Met algoritmen het genoom wat minder ‘duister’ maken

Genfunctie en de grote aantallenHet is opmerkelijk dat we al aan het genoom willen sleutelen, maar daar eigenlijk nog niet eens zo veel van af weten. Dan heb ik het alleen nog maar over het coderende deel van het DNA en niet over de 98% van dat gigantische molecuul dat niet codeert (voor eiwitten). Van die 2% bekijken onderzoekers ook maar weer een beperkt aantal genen. Het grootste deel van ons erfgoed is ‘duister’. Onderzoekers hebben wat aan dat kennisgat willen doen door met algoritmes het DNA aan te pakken om een idee te krijgen wat dat ‘duistere’ genen-DNA zou kunnen doen. Een beginnetje (denk ik; as).
“Het meeste onderzoek is gericht op genen en de keuze welke wordt be├»nvloed door wat we er van weten”, zegt Johan Auwerx van de polytechnische hogeschool in Lausanne (Zwi). “Daardoor worden mogelijk belangrijke genen over het hoofd gezien.” Auwerx ontwikkelde samen met collega’s een systeem om dat ‘duistere’ genoom (een beetje) in kaart te brengen. “Genen met gelijkaardige functies hebben meestal bepaalde expressiepatronen gemeen”, zegt medeonderzoeker Hao Li. “We gebruikten die eigenschap om de functie van onbekende genen te voorspellen.”

Genexpressie

De onderzoekers verzamelden gegevensverzamelingen van genexpressie (welk gen is wanneer hoe actief) van meer dan 300 000 DNA-monsters van zes verschillende soorten (mens, muis, rat, vlieg, worm en gist). Ze gebruikten die gegevens om hun algoritme GeneBridge te ontwikkelen dat in staat is een idee te geven over de functie van een gen. Dat hulpmiddel werd vervolgens ingezet om honderdduizenden functies te achterhalen.
Auwerx: “We hebben GeneBridge en zevenmiljard datapunten op systems-genetics.org gezet, samen met 300 miljoen al bekende datapunten. Dit zal ongetwijfeld onze kennis van het duistere genoom verbeteren.”

Bron: phys.org

Geef een reactie

Het e-mailadres wordt niet gepubliceerd. Vereiste velden zijn gemarkeerd met *

Deze website gebruikt Akismet om spam te verminderen. Bekijk hoe je reactie-gegevens worden verwerkt.