RNA-bewerker Cas13. Ook bij bewerking RNA wordt een gids-RNA  (r) gebruikt om de RNA-schaar naar de juiste plaats te dirigeren (afb: zlab.bio)

Onderzoekers van, onder meer, de Cornelluniversiteit hebben in de heel ordinaire bodembacterie Listeria het eiwit AcrVIA1 gevonden dat als een aan/uit-knop kan dienen voor de CRISPR-bewerking van RNA. Sommige virussen, zoals het roemruchte coronavirus, hebben hun genetische informatie opgeslagen in de vorm van RNA. Die nieuw gevonden ‘knop’ zou, denken de onderzoekers, goede diensten kunnen bewijzen bij de zoektocht naar middelen om het coronavirus onschadelijk te maken.
AcrVIA1 zet het CRISPR-proces stil, waarbij de RNA-knipschaar Cas13 (en niet Cas9 zoals vaak bij het bewerken van DNA) wordt gebruikt. “We breiden de mogelijkheden uit om CRISPR effectief te gebruiken zonder neveneffecten”, zegt Martin Wiedmann. “Dankzij die bacterie kunnen we het proces om RNA te veranderen aan- en uitzetten.” Die aan/uit-knop voor CRISPR/Cas13 was er nog niet.

Corona

Zoals gesteld is het coronavirus een RNA-virus en de onderzoekers denken dat die ‘knop’ nuttig kan zijn bij het coronaonderzoek. Hoofdonderzoeker Alex Meeske van de Rockefelleruniversiteit vermoedde al dat Listeria-bacteriën zo’n eiwit zouden hebben dat nuttig zou kunnen zijn voor het bewerken van RNA. Hij zocht contact met voedingsdeskundige Wiedmann die de bacterie in zijn verzameling van ‘voedselbedervers’ had. Er moest nog wel even een onderzoekje onder 1500 kandidaten gedaan worden. Uiteindelijk rolden door twintig mogelijke eiwitten uit.

Een daarvan kwam van de Listeria seeligeri een voor de mens ongevaarlijke bodembacterie (anders dan de L. monocytogenes). Dat was dus het eiwit AcrVIA1. Meeske: “AcrVIA1 ia erg nuttig om Cas13 te reguleren. Alles wat Cas13 bewerkt kan dit anti-CRISPR-eiwit stoppen. ” Volgens Wiedmann is RNA nu veel beter te bewerken, meer precisie (waar heb ik dat nou toch meer gehoord? as).

Bron: EurekAlert