De structuur van het p53-eiwit zou veel zeggen over diens werking en functies (afb: WikiMedia Commons)

Al tientallen jaren zijn biologen bezig met het oplossen van de structuur van eiwitten. Die structuur, is het idee, zegt veel over de functie van het eiwit. Het ophelderen van die structuren was een heidens karwei, doordat je daarvoor eerst eiwitten moest kristalliseren (zo heb ik altijd begrepen). Dat lukt lang niet bij alle eiwitten. Bovendien is dan nog steeds de vraag of die structuur die het eiwit in kristalvorm aanneemt wel dezelfde is als in zijn natuurlijke omgeving. `Nu krijgen die eiwitstructuurbiologen hulp van de kunstmatige intelligentie van DeepMind en van het programma AlphaFold en zou de structuur van 200 miljoen eiwitten zijn ontsluierd. Vraag is dan of dat ook de werkelijke structuur is, maar biologen zijn euforisch omdat die informatie op allerlei terreinen van pas kan komen.
Toen ik zo’n vijftien jaar geleden hoorde dat het niet mogelijk is uit de aminovolgorde van een eiwit zijn structuur uit te rekenen, was ik, niet echt een wetenschapper en tamelijk naïef, lichtelijk geschokt. Toen in november 2020 de ki-groep DeepMind aan die klus begon was die groep vol goede moed. Nu bijna twee jaar later zou die klus dus geklaard zijn.

“Je zou het in wezen kunnen zien als het hele eiwituniversum”, zegt Demis Hassabis, oprichter van DeepMind. “Dat omvat voorspellende (eiwit-;as)structuren van planten, bacteriën, dieren en vele andere organismen. Dat opent geweldige nieuwe mogelijkheden voor AlphaFold om van belang te zijn voor zaken als duurzaamheid, voedselveiligheid en genegeerde ziektes.”
De structuurvoorspellingen zouden al gebruikt worden om nieuwe geneesmiddelen te ontwikkelen zoals een medicijn tegen malaria aan de hand van een eiwit van de malaria.

Janet Thornton van het EMBL in Heidelberg stelt dat de uitkomsten van AlphaFold al voor veel toepassingen worden gebruikt. “Ik denk dat de laatste ontwikkelingen een stortvloed aan nieuwe en opmerkelijke ontdekkingen zullen opleveren in de komende maanden en jaren.” Die gegevens zijn nog openbaar toegankelijk ook.

Bron: the Guardian