De genexpressie van twaalf genen van een cel. Plaatje uit Nature waar ik weinig chocola van kan maken (verschoning; as) (afb: Nature)

Het zal wel komen doordat er een probleem wordt gezien, waar dan verschillende oplossingen voor worden gevonden. Als je wilt weten of welke genen actief zijn in een cel dan hoef je ‘alleen maar’ de boodschapper-RNA’s in een cel uit te lezen. Het vervelende is dat dat ook meteen het einde van die cel is. Een paar dagen geleden werd daarvoor een vernuftige oplossing voor bedacht en nu wordt er weer een gepresenteerd waarbij een speciale atoomkrachtmicroscoop bij wordt gebruikt.
Er bestaan technieken om die RNA’s per cel te bepalen, maar die zijn, zoals gezegd, destructief. Nu hebben Bart Deplancke van de EPFL en Julia Vorkolt van het ETH in Zürich met collega’s een niet-destructieve methode bedacht voor de RNA-bepaling per cel zonder die cel te doden. Die hebben ze, dus, Live-seq genoemd. De truc is een fluïdische atoomkrachtmicroscoop die werkt met microscopische kanaaltjes om uiterst kleine hoeveelheden vloeistoffen (orde 10^-15l) te manipuleren die enkele jaren geleden bij de ETH is ontwikkeld. Daarmee kan je stoffen in cellen spuiten of er cytoplasma uit te halen zonder de cel te doden.
De onderzoekers bleken in staat om van die beetjes cytoplasma (celvloeistof plus de organellen) de RNA’s uit te lezen zodat je weet welke genen in die cel actief zijn. Op die manier kun je van een cel ook bepalen hoe die genactiviteit (-expressie) verandert.

Deplancke: “Met Live-seq kunnen we antwoorden op belangrijke vragen krijgen zoals de vraag hoe het komt dat bepaalde cellen differentiëren (een andere genexpressie krijgen; as) terwijl zustercellen dat niet doen of waardoor bepaalde cellen ongevoelig zijn voor kankermedicijnen en zustercellen niet.”

Het bleek dat Live-seq in staat is de juiste celtypen en -toestanden te bepalen zonder die te verstoren. Zo bepaaldem ze de genexpressie van bepaalde afweercellen, macrofagen, voor en nadat ze actief geweest waren en ook van bepaalde stamcellen die zich ontwikkelden tot vetcellen. Ze noemden Live-seq net als in de in de aanhef aangehaalde niet-destructieve RNA-bepaling in cellen een ‘recorder’, een transcriptoomrecorder om precies te zijn. Voordeel boven de concurrent is dat deze voor alle cellen bruikbaar is, terwijl die concurrent voorlopig alleen nog maar bij bacteriecellen werkt.

Bron: Science Daily