Met de huidige uitleestechnieken is het lastig om zeldzame mutaties in een ‘hossie’ cellen te vinden. Onderzoekers van de Koning Abdoellah-universiteit in Saoedi-Arabië hebben nu een methode ontwikkeld, die ze IDMseq hebben gedoopt , om de DNA-moleculen te ‘nummeren’ waardoor het mogelijk wordt die mutaties te vinden in een verzameling van 10 000 cellen. Ze gebruikten de methode om het resultaat van een knip-en-plakbeurt van de CRISPR-methode te evalueren.
Er is nog steeds onzekerheid over de nauwkeurigheid waarmee de CRISPR-techniek het genoom bewerkt. “Met onze methode kun je de resultaten van die bewerking beter bekijken”, zegt Mo Li.
IDMseq is een techniek om elke DNA-molecuul in een monster te voorzien van een eigen streepcode. Vervolgens worden er dan met de polymerasekettingreacties een hoop kopieën van die DNA’s gemaakt, alle met dezelfde streepcode. Met een speciale techniek (VAULT) worden vervolgens dezelfde DNA’s in een eigen ‘potje’ gezet. VAULT gebruikt een combinatie van algoritmen om mutaties in die potjes te ontdekken.

Dat schijnt prima te werken, stellen de onderzoekers. Grote missende en ingevoegde delen zouden worden gedetecteerd maar ook puntmutaties, waarbij er een verkeerde letter in het DNA-molecuul zit. Volgens de onderzoekers ontdekten ze een, met opzet aangebrachte, mutatie in een verzameling cellen die waren gemengd met ongemuteerde cellen in een verhouding tot een gemuteerde cel op tienduizend ongemuteerde cellen.

CRISPR-mutaties

Ze gebruikten de techniek (dus) ook om de mutaties te bekijken die de CRISPR-methode teweegbrengt. “Ongewenste verwijderingen van stukken DNA zijn met de huidige uitleestechnieken moeilijk te ontdekken”, zegt medeonderzoeker Chongwei Bi. “Met onze aanpak, in combinatie met een aantal uitleesplatforms, kunnen we die grote mutaties heel nauwkeurig vaststellen.”
Uit hun tests bleek dat die grote verwijderingen bij 3 tot 5% van de CRISPR/Cas9-bewerkingen voorkomen. Ook puntmutaties kwamen voor, zo constateerden ze. De onderzoekers trokken hieruit de conclusie dat we nog een hoop moeten leren over die techniek alvorens we veilig kunnen toepassen bij mensen.
De techniek kan voorlopig nog maar een enkele DNA-streng aan, maar er wordt gewerkt aan een systeem dat dubbelstrengig DNA kan uitlezen.

Bron: EurekAlert