De CRISPR-methode om het genoom van cellen te veranderen wordt in labs veel gebruikt en ook gezien als middel bij uitstek om fouten op dat genoom te repareren, maar dat gaat per celtype (leert me dit persbericht; as). Het lijkt er op dat onderzoekers nu een methode ontwikkeld hebben om tegelijkertijd het genoom te bewerken van verschillende organismen in bijvoorbeeld de darmflora of in planten. Eerst wordt gekeken welke organisme genetisch ‘bewerkbaar’ zijn. In een tweede stap worden genen, voorzien van een ‘streepcode’ ingevoegd in het genoom van de verschillende organismen. Die streepcode is bedoeld om te zien waar die invoeging is gelukt.
Tot nu toe zou de CRISPR-techniek alleen te gebruiken zijn bij een bepaald celtype of bij een bepaald organisme. Dat lijkt me eerlijk gezegd wel zo veilig. Nu hebben onderzoekers van de universiteit van Californië in Berkeley een manier gevonden om CRISPR/Cas9 toe te passen op verschillende celtypen en organisme tegelijkertijd.
Hoewel de techniek nu nog uitsluitend in het lab wordt gebruikt zou die uiteindelijk ook ‘in het wild’ gebruikt kunnen worden zoals in de darmen of op de wortels van planten die bezet zijn met vele micro-organismen. “Dit onderzoek brengt de techniek bij microbiële gemeenschappen waar micro-organismen meestal in voorkomen in de natuur”, zegt Benjamin Rubin

De onderzoekers denken dat deze ‘gewapende’ manier van genoombewerken nuttig zou kunnen zijn voor industrieel gebruik in bioreactoren en celkweken op grote schaal. “We zouden genen bij darmbacteriën kunnen elimineren die ziektes veroorzaken of om planten efficiënter te maken in de symbiose met micro-organismen”, zegt medeonderzoeker Brady Cress, “maar voor we zover zijn kan deze methode ons meer inzicht geven hoe bacteriën in een gemeenschap fungeren.”

Gevoelig

De onderzoekers bepaalden eerst welke bacteriën in de gemeenschap gevoelig zijn voor genoombewerking (???;as). Daartoe gebruikten ze een zogeheten transposon (springend gen) dat zich gemakkelijk ergens in het genoom van de bacterie voegt. Door het DNA uit te lezen voor en na toevoeging van de springende genen konden ze zien welke bacteriën ‘gevoelig’ waren.
Cress ontwikkelde een ‘afleversysteem’ (DART gedoopt) om een transposon met streepcode in het genoom van de ‘gevoelige’ bacteriën in te voegen. Ze probeerden DART ook uit op echte poep van een kind. Het lukte om daarin genen van E. colibacteriën te bewerken die verantwoordelijk zouden zijn voor de ziekte die het kind had. Overigens is dit onderzoek onderdeel van een groter programma. Dat programma wordt betaald door het Amerikaanse ministerie van energie en duurt tien jaar. Dat programma gaat over het bestuderen van bacteriegemeenschappen in de bodem van grasvelden (?).

Bron: Science Daily