Tag archieven: AlphaFold

Ki helpt bij het oplossen van eiwitstructuren

Geplaatst op door
Beantwoorden
p53-eiwit

De structuur van het p53-eiwit zou veel zeggen over diens werking en functies (afb: WikiMedia Commons)

Al tientallen jaren zijn biologen bezig met het oplossen van de structuur van eiwitten. Die structuur, is het idee, zegt veel over de functie van het eiwit. Het ophelderen van die structuren was een heidens karwei, doordat je daarvoor eerst eiwitten moest kristalliseren (zo heb ik altijd begrepen). Dat lukt lang niet bij alle eiwitten. Bovendien is dan nog steeds de vraag of die structuur die het eiwit in kristalvorm aanneemt wel dezelfde is als in zijn natuurlijke omgeving. `Nu krijgen die eiwitstructuurbiologen hulp van de kunstmatige intelligentie van DeepMind en van het programma AlphaFold en zou de structuur van 200 miljoen eiwitten zijn ontsluierd. Vraag is dan of dat ook de werkelijke structuur is, maar biologen zijn euforisch omdat die informatie op allerlei terreinen van pas kan komen. Lees verder →

DeepMind maakt structuren 20 000 eiwitten openbaar

Geplaatst op door
Beantwoorden
Eiwitstructuur

De eiwitstructuur zegt veel over zijn functie

Het Britse bedrijf DeepMind heeft het zelflerend ki-systeem AlphaFold ontwikkeld waarmee vrij nauwkeurig en vooral snel  de structuur van eiwitten kan worden berekend. Hoewel de broncode van het systeem openbaar is gemaakt deed het bedrijf nogal schimmig over AlphaFold. Nu heeft DeepMind de structuur van 20 000 eiwitten openbaar gemaakt voor wetenschappers. Lees verder →

Ki-systeem ‘berekent’ vorm eiwitten

Geplaatst op door
Beantwoorden
Structuur bacterie-kinase

De door AlphaFold berekende structuur van een kinase van de bacterie Legionella pneumophilia (paars). De blauwe structuur is experimenteel bepaald door Vincent Tagliabracci en Diana Tomchick.

In elke cel zijn duizenden eiwitten bezig het systeem levend te houden (wat leven ook moge betekenen). Die werkpaarden van het leven ontlenen hun functie(s) vooral aan hun ruimtelijke structuur. Al vele jaren wordt met dat probleem geworsteld, aangezien lang niet alle eiwitten  hun ‘figuur’ makkelijk prijsgeven. Je zou denken dat als je weet uit welke aminozuren een eiwit bestaat je die structuur kunt berekenen, maar dat schijnt ondoenlijk te zijn. Nu hebben onderzoekers van het CASP14-project kunstmatige intelligentie te hulp geroepen om die structuur te bepalen en dat lijkt er gunstig uit te zien. Lees verder →

AlphaFold voorspelt vrij aardig hoe eiwitten vouwen

Geplaatst op door
Beantwoorden

CASP13: eiwitstructuurvoorspelling

Schaken of go zijn inmiddels ‘makkies’ voor de kunstmatige intelligentie van DeepMind (een Googlebedrijf). Dat deed met het algoritme AlphaFold mee aan de dertiende bijeenkomst van de kritische beoordeling van structuurvoorspelling (CASP in Engelse afko). Dat is een tweejaarlijkse wedstrijd om algoritmes structuren van eiwitten te laten voorspellen van eiwitten waarvan de structuur al bekend is maar. nog niet gepubliceerd. AlphaFold, die voor het eerst meedeed, ging er meteen met de beker vandoor en liet 97 concurrenten in verwarring achter. Lees verder →