De gevonden ‘kankergenen’ en hun functie in een cel (afb: Broad-instituut)

Onderzoekers van MIT en de Harvarduniversiteit in Cambridge (VS) hebben een opzet gemaakt van een ‘genenkaart’  van kankers. Daarop staan meer dan 760 ‘genetische afhankelijkheden’ voor diverse kankersoorten. Daar zou iets mee te doen kunnen zijn bij de ontwikkeling van nieuwe behandelingen.

De onderzoekers hebben meer dan 760 genen ‘aangewezen’ als kankergenen, dat wil zeggen als genen waarvan kankercellen sterk afhankelijk zijn voor hun (ongebreidelde) groei en overleving. Veel van die afhankelijkheden zijn specifiek voor bepaalde kankersoorten. Zo’n 10% is belangrijk voor verschillende kankersoorten. Dat zou betekenen dat maar een klein deel van die kankergenen doelwit zou kunnen zijn voor meer dan een kankersoort.
Met behulp van RNA-interferentie bekeken de onderzoekers in 501 cellijnen (waar twintig kankers in vertegenwoordigd waren) meer dan 17 000 genen (RNA-interferentie werd gebruikt om die genen het ‘zwijgen op te leggen’). Daarmee probeerden ze in elke cellijn te bepalen welke genen er voor welk type kankercellen toe doen.

Genetische fouten

Kankercellen herbergen een waaier aan genetische fouten, van piepkleine mutaties tot hele stukken DNA die van het ene naar het andere chromosoom zijn verhuisd. Als zo’n fout een gen uitschakelt, dan activeren kankercellen vaak andere genen ter compensatie. Meestal worden de kankercellen dan van die genen afhankelijk voor hun voortbestaan.
De onderzoekers waren op zoek naar die afhankelijkheden, met het idee om enerzijds meer inzicht te krijgen in de genetische wortels van de ziekte en anderzijds om een aanzet te vormen voor nieuwe behandelingen. “Om kanker te kenmerken wordt er veel genetisch onderzoek gedaan. Dat was voor ons de ‘onderdelenlijst'”, zegt onderzoeker William Hahn van het Dana-Farber-kankerinstituut. “Door afhankelijkheden in kaart te brengen ken je een functie aan die onderdelen toe en die toont hoe die kanker in elkaar steekt.”
“Het simpelste wat je kunt doen met verstoorde cellen is die te laten groeien en kijken welke er overblijven”, zegt medeonderzoeker David Root van het Broad-instituut, een samenwerkingsverband van het MIT en Harvard. “Als cellen verdwijnen als een bepaald gen wordt gedeactiveerd, dan betekent dat dat zo’n gen wezenlijk is voor de overleving.”

Uit dat RNA-interferentieonderzoek kwam van alles naar voren, waarmee ik je niet zal vervelen. Belangrijk is dat de onderzoekers ontdekten dat veel kankers maar van een klein aantal genen en signaalroutes afhankelijk zijn. Ze probeerden ook aan de hand van, onder meer, de mutaties en genactiviteit van elke cellijn de biologie van de afhankelijkheden te verklaren. Bij 426 van de 769 genen leek dat te lukken. Zo’n 80% van die afhankelijkheden had te maken met de veranderingen in genactiviteit. Mutaties namen 16% voor hun rekening.

Niet alles

Hahn: “We hebben niet alles gevonden, maar de genen passen in een relatief klein aantal vakjes. Sommige genen zijn bekend, andere niet zo. Dit is mooie opzet voor een volledige genenkaart.(…) Ik denk dat we dicht in de buurt van het eind zijn: welke genen zijn bij kanker gemuteerd en welke krijgen een andere activiteit. Dat betekent dat ons tot nu toe onbekende wegen openstaan om kanker te doorgronden.”

Bron: EurekAlert