Weer een basebewerker genoom ontwikkeld: van C naar G

Stukje DNA-trap

De basen zijn de vier gekleurde staafjes (geel, groen, blauw en oranje) die de treden van de DNA-wenteltrap lijken

Het lijkt wel of basebewerkers de nieuwe mode zijn in CRISPR-land. Hadden we een paar dagen geleden het verhaal over een basebewerker die cytosine (C) omzette in thymine (T), nu hebben een basebewerker in de aanbieding die cytosine vervangt door guanine (G) getooid met de wat fantasieloze naam CGBE1. Voordeel van die basebewerkers zou zijn dat ze minder last hebben van onbedoelde mutaties.
“Basebewerking is een nieuwe vorm van de CRISPR-methode die is ontwikkeld in het David Liu-lab van de Harvarduniversiteit en het Broadinstituut”, zegt Julian Grünewald. “Daarbij knip je niet beide DNA-strengen door maar vervang je direct een enkele base (nucleotide oftewel bouwsteen van DNA; as).” Die techniek maakt gebruik van andere ‘genscharen’ (de Cas-eiwitfamilie) en het enzym deaminase om de base (de verbinding aan het eind van de nucleotide) om te zetten in een andere. Zo kan een cytosine worden omgezet in een thymine, beide pyrimidines, of een adenine (A) in een guanine (G), beide purines. Deze basebewerker haalt een scheikundig kunststukje uit om
een pyrimidine om te zetten in een purine.
CGBE1 is een variant van SECURE-CBE, een basebewerker die C omzet in T en het vorig jaar werd geïntroduceerd en gebruikt dezelfde deaminase. Daarnaast zijn er nog wat andere componenten om de chemische omzetting van G naar C te klaren.

Bepaalde ziektes

Grünewald: “Er zijn bepaalde ziekmakende mutaties die kunnen worden gerepareerd met zo’n bewerking.” Hoeveel dat er zijn is niet bekend. “We zijn nog steeds in een vroeg stadium van deze klasse basebewerkers. CGBE1 moet nog verbeterd worden en het is te vroeg voor klinische toepassing. CGBE1 kan bruikbaar zijn voor onderzoeksdoeleinden door bepaalde C’s om te zetten in G’s.”

Bron: phys.org

Geef een reactie

Het e-mailadres wordt niet gepubliceerd. Vereiste velden zijn gemarkeerd met *

Deze website gebruikt Akismet om spam te verminderen. Bekijk hoe je reactie-gegevens worden verwerkt.