Een groep Canadese en Amerikaanse wetenschap-pers, die een bijdrage leveren aan het kankerge-noomatlas-project, denken dat kleine niet-coderende RNA-moleculen een indicatie kunnen geven op borstkanker. De verhoudingen tussen bepaalde typen niet-conderend RNA zouden gebruikt kunnen worden om kankerweefsel te onderscheiden van gezond weefsel. Aan de hand daarvan zouden ook de overlevingskansen van de patiënten kunnen worden bepaald.RNA is ‘normaal’ de intermediair tussen DNA en de eiwitten. Er komen in een cel echter ook RNA-moleculen voor die niet coderen voor eiwitten. “Lang zijn die moleculen beschouwd als transcriptieruis door hun op het oog chaotische verdeling en ons onvermogen die moleculen te koppelen aan bekende functies of ziektes”, zegt Steven Jones van de Simon Fraser-universiteit en van de universiteit van Brits Columbia, beide in Canada. “Door de sequentie-informatie van die moleculen te analyseren, vonden we klinisch nuttige informatie. Veranderingen in de expressie van die kleine niet-coderende RNA-moleculen in de eerste exonen van eiwitcoderende genen blijken in verband te staan met borstkanker.” Een exon is een coderend stukje van een gen.
De onderzoekers konden diverse typen niet-coderende RNA-moelculen onderscheiden die gevonden worden rond het beginpunt van de transcriptie van een gen van gezonde personen en van patiënten met borstkanker. Uit die gegevens destilleerden zij de relatie tussen die diverse typen en het al of niet hebben van borstkanker en ook de mate waarin de ziekte was voortgeschreden. Ze toetsten hun bevindingen op weefselmonsters. Het bleek dat met de gevonden methode de toestand van de ziekte juist was te kwalificeren. “Om dat te kunnen doen heb je de gegevens van maar een klein deel van de diverse typen niet-coderend RNA nodig. Daar komt bij dat deze RNA-locaties verrijkt zijn met zogeheten CpG-eilanden”, zegt mede-onderzoeker Athanasios Zovoilis. CpG-eilanden zijn stukjes DNA, waar relatief veel cytosine en guanine voorkomen, twee van die vier basen in de DNA-bouwstenen (nucleotiden) die paren. Dat zou te maken hebben met de methylering van DNA en het begin van het ziekteproces, maar om daar zeker van te zijn zal er nog meer onderzoek gedaan moeten worden. Methylering is dan weer een proces dat de expressie (=activiteit) van een gen regelt.
“Er moet nog wel heel wat onderzoek gedaan worden, maar we denken dat deze kleine niet-coderende RNA-moleculen goede indicatoren voor kanker zijn. Misschien kunnen ze ons iets leren over het ontstaan van kanker op een epigenetisch niveau en mogelijk dat er medicijnen kunnen worden ontwikkeld die daar aangrijpen”, zegt Jones. Volgens de onderzoekers zouden die kleine RNA-moleculen ook iets kunnen zeggen over andere kankertypen.
Bron: EMBO