De herprogrammering van fibroblasten (langwerpig) in keratinocyten (keivormig) zoals Mogrify had berekend. (Nature/Rackham et.al)
Onderzoekers uit diverse landen hebben een programma/algoritme ontwikkeld, waarmee te voorspellen is hoe je cellen kunt reprogrammeren, zeggen ze. Het schijnt ook echt te werken. Ze noemen dat Mogrify, maar als je dat aanklikt kom je bij beeldbewerking uit. De keuze van de naam lijkt niet handig. De onderzoekers hebben het programma beschikbaar gemaakt voor andere onderzoekers, ter verbetering en uitbreiding.
We hebben in ons lijf zo’n 200 verschillende typen cellen. In principe hebben die allemaal hetzelfde DNA, dus kunnen die cellen van gedaante verwisselen door wat trucs uit te halen. In de natuur gebeurt dat, maar een van de spectaculairste voorbeelden van een gedaantewisseling van cellen is de vinding geweest van de Japanner Shinya Yamanaka en John Gurdon (zij kregen er tenminste in 2012 de Nobelprijs voor) om uit ‘ordinaire’ huidcellen stamcellen te maken, zogeheten geïnduceerde pluripotente (veelkunnende) stamcellen.
Helemaal in de greep heeft de wetenschap die zogeheten herprogrammering niet, want gebruik van die pluripotente stamcellen wil nog wel eens, in proeven, aanleiding geven tot de ontwikkeling van kanker. Het punt is dat het bepalen van de reeks ‘celfactoren’, de transcriptiefactoren, die nodig is voor die omvorming van het ene celtype in het andere laat zich lastig bepalen, wat dus betekent dat je met proberen aan de weet moet zien te komen en dat is een taaie en saaie bezigheid. Het programma van deze internationale onderzoeksgroep belooft nu juist dit te doen.
Owen Rackham van de universiteit van Bristol (Wales) en Duke-NUS in Singapore werkt al vijf jaar aan de ontwikkeling van het programma om de trancriptiefactoren te bepalen die nodig zijn voor de herprogrammering: Mogrify(1). Het programma bleek prima in staat de transcriptiefactoren vast te stellen voor de omvormingen die al zijn geraliseerd. Om te kijken of het ook werkte bij nog niet gerealiseerde herprogrammeringen lieten de onderzoekers Mogrify de factoren bepalen die nodig zouden zijn voor twee nog niet gerealiseerde omvormingen in menselijke cellen. Dat leek het programma keurig te doen, stellen de onderzoekers. Uiteindelijk ‘doorploegde’ Mogrify een heel veld van 173 menselijke celtypes en 134 weefsels om een soort herprogrammeringsatlas te maken. Rackham: “Een van de eerste toepassingen die we hopen te verwezenlijken is het herprogrammeren van defecte cellen in gezonde cellen zonder de tussenstap via stamcellen. Deze zouden dan weer bij de patiënten kunnen worden teruggeplaatst.” Mogrify is openbaar gemaakt via het web. Het is de bedoeling het programma nu ‘klaar te stomen’ voor medicijnontwikkeling. Ook anderen zouden mee kunnen helpen aan de uitbreiding en verbetering.
Bron: Science Daily