd. Eerder onderzoek had al aangetoond dat veel van de commercieel verkrijgbare antilichamen niet specifiek voor een bepaald eiwit zijn. Dat werpt vragen op over onderzoek waarbij die antilichamen zijn gebruikt. Om er zeker van te zijn dat je weet wat je meet zou er een standaardprocédé moeten zijn om de (onderscheidende) kwaliteit van antilichamen vast te stellen.

Onderzoekers van, onder meer, de Canadese McGilluniversiteit rond Peter McPherson besloten het menselijke eiwit C9ORF72 als ‘doelwit’ te gebruiken, zowel om het probleem duidelijk te maken als om een handreiking te bieden om dat probleem op te lossen. Dat eiwit speelt een belangrijk rol in de spierziekte ALS en frontotemporale dementie.
Nadat ze zestien commercieel verkrijgbare antilichamen hadden getest, alle aangeprezen als uniek voor C90RF72, bleek dat uiteindelijk slechts een daarvan dat uiteindelijk ook deed. Ze gebruikten daarbij immunofluorescentie als merker. Bij andere technieken waren er nog twee bruikbaar. De falende antilichamen zijn in vele studies gebruikt.

Missers

De vraag is wat de onderzoekers met die in specificiteit falende antilichamen hebben bepaald. Het geeft eens te meer aan dat voor goede wetenschap de onderzoeksmethoden moeten deugen en het lijkt er hier op dat we hier met veel ‘missers’ te maken (kunnen) hebben.
De laatste tijd is er in onderzoekskringen nogal wat te doen over over niet te reproduceren onderzoek. Sommige onderzoekers hebben het zelfs over een reproduceerbaarheidscrisis. Falende, althans niet specifieke, antilichamen helpen die niet uit de wereld (in tegendeel). Gelukkig doen McPherson en de zijnen hun dolende collega’s een methode aan de hand om te bepalen of de antilichamen ook doen wat het commerciële bedrijf dat ze verkoopt beweert.

McPherson: “Toen we aan dit onderzoek werkten ging het steeds minder over dat ene C90RF72-gen (moet natuurlijk zijn eiwit; as) maar steeds meer om een methode voor andere labs om de bruikbaarheid van antilichamen te bepalen. Die procedures zijn niet revolutionair. In feite zijn die door elk deskundig lab op dit terrein te gebruiken, maar toch is het bij mijn weten de eerste keer dat er zo’n proces is beschreven. Een groot deel van de reproduceerbaarheidscrisis (in de biowetenschappen, denk ik ;as) is een gevolg van slechte antilichaamvalidering. We zijn onze patiënten en geldschieters beter verschuldigd.”

Bron: Alpha Galileo

Geef een reactie

Het e-mailadres wordt niet gepubliceerd. Vereiste velden zijn gemarkeerd met *

Deze website gebruikt Akismet om spam te verminderen. Bekijk hoe je reactie-gegevens worden verwerkt.