Met LASSO zouden grotere stukken van het genoom kunnen worden ‘gekloond’ dan tot nu toe mogelijk was (afb: Jennifer E. Fairman/Johns Hopkinsuniversiteit

Systematisch onderzoek doen naar wat welk eiwit en of gen doet is vast niet het leukste onderzoek wat je kunt doen, maar zeer nuttig voor het doorgronden van hoe dat complexe systeem leven in elkaar steekt. Het schijnt dat onderzoekers tot nu toe dat uitzochten door gen voor gen te ‘klonen’ en te  bekijken. Medeonderzoekers van de Johns Hopkinsuniversiteit en van de universiteit van Harvard hebben nu een systeem bedacht om duizenden nucelotiden tegelijkertijd te klonen om bibliotheken mee op te bouwen met de therapeutische waarde van de gevonden eiwitten.
“We denken dat deze snelle en betaalbare methode het onderzoek naar de functies van eiwitten aanzienlijk zal versnellen en gelijke tred zal houden met de snelheid waarmee genoomgegevens beschikbaar komen”, zegt onderzoeker Biju Parekkadan van Harvard. De onderzoekers gebruikten voor hun methode een technologie die ze LASSO doopten (lange enkelstrengige oligonucleotide, maar dan in het Engels).
Om de werkbaarheid te demonstreren kloonden ze 3000 DNA-fragmenten van een een E. coli-bacterie. “We pakten ongeveer 95% van de doeldelen, waarvan veel lang waren. Ik denk dat het nog beter kan”, zegt Parekkadan.

Per ongeluk

Tijdens hun onderzoek losten ze min of meer ‘per ongeluk’ een probleem op waarmee het uitlezen van genomen gepaard gaat. Nu sequenceer je het genoom door dat in stukjes te knippen, die uit te lezen en dat resultaat op de juiste manier aan elkaar te ‘plakken’. Dat is nog niet zo simpel met die kleine stukjes. Grotere stukken zou handiger zijn, maar er was echter nog geen methode dat met langere stukken DNA te doen, zo vertelt het persbericht.

Met LASSO schijnt dat geen probleem meer te zijn. Dat pakt stukjes DNA met een lengte van zo’n duizend (gepaarde) nucleotiden, de bouwstenen van het DNA. Tot nu toe was honderd wel het maximum en dat schiet niet op bij miljarden nucleotiden.

Darmflora

De onderzoekers gebruikten hun LASSO-systeem ook bij het genetisch doorvorsen van darmflora van mensen. Dat biedt volgens de onderzoekers mogelijkheden om in te spelen op de samenstelling van de darmflora (microbioom). Dat microbioom kan gunstig uitwerken op het functioneren van ons lichaam, maar ook kwalen veroorzaken. Dan is het handig dat je snel kunt achterhalen welk ‘vlees’ je in de kuip hebt.
Parekkadan: “Tegenwoordig onderzoekt de farmaceutische industrie duizenden synthetische verbindingen op hun medische effecten. Ons idee is dat we diezelfde benadering gebruiken om natuurlijke moleculen te onderzoeken die ‘gekloond’ zijn van menselijke of andere DNA-moleculen, ook van planten.”
De onderzoekers willen nu bibliotheken bouwen van de gevonden eiwitten met een therapeutische waarde.

Bron: Science Daily