Miljarden voor uitlezen alle DNA van complex leven

DNA-trapEr zijn plannen om het DNA van al het complexe leven op aarde uit te lezen. Nu zouden nog maar van enkele duizenden van de geschatte anderhalf miljoen complexe soorten het genoom zijn gescand. De operatie zou ruim vier miljard euro gaan kosten. Het voornaamste doel van het project zou zijn om bedreigde soorten te behouden. Lees verder

Een fruitvliegje met oeroud gen gefabriceerd

Fruitvliegjes

Fruitvliegjes

Het lijkt een beetje op fröbelen met genen, maar de onderzoekers zeggen dat ze wilden uitzoeken hoe de evolutie bij die bescheiden zomergastjes heeft ‘huisgehouden’. Dat, ‘berekende’ en gereconstrueerde, gen zou bij fruitvliegjes 140 miljoen jaar geleden gemuteerd zijn. Wat je daar nu precies van leert is mij een raadsel (maar ik ben dan ook leek op elk terrein). Lees verder

Groot deel menselijk genoom wordt nauwelijks bekeken

MisdaadgenenLaten we er maar even van uit gaan dat wij mensen 20 000 genen hebben. Aan ruim een kwart daarvan (5400) is nog nooit een wetenschappelijk artikel gewijd. Dat heeft niet zo zeer met  het onbelang van hun genetische taken te maken, maar meer met de loopbaanplanning en werkwijze van onderzoekers. Oftewel, hoe irrationeel is de het wetenschapsbedrijf? Lees verder

We hebben 20 000 of nee 46 831 genen. Uhhh?

DNA-trapHoeveel genen heeft een mens? Zo’n 20 000 is nu de schatting. Is dat zo? Volgens die berekening is het overgrote deel van ons DNA ‘troep’ en dat is het allesbehalve. Wat noemen we genen? Daar begint het probleem al. Biostatisticus Steven Salzberg van de Amerikaanse John Hopkins-universiteit is eens gaan tellen en komt op 46 831, waarvan er 21 036 coderen voor eiwitten. Daarbij moet wel gezegd worden dat hij de stukken die coderen voor RNA dat niet dient als mal voor eiwitten ook hebben meegeteld. Lees verder

Protocellen gemaakt die in water dansen

Kunstmatige cel die danst

De dansende protocel (afb: Stephen Mann)

Het is een beginnetje. Onderzoekers van de universiteit van Bristol (GB) hebben kunstmatige (proto)cellen gemaakt die, afhankelijk van de chemische activiteit in de cel, in water (of een andere vloeistof) kunnen stijgen of dalen. “Ons doel is nieuwe protobiologische systemen te ontwikkelen op microschaal met ‘levensechte’ eigenschappen”, zegt onderzoeker Stephen Mann. Lees verder

‘Herrezen’ gen maakt olifanten (bijna) immuun voor kanker

Olifanten en kankerEen tijdens de evolutie ‘herrezen’ gen (LIF6) maakt olifanten (bijna) ongevoelig voor kanker. Dat is best bijzonder voor een dier dat zo groot is (veel cellen)  en zo oud kan worden. LIF6 zorgt ervoor dat beschadigde cellen afsterven nog voor de ziekte een kans krijgt. Onderzoekers denken nu te weten hoe het zit. Eerder werd gemeld dat die ‘kankerimmuniteit’ te maken heeft met het aantal exemplaren van het p53-gen dat olifanten zouden hebben. Lees verder

Komt DNA met nieuwe synthese nu zo van de band?

Een DNA-printer?

De aanzet tot een DNA-printer (afb: UCB)

Het synthetiseren van stukjes DNA schijnt nog steeds lastig te zijn. Al gauw ontstaan er in het lab bij het aan elkaar plakken van de basen/nucleotiden fouten en veel verder dan een paar honderd basen aan elkaar komen we nog niet (vergelijk dat met de honderden miljoenen nucleotiden die een zoogdiergenoom bevat). Nu schijnen onderzoekers van de universiteit van Californië in Berkeley en van het Amerikaanse Lawrence Berkely-lab een methode gevonden te hebben om sneller en trefzekerder nucleotiden aan elkaar te plakken tot strengen die wel tien keer langer zijn en waarbij bovendien geen giftige chemicaliën worden gebruikt. De onderzoekers beginnen al te denken in termen van DNA-printers. Lees verder

Mannetjesembryo’s die stukje DNA missen worden vrouwtjes

Mannetjesmuizen met vrouwelijke geslachtsorganen

Links een mannetje (XY) met vrouwelijke geslachtskenmerken, rechts een vrouwtje (XX) (afb: Francis Crickinstituut)

Mannetjesmuizen kregen vrouwelijke geslachtskenmerkenals ze een bepaald stukje van hun niet-coderende DNA misten. Dat is dus dat deel van het DNA (zo’n 98%) dat niet voor een eiwit codeert/genen bevat. We doen wel heel geleerd over onze kennis van de genetica, maar eigenlijk weten we er nog maar bar weinig van af (2%, zou ik bijna zeggen). Lees verder

Wetenschappers willen genoom van 1,5 mln eukaryoten uitlezen

BioGenoomProject

Gene Robinson, een van de initiatiefnemers (afb: univ. van Illinois)

Wetenschappers hebben voorstellen gedaan om de genomen van alle bekende eukaryoten (organismen waarvan de cellen een kern bevatten, zoals de mens maar ook planten) uit te lezen. Het zou dan gaan om zo’n 1,5 miljoen levensvormen. Op het ogenblik is nog maar van 0,2% van de bekende eukaryoten het genoom bekend. Lees verder

Op sommige punten zit DNA in de knoop: i-motif

i-motif, DNA in de knoop

Een kunstenaarsimpressie van de antilichaamachtige moleculen (de Y’s) waarmee de i-motifstructuur in levende cellen werd aangetoond (afb: Chris Hammang)

DNA schijnt niet uitsluitend als dubbele wenteltrap in de kern te zijn opgesloten maar ook in een soort knoopstructuur, zo ontdekten Australische onderzoekers met behulp van brokstukken van antilichamen. Dat i-motif (vrij naar Apple?) is nooit eerder in levende cellen waargenomen. Er was al bekend dat korte stukjes DNA een andere vorm hebben, tenminste in het lab. Onderzoekers denken dat die afwijkende vorm een belangrijke rol spelen bij het aflezen van de DNA . Lees verder