De terpentijnden is in de VS een belangrijke productieboom

De Amerikaanse terpentijnden (Pinus taeda, loblolly pine in het Amerikaans), een van de belangrijkste productiebomen in de VS, blijkt een zeven maal groter genoom te hebben dan mensen. Het onlangs uitgelezen erfgoed van de boom is het grootste dat nu toe is gevonden. Het DNA van de reuzengenoomboom is uitgelezen met een nieuwe snelle techniek. Het enorme genoom van de boom was tot nu toe een obstakel om de DNA-sequentie te ontrafelen.

Moderne sequentiemethodes kunnen relatief makkelijk korte stukken DNA lezen, maar die stukken moet weer aan elkaar ‘geplakt’ worden om de juiste volgorde van de bases in het DNA te krijgen. Dat wordt genoomassemblage genoemd. Bij het DNA van de den zou het dan om het aan elkaar plakken van 16 miljoen stukjes DNA gaan.
“We kunnen het menselijk genoom assembleren, maar dat is zo ongeveer de grens. Zeven keer groter was te veel”, zegt onderzoeker   Steven Salzberg van de John Hopkins-universiteit. Hij vergelijkt het met het versnipperen van duizenden exemplaren van een boek, waarna je wilt proberen het boek te lezen.
De oplossing van dat probleem werd gevonden in een nieuwe manier van voorverwerking van de enorme hoop ‘snippers’, zodat al die gegevens passen in het werkgeheugen van een enkele supercomputer. Die methode was ontwikkeld door onderzoekers aan de universiteit van Maryland. Daarbij worden overlappende stukken (informatisch) aan elkaar geplakt, terwijl het overtollige materiaal (de overlap) wordt weggegooid. Op die manier heeft de computer honderd keer minder sequentiegegevens te verwerken dan op de ‘oude’ manier.

Het genoom van de boom, ook wel wierookden genoemd, is zo groot doordat die vol zit met vreemd DNA, dat ook nog eens op verschillende plaatsen in het DNA voorkomt. 82% van het genoom bestaat uit die vreemde sequenties. Het terpetijndengenoom-project stond onder leiding van de universiteit van Californië Davis.

Bron: Eurekalert