Zo ongeveer werkt de gistcelproef met gemuteerde menselijke genen: doet de gistcel het wel of niet met de ingepaste gemuteerde menselijke soortgenoot van het gistgen. Blijft de cel drijven of zinkt ie?

Het uitlezen van DNA is simpeler en sneller dan het ooit geweest is, maar dat betekent niet dat we dan ook meteen weten welk risico op welke ziekte we hebben. Onderzoekers hebben nu gistcellen te hulp geroepen om bij sommige genen te achterhalen of mutaties bij mensen schadelijk zijn of niet. De vinding van Fritz Roth van de universiteit van Toronto Canada is in wezen heel simpel. Kijk hoe die mutatie het in het genoom van een gistcel doet, dan weet je of de mutatie schadelijk is of niet.

Waarom de basevolgorde op DNA zo moeilijk te interpreteren is heeft te maken met de grote genetische diversiteit bij mensen. Van de driemiljard DNA-letters zijn er als je het DNA van twee mensen vergelijkt er driemiljoen verschillend. De meeste variaties hebben geen nare gevolgen, maar sommige veranderen eiwitten en kunnen daardoor tot ziektes leiden. “Om die variaties te kunnen beoordelen hebben we een manier nodig om te achterhalen wat schadelijk is en wat niet”, zegt Roth. Nu gebeurt dat vooral met behulp van de computer. Voor sommige genen valt die schadelijkheid te bepalen door te bekijken hoe gist met die mutaties omgaat. Roth c.s. deden een proef van gist tegen de computer om te zien welke de beste resultaten zou opleveren.

Gistcellen

Gistcellen zijn heel eenvoudig in vergelijking met menselijke cellen, maar bijna de helft van onze genen hebben dezelfde ‘stamboom’ als de gistgenen. Het is vaak dan ook goed mogelijk menselijke genen in gistcellen te bestuderen. De manier om te testen of een gemuteerd gen ook een gevaarlijk gen is, vervang je zijn broertje/zusje in het gistgenoom door dat gemuteerde gen. Als de gist in leven blijft dan is dat gemuteerde gen kennelijk niet gevaarlijk. Gaat de gist dood, dan moet je gaan twijfelen. Gistcellen groeien snel. Zo weet je binnen een paar dagen of de mutatie van het gen link is of niet.
Roth richtte zich op 22 genen die te maken hebben met autisme, achterlijkheid en een hartaandoening. Uit eerder onderzoek was gebleken dat deze genen in honderden variaties bij mensen voorkomen. De onderzoekers testten 179 varianten en vonden dat ruwweg de helft van de mutaties een ziekte kan veroorzaken.
De gistproef bleek beter te scoren dan de beste algoritmes. Op basis van gegevens over celgroei konden de onderzoekers met gistcellen 62% van de ziekteverwekkende mutaties als schadelijk aanmerken, terwijl de computer niet verder dan 23% komt. Roth: “Op alle mogelijke manieren bekeken verslaan we de computervoorspellingen. Natuurlijk kun je zeggen dat dat voor de hand ligt, maar veel clinici acccepteren geen bewijs op basis van proeven met gistcellen. Het doel is een lijst van geteste mutaties te maken die bij patiënten zijn aangetroffen.” Roth denkt zo in gezamenlijkheid veel aan de weet is te komen over de schadelijkheid van mutaties waar de clinici iets aan hebben. Soms moet je terug naar de basis, in dit geval simpele ‘neef’ gist, om moeilijke problemen op te lossen, is zijn idee.

Bron: Science Daily