De structuur van eiwitten is wezenlijk voor het functioneren (afb: AlQuraishi)

De eiwitstructuur, het klinkt doodsaai, is wezenlijk voor een goed begrip van het functioneren ervan. Daarom wordt er ook driftig naar gezocht. Daarin steken heel wat onderzoekers heel wat jaren in. Nu hebben wetenschappers van de Harvard-universiteit een methode ontworpen om met hulp van kunstmatige intelligentie dat speurwerk aanzienlijk te versnellen, aldus die wetenschappers. Volmaakt is het allemaal nog niet.
Mohammed Quraishi en medewerkers hebben een zelflerend systeem ontwikkeld om bepaalde patronen te herkennen in eiwitten waarvan de structuur bekend is en met die kennis gewapend de structuur te voorspellen van eiwitten waarvan de structuur nog niet bekend is (en dat zijn er nogal wat). Het resultaat schijn weliswaar niet perfect te zijn, maar bevredigend genoeg om op die weg voort te gaan. “We hebben nu een heel nieuw veld vanwaar we het het eiwitvouwen kunnen bekijken”, zegt de onderzoeker. “We zijn nog maar net begonnen.”
Het klinkt misschien onwaarschijnlijk (althans zo klonk het mij) dat van veel eiwitten weliswaar de aminozuurvolgorde bekend is, maar niet de vorm en die vorm is wezenlijk voor het functioneren van eiwitten. Misvormde eiwitten spelen een grote rol in allerlei ziektes zoals Alzheimer, maar hoe groter het eiwit hoe langer een rekentuig aan het kauwen is om de structuur te berekenen totdat zoiets praktisch onmogelijk is. Daarmee ontbreekt belangrijke kennis bij het doorgronden van ziektes. Zo is nog steeds niet bekend waardoor de ziekte van Alzheimer ontstaat.
De Harvard-onderzoeker denkt dat ki daar niet alleen bij kan helpen, maar ook bij het ontwerpen van eiwitten om een bepaalde taak te verrichten. Wordt ongetwijfeld vervolgd.

Bron: CNet